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MiRNAs का नामकरण सम्मेलन

MiRNAs का नामकरण सम्मेलन


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मैं miRNAs के नामकरण परंपरा को समझने की कोशिश कर रहा हूँ। मुझे इसके नामकरण के बारे में विकिपीडिया लेख मिला है इसके आधार पर, मैं यह पता लगाने की कोशिश करता हूं कि क्या है एचएसए-लेट-7ए. जहाँ तक मैंने समझा, एचएसए मानव को संदर्भित करता है लेकिन मुझे उम्मीद थी कि "मीर" या "मीर"एचएसए के बाद लेकिन एक शब्द है"होने देना"। तो मेरा सवाल यह है कि hsa-let-7a एक एकल परिपक्व miRNA के लिए एक नाम है या यह एक miRNA परिवार का नाम है (यदि ऐसी कोई चीज़ मौजूद है)?


लेट -7 एक miRNA परिवार है (लेट का मतलब घातक है) और, वास्तव में, सबसे पहले खोजा गया था (में काईऩोर्हेब्डीटीज एलिगेंस) लेट -7 ए परिवार के कई सदस्यों में से एक है, जिसमें कई प्रजातियों में ऑर्थोलॉग हैं। जीव विज्ञान में यह दुर्लभ लगता है कि नए नामकरण से मेल खाने के लिए स्थापित नाम बदल दिए जाते हैं, हालांकि मैं निश्चित रूप से यह नहीं कह सकता कि यही कारण है कि लेट -7 परिवार के कई सदस्य (लेकिन सभी नहीं) मानक का पालन नहीं करते हैं।

संपादित करें: संयोग से, मैं सिर्फ miRNA के बारे में एक समीक्षा पढ़ रहा था और इस जानकारीपूर्ण अंश को पार कर गया जो कम से कम मेरी उपरोक्त अटकलों को वैधता का कुछ अर्थ देना चाहिए।

हा एम, किम वीएन। 2014. माइक्रोआरएनए बायोजेनेसिस का विनियमन। नेट रेव मोल सेल बायो 15(8):509-524

MiRNA जीन का नामकरण कुछ असंगत है। प्रारंभिक आनुवंशिक अध्ययनों में पाए गए जीनों का नाम उनके फेनोटाइप के नाम पर रखा गया था (उदाहरण के लिए, लिन-4, जाने-7 तथा एलएसआई-6), जबकि क्लोनिंग या अनुक्रमण से पाए गए अधिकांश miRNAs को संख्यात्मक नाम प्राप्त हुए (उदाहरण के लिए, the लिन-4 अन्य प्रजातियों में समरूप कहलाते हैं मीर-125).


रौश एस, स्लैक एफजे। 2008. माइक्रोआरएनए का लेट-7 परिवार। रुझान सेल बायोल 18(10):505-516

घातक -7 (लेट -7) जीन को शुरू में सी। एलिगेंस में एक आवश्यक विकासात्मक जीन के रूप में खोजा गया था और बाद में, पहले miRNAs (चित्र 1) में से एक के रूप में खोजा गया था। इसके तुरंत बाद, एक साधारण ब्लास्ट (मूल स्थानीय संरेखण खोज उपकरण) खोज ने उभरते ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर और मानव जीनोम में परिपक्व लेट -7 miRNA अनुक्रम के सटीक मिलान का खुलासा किया। अब यह ज्ञात है कि परिपक्व लेट -7 पशु प्रजातियों में अत्यधिक संरक्षित है।

MiRNAs का let-7 परिवार अक्सर एक जीनोम (तालिका 1) में कई प्रतियों में मौजूद होता है। कई आइसोफोर्मों के बीच अंतर करने के लिए, लेट -7 के बाद एक पत्र को थोड़ा अलग अनुक्रम के साथ लेट -7 को इंगित करने के लिए रखा जाता है, और अंत में एक संख्या दर्शाती है कि एक ही अनुक्रम कई जीनोमिक स्थानों में मौजूद है। उदाहरण के लिए, मनुष्यों के पास दस परिपक्व लेट-7-पारिवारिक अनुक्रम (चित्र 3) हैं जो 13 पूर्ववर्ती अनुक्रमों (चित्र 4) से उत्पन्न होते हैं। तीन अलग-अलग अग्रदूत परिपक्व लेट -7 ए अनुक्रम (लेट -7 ए -1, लेट -7 ए -2 और लेट -7 ए -3) का उत्पादन करते हैं और दो अलग-अलग जीनोमिक स्थानों के अग्रदूत लेट -7 एफ (लेट -7 एफ -1 और लेट- 7f-2) अनुक्रम। हालांकि, जीवों के बीच परिवार का आकार भिन्न हो सकता है। ड्रोसोफिला (मक्खी) में केवल एक लेट -7 होता है, जबकि जेब्राफिश डैनियो रेरियो के पूरे जीनोम में 19 लोकी में 11 परिपक्व अनुक्रम होते हैं ...


लेट -7 का प्रारंभिक लक्षण वर्णन:

रेनहार्ट बीजे, स्लैक एफजे, बेसन एम, पास्किनेली एई, बेटिंगर जेसी, रूग्वी एई, होर्विट्ज़ एचआर, रुवकुन जी। 2000। 21-न्यूक्लियोटाइड जाने-7 आरएनए विकासात्मक समय को नियंत्रित करता है काईऩोर्हेब्डीटीज एलिगेंस. प्रकृति 403:901-906


कनाडा के उत्तर के अलावा miRNA नामकरण के बारे में कुछ सामान्य पहलू:

  1. मीरप्री-miRNA को संदर्भित करता है जबकिमीरपरिपक्व रूप को संदर्भित करता है
  2. मीर-एक्स-वाईमीर-एक्स-जेडउदाहरण के लिएमीर-1-1तथामीर-1-2विभिन्न पूर्ववर्तियों को देखें जो एक ही परिपक्व miRNA को जन्म देते हैं (अर्थात।एमआईआर-1) इन विभिन्न अग्रदूतों को अलग तरह से विनियमित किया जा सकता है।
  3. अग्रगामी हेयरपिन की 5' भुजा से उत्पन्न परिपक्व miRNA में प्रत्यय होता है-5p; इसी प्रकार 3' भुजा के गुणनफल में का प्रत्यय होता है-3p. पहले, दो उत्पादों के कम व्यक्त/प्रचुर मात्रा में (या अव्यक्त) को तारांकन के साथ नामित किया गया था। उदाहरण के लिएएमआईआर-124*. यह कन्वेंशन अब अप्रचलित है। डिफ़ॉल्ट रूप से किसी भी miRNA में होता है-5p / 3pप्रत्यय यह विशेष रूप से के मामले में उपयोगी हैजाने-7क्योंकि परिपक्व miRNA से अग्रदूत को अलग करने के लिए कोई अपरकेस संकेतन नहीं है। उदाहरण के लिए, परिपक्व रूप को हमेशा के रूप में दर्शाया जाता हैhsa-let-7b-5pयहां तक ​​कि भले ही-3pकभी व्यक्त नहीं किया जाता है।
  4. एक "परिवार" में समान बीज अनुक्रम वाले miRNAs होते हैं (आमतौर पर 2 .)रा-9वां अवशेष)। कभी-कभी यह देखा जा सकता है कि विभिन्न पूर्ववर्तियों के बीच एक हथियार दूसरे की तुलना में कम संरक्षित है। उदाहरण के लिए के मामले मेंजाने-7NS-3 पी (एस)संरक्षित बीज अनुक्रम नहीं है, हालांकि, सभी-5पी (एस)एक ही बीज क्रम है।

और जैसा कि दूसरे उत्तर में बताया गया है, नामजाने-7ऐतिहासिक कारणों से बस इधर-उधर चिपक जाता है।


एक नाम में क्या है?

जैसा कि मैंने पिछली पोस्ट में संक्षेप में उल्लेख किया था, miRBase 17 में miRNA नामकरण योजना में दो वैचारिक परिवर्तन शामिल हैं, जो आगे विस्तार और स्पष्टीकरण के योग्य हैं।

एक miRNA के नाम में कुछ मानव-पठनीय जानकारी होती है। यदि आप इस पोस्ट को आधा पढ़ना बंद कर देते हैं, तो आप शायद सोचेंगे कि यह एक अच्छी बात है। बेशक यह कौन सा है, जब तक हम सीमाओं को पहचानते हैं। अंत तक बने रहें और उम्मीद है कि आप देखेंगे कि नाम कुछ समस्याएं पैदा कर सकते हैं।

उदाहरण के लिए, hsa-mir-20b को लें। “hsa” हमें बताता है कि यह एक मानव miRNA है। 󈬄″ हमें बताता है कि इसे जल्दी खोजा गया था — यह केवल 20वां परिवार है जिसका नाम रखा गया था। 󈬄b” हमें बताता है कि यह एक अन्य miRNA से संबंधित है जिसका हम अनुमान लगा सकते हैं इसे शायद hsa-mir-20a कहा जाता है। हम आगे जा सकते हैं — (कमी) पूंजीकरण “mir” हमें बताता है कि हम miRNA अग्रदूत के बारे में बात कर रहे हैं। या शायद जीनोमिक स्थान, या शायद प्राथमिक प्रतिलेख, या शायद विस्तारित हेयरपिन जिसमें अग्रदूत शामिल है। तो यह पहले से ही कम उपयोगी है।

hsa-mir-20b में दो परिपक्व उत्पाद हैं, जिनका नाम hsa-miR-20b और hsa-miR-20b* है (इस समय — जैसा कि आप नीचे देखेंगे, यह बदल जाएगा)। “miR” हमें बताता है कि हम एक परिपक्व अनुक्रम के बारे में बात कर रहे हैं। इस मामले में miR-20b mir-20b हेयरपिन के 5′ आर्म से और miR-20b* 3′ आर्म से उठता है। “*” हमें बताता है कि miR-20b* को “minor” उत्पाद माना जाता है। इसका मतलब है कि miR-20b* सेल में miR-20b की तुलना में कम सांद्रता में पाया जाता है। अक्सर यह अनुमान लगाया जाता है कि miR-20b* गैर-कार्यात्मक है, और आपने शायद देखा है कि miRNA बायोजेनेसिस के अधिकांश चित्रों में miR* अनुक्रम सामान्य रूप से जादुई रूप से गायब हो जाते हैं, जबकि प्रमुख भुजा जादुई रूप से RISC परिसर में शामिल हो जाती है।

लेकिन एक मिनट रुकिए, कागजों का एक गुच्छा अब हमें बताता है कि miR* अनुक्रम कार्यात्मक हो सकते हैं (जैसे यांग एट अल। 2011), शायद अलग-अलग एगोनॉट प्रोटीन (पिछले कुछ वर्षों में कागजात की एक बहुतायत चेक द्वारा अच्छी तरह से समीक्षा के माध्यम से) और हैनन, 2011)। और, निश्चित रूप से, एक हेयरपिन से miR* अनुक्रम दूसरे हेयरपिन से प्रमुख miR अनुक्रम की तुलना में उच्च स्तर के परिमाण के क्रम में व्यक्त किया जा सकता है। शायद वह हाथ जो प्रमुख उत्पाद बनाता है वह विभिन्न ऊतकों, चरणों और प्रजातियों में बदल सकता है (जी-जे एट अल। 2011)। क्या हमें हर बार किसी गहन अनुक्रमण डेटासेट का उत्पादन करने पर miR और miR* अनुक्रमों का नाम बदलना चाहिए? इसे सीमित करने के लिए, “*” वर्ण डेटाबेस खोजों और इसी तरह की समस्याओं का कारण बनता है।

इसलिए हम -5p/-3p नामकरण के पक्ष में miR/miR* नामकरण को समाप्त करने का इरादा रखते हैं (बाद वाले का उपयोग लगभग समान अभिव्यक्ति के परिपक्व उत्पादों के लिए समानांतर में किया गया है, और भविष्य में सभी अनुक्रमों पर लागू किया जाएगा)। हम इस परिवर्तन को चरणों में करेंगे, क्योंकि हम प्रत्येक शाखा से परिपक्व उत्पादों की अभिव्यक्ति दिखाने के लिए सहयोगी डेटा उपलब्ध करा सकते हैं। miRBase 17 में, सभी ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर परिपक्व अनुक्रमों का नाम बदलकर -5p/-3p कर दिया गया है, और कई पहले से लापता दूसरे परिपक्व उत्पादों को जोड़ा गया है। उपलब्ध गहन अनुक्रमण डेटा स्पष्ट करता है कि संभावित परिपक्व उत्पादों में से कौन सा प्रमुख है। अन्य प्रजातियां नियत समय में सूट का पालन करेंगी।

miRBase 17 में दूसरा परिवर्तन miRNA अनुक्रमों के जोड़े की छोटी संख्या से संबंधित है जो एक ही स्थान से विपरीत दिशाओं में स्थानांतरित होते हैं — यानी सेंस/एंटीसेंस जोड़े। उदाहरण के लिए, dme-mir-307 ठिकाने को दोनों दिशाओं में लिखित दिखाया गया है, और दोनों लिपियों को परिपक्व miRNAs का उत्पादन करने के लिए संसाधित किया जाता है। इन miRNAs को पहले miRBase में dme-mir-307 और dme-mir-307-as नाम दिया गया था। -as भ्रमित करने वाला है, क्योंकि यह संबंधित miRNAs के परिवारों को निरूपित करने के लिए प्रयुक्त प्रत्ययों के समान है। इन्द्रिय और प्रतिवाद का वर्गीकरण मनमाना है। मामलों को और भ्रमित करने के लिए, -as और -s का उपयोग प्रारंभिक miRNA साहित्य में एक हेयरपिन अग्रदूत के 5′ और 3′ हथियारों से उत्पादित परिपक्व उत्पादों के संदर्भ में किया गया था। miRBase 17 के बाद से, -as नामकरण सेवानिवृत्त हो गया है। सेंस और एंटीसेंस miRNAs को स्वतंत्र रूप से और अन्य सभी अनुक्रमों के समान नाम दिया जाएगा: यदि अनुक्रम समान हैं तो उन्हें a, b प्रत्यय मिलते हैं (जैसे dme-mir-307a और dme-mir-307b), और यदि वे नहीं हैं समान समझा जाता है तो उन्हें अलग-अलग संख्याएँ मिलती हैं (जैसे rno-mir-151 और rno-mir-3586)।

इन परिवर्तनों का संयुक्त परिणाम यह है कि miRNA के नाम में शामिल है कम पहले की तुलना में जानकारी। यह एक प्रतिगामी कदम की तरह लग सकता है। हालाँकि, नाम में एन्कोडिंग जानकारी के साथ समस्या यह है कि लोग इसका उपयोग करने के लिए ललचाते हैं। माइक्रोआरएनए नाम अक्सर व्यावहारिक समझौता होते हैं, और अपेक्षाकृत जटिल अर्थ के साथ अतिभारित होते हैं, उदाहरण के लिए, पारिवारिक संबंधों और अभिव्यक्ति के स्तर के संबंध में। नाम उपयोगी होने चाहिए, लेकिन सही विश्लेषण, उदाहरण के लिए, अनुक्रम संबंधों या अभिव्यक्ति के स्थान पर कभी भी उपयोग नहीं किए जाने चाहिए। इसलिए हमारा सुझाव है कि यदि आप कुछ सरल अवधारणाओं को ध्यान में रखते हैं तो आपको अपना miRNA जीवन आसान लगेगा:

1. स्पष्ट रहें। यदि आप परिपक्व miR-20b अनुक्रम की बात कर रहे हैं, तो आप अपने लिए यह कहने के लिए miR-20b में पूंजीकरण पर भरोसा कर सकते हैं। लेकिन यह कहना ज्यादा बेहतर है कि “द मेच्योर miR-20b सीक्वेंस”। इससे भी बेहतर, नाम के साथ अनुक्रम दिखाएं, नाम औपचारिक रूप से स्थिर नहीं हैं, लेकिन आपके द्वारा अपने पेपर में उपयोग किए गए विशिष्ट अनुक्रम को उद्धृत करने से यह सुनिश्चित होगा कि इकाई हमेशा के लिए पता लगाने योग्य है।

2. कभी भी नाम का प्रयोग सांकेतिक शब्दों में बदलना या जटिल अर्थ निकालने के लिए न करें। यदि आप अनुक्रम संबंधों में रुचि रखते हैं, तो आपको कुछ अनुक्रम विश्लेषण करना चाहिए। यदि आप वैकल्पिक परिपक्व miRNAs के अभिव्यक्ति स्तरों की परवाह करते हैं, तो अभिव्यक्ति डेटा देखें। यदि आप नाम से miRNA अनुक्रम संबंधों के बारे में अपनी सारी जानकारी प्राप्त करते हैं, तो आप बहुत कुछ खो देंगे। यदि आप सापेक्ष अभिव्यक्ति के बारे में बताने के लिए नाम पर भरोसा करते हैं तो सारी आशा खो जाती है।


सार

माइक्रोआरएनए (एमआईआरएनए) छोटे नियामक आरएनए का एक वर्ग है जो प्रोटीन अनुवाद को फाइन-ट्यून सेलुलर फ़ंक्शन में कम करता है। हाल ही में, miRNAs को एक डोनर सेल से एक्सोसोम और माइक्रोपार्टिकल्स के माध्यम से प्राप्तकर्ता सेल में स्थानांतरित करने के लिए पाया गया था। ये माइक्रोवेसिकल्स रक्त, मूत्र, लार और अन्य द्रव डिब्बों में पाए जाते हैं। miRNAs को अक्षुण्ण कार्यक्षमता के साथ वितरित किया जाता है और एक पैरासरीन फैशन में प्राप्तकर्ता कोशिकाओं में प्रोटीन अभिव्यक्ति को विनियमित करने के लिए बार-बार दिखाया गया है। इस प्रकार, परिवहन किए गए miRNAs सेल-टू-सेल नियामक प्रजातियों का एक नया वर्ग हैं। एक्सोसोमल miRNA स्थानांतरण अब हृदय प्रणाली और बीमारी में बताया जा रहा है। रक्त वाहिकाओं में, यह स्थानांतरण एथेरोस्क्लेरोसिस और एंजियोजेनेसिस को नियंत्रित करता है। दिल में, यह दिल की विफलता, रोधगलन और इस्केमिक पूर्व शर्त के प्रति प्रतिक्रिया को नियंत्रित करता है। यह समीक्षा बाह्य कोशिकीय पुटिका miRNA स्थानांतरण की हमारी वर्तमान समझ का वर्णन करती है, जिसमें miR-126, miR-146a, miR-143, और अन्य miRNAs की भूमिकाओं को एंडोथेलियल कोशिकाओं, स्टेम सेल, फाइब्रोब्लास्ट और अन्य से मायोसाइट्स, एंडोथेलियल कोशिकाओं और अन्य में बंद किया जा रहा है। चिकनी पेशी कोशिकाएं कोशिकीय परिवर्तनों को सक्रिय करती हैं और रोग फेनोटाइप को संशोधित करती हैं।


परिचय

कशेरुकियों में कूप विकास और oocyte परिपक्वता जटिल घटनाएं हैं जिनके लिए हाइपोथैलेमस-पिट्यूटरी-गोनाडल अक्ष से उत्पन्न हार्मोन के समन्वय की आवश्यकता होती है। हाइपोथैलेमस गोनैडोट्रोपिन-रिलीजिंग हार्मोन (GnRH) का उत्पादन करता है, जो पिट्यूटरी ग्रंथि से गोनैडोट्रोपिन, कूप उत्तेजक हार्मोन (FSH) और ल्यूटिनाइजिंग हार्मोन (LH) के स्राव को उत्तेजित करता है। मछली में, एफएसएच डिम्बग्रंथि कूपिक कोशिकाओं से एस्ट्राडियोल उत्पादन को प्रेरित करके कूप विकास को बढ़ावा देने में एक प्रमुख भूमिका निभाता है, जबकि एलएच 17α, 20β-डायहाइड्रॉक्सी प्रोजेस्टेरोन के उत्पादन को प्रेरित करने के लिए कूपिक कोशिकाओं पर कार्य करता है, जिसे परिपक्वता-उत्प्रेरण हार्मोन के रूप में जाना जाता है। एमआईएच) (1, 2)। MIH तब झिल्ली प्रोजेस्टिन रिसेप्टर्स (mPRs), विशेष रूप से mPRα, oocytes की सतह पर व्यक्त (3, 4) से बांधता है। यह, बदले में, परिपक्वता प्रवर्तक कारक (MPF) को सक्रिय करता है, जिससे oocyte अपनी अर्धसूत्रीविभाजन से मुक्त हो जाता है और oocyte की परिपक्वता (5, 6) हो जाती है। इसके अलावा, कूपिक कोशिकाओं और / या oocytes के भीतर उत्पादित कई संकेतन अणु भी कूप विकास और oocyte परिपक्वता (1, 2) को विनियमित करने के लिए स्थानीय रूप से कार्य करते हैं।

परिपक्वता प्रक्रिया में शामिल होने से पहले, zebrafish के रोम तीन चरणों के माध्यम से विकसित होते हैं। चरण I या प्राथमिक विकास चरण में, oocytes बढ़ने लगते हैं, और रोम बनने लगते हैं। स्टेज II को कॉर्टिकल एल्वोलस या प्रीविटेलोजेनिक स्टेज के रूप में जाना जाता है जिसमें कॉर्टिकल एल्वियोली oocytes के भीतर जमा हो जाती है। स्टेज III को विटेलोजेनेसिस (7) की विशेषता है। इस चरण के दौरान, रोम न केवल आकार में बढ़ते हैं बल्कि परिपक्व क्षमता भी विकसित करते हैं। यह बताया गया है कि मानव कोरियोनिक गोनाडोट्रोपिन (एचसीजी, एलएच के एक एनालॉग के रूप में इस्तेमाल किया जाता है), या एमआईएच के साथ इलाज किए जाने पर छोटे प्रारंभिक विटेलोजेनिक फॉलिकल परिपक्वता से गुजरने में असमर्थ होते हैं। इसके विपरीत, मध्य से देर से विटेलोजेनेसिस में बड़े रोम इन हार्मोनों से प्रेरित हो सकते हैं और परिपक्वता चरण (7, 8) में प्रवेश कर सकते हैं। इसलिए, छोटे और मध्य-देर के विटेलोजेनिक फॉलिकल्स को क्रमशः III-1 (या IIIa) और III-2 (या IIIb) के चरणों (8, 9) के रूप में वर्णित किया गया है। फॉलिकल्स के भीतर उत्पन्न होने वाले सिग्नलिंग अणु, जैसे कि ट्रांसफ़ॉर्मिंग ग्रोथ फैक्टर-β (TGF-β) सुपरफैमिली के सदस्य, परिपक्व क्षमता (10�) को विनियमित करने के लिए दिखाए गए हैं।

माइक्रोआरएनए (एमआईआरएनए) लगभग 18縦 न्यूक्लियोटाइड्स (एनटी) लंबाई (13�) के छोटे, एकल फंसे, गैर-कोडिंग आरएनए के प्रचुर वर्ग का गठन करते हैं। सामान्य तौर पर, miRNAs को पहले पुराने या इंटरजेनिक डीएनए से प्राथमिक miRNAs में स्थानांतरित किया जाता है, जिसे अग्रदूत miRNAs (प्री-miRNAs) में संसाधित किया जाता है, और फिर साइटोप्लाज्म में निर्यात किया जाता है। प्री-miRNAs में एक हेयरपिन संरचना होती है और इसे आगे परिपक्व miRNA डुप्लेक्स में संसाधित किया जाता है, जो एकल-फंसे परिपक्व miRNAs में खुलते हैं। ज्यादातर मामलों में, परिपक्व miRNAs अपनी स्थिरता को कम करने और अनुवाद को बाधित करने के लिए लक्ष्य mRNAs के 3′ अअनुवादित क्षेत्र के साथ बातचीत करते हैं (15�)। जीन अभिव्यक्ति को विनियमित करके, miRNAs प्रजनन (18�) सहित विकासात्मक और शारीरिक घटनाओं के ढेरों में शामिल हैं। मछली सहित कई प्रजातियों के अंडाशय में miRNAs का पता लगाया गया है (21�)। यह बताया गया है कि miRNAs स्तनधारियों में डिम्बग्रंथि कार्यों को नियंत्रित करते हैं, जैसे कि ग्रैनुलोसा सेल प्रसार (25) और एपोप्टोसिस (26, 27), एस्ट्राडियोल उत्पादन (28, 29), और प्रोजेस्टेरोन (30) और एलएच / सीजी रिसेप्टर्स की अभिव्यक्ति। 31)। हाल के एक अध्ययन से पता चलता है कि miRNAs मछली प्रजनन (32) के महत्वपूर्ण नियामक भी हैं। हालाँकि, मछली कूप विकास और oocyte परिपक्वता के दौरान miRNAs के कार्य अभी भी काफी हद तक अज्ञात हैं।

हमने पहले zebrafish कूपिक कोशिकाओं में miR-17a और miR-430b का पता लगाया है और पाया है कि उनकी अभिव्यक्ति का स्तर hCG (33) द्वारा नियंत्रित किया जाता है, यह सुझाव देते हुए कि miRNAs oocyte परिपक्वता में भूमिका निभा सकते हैं। आगे की जांच करने के लिए कि क्या miRNAs कूप विकास और oocyte परिपक्वता में शामिल हैं, विशेष रूप से परिपक्वता योग्यता के अधिग्रहण में, हमने चरण IIIa और IIIb रोम के बीच कूपिक कोशिकाओं में miRNA अभिव्यक्ति प्रोफाइल की तुलना करने के लिए अगली पीढ़ी के RNA अनुक्रमण (RNA-seq) का उपयोग किया। हमने महत्वपूर्ण रूप से विनियमित miRNAs की पहचान की, उपन्यास miRNAs की भविष्यवाणी की और महत्वपूर्ण रूप से विनियमित miRNAs में से चार की अभिव्यक्ति को मान्य किया। अंत में, जीन संवर्धन और विभेदित रूप से व्यक्त miRNAs के अनुमानित लक्ष्य जीन के मार्ग विश्लेषण के माध्यम से, हमने उन प्रमुख मार्गों की पहचान की जो कूप विकास और oocyte परिपक्वता के दौरान महत्वपूर्ण हो सकते हैं।


परिणाम

वेब इंटरफेस

miRSel डेटाबेस में संग्रहीत miRNA-जीन जोड़े पर जानकारी प्राप्त करने के लिए एक वेब इंटरफ़ेस प्रदान करता है (चित्र ​ (चित्र 2)। 2)। इंटरफ़ेस क्वेरी परिणाम सेट को प्रतिबंधित करने के लिए विभिन्न विकल्पों को जोड़ने और संयोजित करने की अनुमति देता है।

डेटाबेस के लिए एक वेब आधारित ग्राफिकल यूजर इंटरफेस. miRSel को विभिन्न विकल्पों के माध्यम से पूछताछ की जा सकती है, जिसमें miRNA, लक्ष्य, जीन ऑन्कोलॉजी और PubMed कीवर्ड क्वेरी शामिल हैं। यदि एकाधिक विकल्प चुने जाते हैं, तो परिणाम AND-संयुक्त होते हैं। रिकॉल बनाम खनन परिणामों की सटीकता को नियंत्रित करने के लिए कई फ़िल्टर प्रदान किए गए हैं। विवरण के लिए टेक्स्ट देखें।

(i) जीन नाम, जीन प्रतीकों, प्रोटीन नामों या डेटाबेस पहचानकर्ताओं के आधार पर जीन का चयन किया जा सकता है।

(ii) miRNAs को miRNA पहचानकर्ताओं और miRNA जीन परिवारों के आधार पर चुना जा सकता है।

(iii) एक PubMed इंटरफ़ेस miRSel की खोज के लिए मनमाने ढंग से PubMed कीवर्ड क्वेरी को सक्षम बनाता है, miRNA- जीन जोड़े केवल तभी रिपोर्ट किए जाते हैं जब PubMed क्वेरी से मेल खाने वाले PubMed सार में पाए जाते हैं।

(iv) जीन ऑन्कोलॉजी (जीओ) विकल्प रिपोर्ट किए गए miRNA-जीन जोड़े को चयनित GO-शर्तों [42] से जुड़े जीनों तक सीमित रखता है।

कार्यान्वयन अनुभाग में अतिरिक्त फ़िल्टर विकल्पों का वर्णन किया गया है। चित्र ​ चित्र2 2 क्वेरी मास्क दिखाता है और चित्र ​ चित्र 3 क्वेरी प्रक्रिया को योजनाबद्ध रूप से दर्शाता है। प्राथमिक क्वेरी परिणाम के रूप में, उपयोगकर्ता को miRNA-जीन जोड़े की एक एनोटेट तालिका प्रस्तुत की जाती है। तालिका से पता चलता है कि क्या जोड़े मैन्युअल रूप से क्यूरेट किए गए डेटाबेस (जैसे टारबेस, miR2Disease) में से एक में समाहित हैं या यदि उन्हें miRNA- लक्ष्य भविष्यवाणी एल्गोरिदम द्वारा भविष्यवाणी की गई है। तालिका दृश्य के अलावा, ग्राफ़विज़ सॉफ़्टवेयर [43] (चित्र ​ (चित्र3)) का उपयोग करके miRNA-जीन जोड़े का ग्राफिक रूप से विश्लेषण किया जा सकता है। दोनों अभ्यावेदन प्राथमिक डेटाबेस पृष्ठों (जैसे miRBase, Entrez Gene) को मिली संस्थाओं और PubMed सार तत्वों के लिए लिंक प्रदान करते हैं जहाँ इकाई के नाम पाए गए हैं।

miRNA आईडी द्वारा miRSel खोज का एक योजनाबद्ध कार्यप्रवाह. एक पूर्ण या आंशिक खोज कुंजी (जैसे एक miRNA) (A) दर्ज करने के बाद उपयोगकर्ता मिलान करने वाले miRNAs (B) के सबसेट का चयन कर सकता है। फिर, डेटाबेस में संग्रहीत संबंधित miRNA- लक्ष्य सह-घटनाओं को एक सारणीबद्ध प्रारूप (C) में प्रदर्शित किया जाता है। यह तालिका प्राथमिक डेटाबेस के miRNA या जीन पृष्ठों (जैसे D = miRBase, E = Entrez Gene, PubMed एब्सट्रैक्ट जो विशेष सह-घटनाओं (F) का संदर्भ देती है, या डेटाबेस स्रोतों के लिए नेविगेशन को सक्षम करती है जिसके लिए जोड़ी को एकीकृत किया गया है (G) )साथ ही, प्रत्येक miRNA- लक्ष्य जोड़ी से संबंधित विवरण उदा। साहित्य में किसी दिए गए miRNA या प्रोटीन के लिए सभी संभावित नाम और अन्य डेटाबेस और अनुक्रम भविष्यवाणी के तुलना परिणाम तालिका (एच) से प्रदर्शित किए जा सकते हैं। अंत में, एक miRNA लक्ष्य इंटरेक्शन ग्राफ (I) प्रदर्शित किया जा सकता है जो नेविगेशन को miRNA और जीन पेज (नोड्स) या PubMed एब्स्ट्रैक्ट्स (किनारों) में भी सक्षम बनाता है।

मूल्यांकन

miRSel प्रकाशन सार में जीन, प्रोटीन और miRNAs के मान्य पहचानकर्ताओं की घटनाओं को खोजने पर आधारित है। यहां हम वैध miRNA, जीन और प्रोटीन घटनाओं के साथ-साथ मान्य miRNA-जीन जोड़े और विस्तृत miRNA-जीन जोड़ी संघों को खोजने के संबंध में miRSel के प्रदर्शन पर रिपोर्ट करते हैं।

हम निम्नलिखित में ग्रंथों में miRNAs का पता लगाने की विश्वसनीयता का अनुमान लगाते हैं। BioCreAtIvE प्रतियोगिता [33] में जीन और प्रोटीन नाम का पता लगाने के प्रदर्शन का मूल्यांकन पहले ही किया जा चुका है।

मूल्यांकन के लिए हमने पबमेड सार का चयन किया जो miRNAs का पता लगाने के लिए हमारी नियमित अभिव्यक्ति से मेल खाता था या इसमें 'microRNA', 'miRNA' 'mir', 'miR' और 'MIR' जैसे कीवर्ड शामिल थे। एक miRNA पहचानकर्ता या संबंधित कीवर्ड वाले वाक्यों में अतिरिक्त रूप से कार्यान्वयन अनुभाग में वर्णित हमारी समानार्थी सूची से प्रोटीन नाम शामिल करने की आवश्यकता थी। उपरोक्त आवश्यकताओं को पूरा करने वाले 89 वाक्यों वाले 50 PubMed सार को यादृच्छिक रूप से चुना गया था। miRSel की तुलना विभिन्न मैनुअल विश्लेषणों (नीचे देखें) के साथ रिकॉल (यानी ट्रू पॉजिटिव (टीपी) और सभी ट्रू घटनाओं का अंश), सटीक (यानी टीपी का अंश और सभी भविष्यवाणियों) और एफ-माप के संदर्भ में की गई थी।

miRNA पहचानकर्ता घटनाओं का मूल्यांकन तालिका 2(a) में दिखाया गया है। नियमित अभिव्यक्ति आधारित मिलान के लिए धन्यवाद, ग्रंथों में miRNA पहचानकर्ताओं का पता लगाना बहुत विश्वसनीय है।

तालिका 2

MiRNAs और miRNA-जीन संघों का पता लगाने का मूल्यांकन।

निष्पादन मूल्यांकनएब्सट्रैक्टवाक्यमामलोंयादशुद्धताएफ-माप
(ए) miRNA घटनाएं5089790.961.000.98
(बी) miRNA-जीन संघों50891810.900.650.76
(सी) बी की तरह, असंबद्धता के बाद50891810.880.780.83
(डी) जैसे बी, कीवर्ड के साथ20291030.890.700.78
(ई) बी की तरह, एसोसिएशन प्रकार20291030.870.620.73

MiRNA-जीन संघों का पता लगाने के लिए हमने मैन्युअल रूप से मूल्यांकन किया है कि क्या एक जीन और एक miRNA को मेरे miRSel का सही ढंग से पता लगाया गया है और यदि दोनों के बीच संबंध निहित है। जैसा कि तालिका 2 (बी) में दिखाया गया है, miRSel में कई जोड़े वैध संघों का प्रतिनिधित्व करते हैं। अतिरिक्त ऊतक और सेल-लाइन शब्दकोशों (तालिका 2 (सी)) का उपयोग करके जीन पहचानकर्ताओं के लिए स्वचालित रूप से अस्पष्टताओं को हल करके miRNA-जीन संघों का पता लगाने को और अधिक परिष्कृत किया गया है।

सामान्य miRNA-जीन संघों का पता लगाने के अलावा, miRSel स्वचालित रूप से miRNAs और जीन (भौतिक लक्ष्य, सह-अभिव्यक्ति, दमन, प्रेरण, और दरार विवरण के लिए कार्यान्वयन अनुभाग देखें) के बीच पांच अलग-अलग प्रकार के संघों की व्याख्या करता है। miRSel 1301 (65%) में 1973 के एकल-वाक्य वाले मानव miRNA-जीन जोड़े को पांच प्रकारों में से एक में वर्गीकृत किया गया था।

ऊपर वर्णित परीक्षण सेट से, संबद्ध कीवर्ड वाले वाक्यों के एक सबसेट का भी मैन्युअल रूप से मूल्यांकन किया गया है। यदि miRNA-जीन जोड़े के साथ वाक्यों में संबद्धता कीवर्ड मौजूद हैं, तो एसोसिएशन का पता लगाने की सटीकता थोड़ी बढ़ जाती है (तालिका ​ (तालिका 2, 2, बी और डी की तुलना करें)। यदि एक सच्चे miRNA-जीन संघ का पता लगाया जाता है, तो एसोसिएशन कीवर्ड का वर्णन करते हैं 89% मामलों में सही ढंग से एसोसिएशन का प्रकार (तालिका ​ (तालिका 2, 2, डी और ई की तुलना करें)।

MiRSel क्वेरी उदाहरण: p53 प्रोटीन और hsa-miR-21

TP53 जीन (एंट्रेज़ जीन: 7157) प्रोटीन p53 को एनकोड करता है, जो सबसे महत्वपूर्ण ट्यूमर शमन प्रोटीन में से एक है। TarBase और miRecords इस जीन को लक्षित करने वाले किसी भी miRNA की रिपोर्ट नहीं करते हैं। हमने 60 अलग-अलग मानव miRNAs निकाले जो 79 PubMed सार तत्वों से इस लक्ष्य जीन के साथ सह-होते हैं, और उनमें से कुछ (जैसे hsa-let-7a, hsa-miR-30b, hsa-miR-183) माइक्रोएरे-आधारित परिणामों के अनुरूप हैं। शाल्गी आदि ने चर्चा की। [44]।

hsa-miR-21, miR2Disease में सबसे अधिक बार आने वाला miRNA है, इस miRNA के 59 प्रलेखित संघों के साथ रोग हैं। miRSel में 123 PubMed एब्स्ट्रैक्ट्स से निकाले गए इस miRNA के साथ सह-होने वाले 181 अलग-अलग जीन हैं। यदि miRSel परिणाम अधिक विश्वसनीय एकल-वाक्य जोड़े तक सीमित हैं, तो 96 जोड़े पुनर्प्राप्त किए जाते हैं।


MiRNA रजिस्ट्री का उद्देश्य

MiRNA रजिस्ट्री का प्राथमिक उद्देश्य दुगना है। पहला है उनकी खोज के प्रकाशन से पहले अलग-अलग miRNAs को अद्वितीय नाम देना। नामकरण के लिए miRNA अनुक्रम प्रस्तुत करने की सुविधा के लिए एक वेब इंटरफ़ेस विकसित किया गया है। जीन नामों के आकस्मिक ओवरलैप से बचने के लिए, और असाइनमेंट की 'प्री-बुकिंग' को कम करने के लिए, रजिस्ट्री एक नाम असाइन करेगी, जब अनुक्रम का वर्णन करने वाला एक पेपर प्रकाशन के लिए स्वीकार कर लिया गया हो। लेखकों को सलाह दी जाती है कि सहकर्मी समीक्षा के लिए पत्रिकाओं को लेख प्रस्तुत करने में अस्थायी नामों का उपयोग करें। स्वीकृति पर, अंतिम नामों पर चर्चा की जाती है और संबंधित लेखक के साथ सहमति व्यक्त की जाती है। miRNA रजिस्ट्री पूर्व-प्रकाशन डेटा के लिए पूर्ण गोपनीयता बनाए रखती है।

अनुक्रम समानता के आधार पर miRNAs को संख्यात्मक पहचानकर्ता दिए जाते हैं। लेखन के समय, अंतिम निर्दिष्ट नाम miR‐318 from . है ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर . अगले miRNA में पहले से पहचाने गए अनुक्रमों की कोई समानता नहीं है, जिसे miR‐319 नाम प्राप्त होगा। विभिन्न जीवों में समरूपों के लिए एक ही नाम प्राप्त करना वांछनीय है। नाम पहले से पहचाने गए miRNAs के एक्साइज 22 एनटी अनुक्रम की समानता पर आधारित हैं। समान परिपक्व अनुक्रमों को एक ही नाम दिया जाता है - यदि वे किसी दिए गए जीव में अलग जीनोमिक लोकी से उत्पन्न होते हैं तो उन्हें संख्यात्मक प्रत्यय दिए जाते हैं, जैसे कि मिर‐6‐1 तथा मिर‐6‐2 से डी.मेलानोगास्टर (4)। एक या दो आधार परिवर्तन वाले अनुक्रमों को miR-181a और miR-181b ( 17 ) प्रपत्र के प्रत्यय दिए गए हैं। प्राथमिक प्रतिलेख के हेयरपिन भाग में अनुक्रम समानता द्वारा अधिक आधार अंतर वाले समजातीय अनुक्रमों का सुझाव दिया जा सकता है, और ऐसे मामलों पर चर्चा की जाती है और नाम संबंधित लेखक के साथ सहमत होते हैं। कुछ miRNA हेयरपिन अग्रदूत दो एक्साइज़्ड miRNAs को जन्म देते हैं, प्रत्येक भुजा से एक। इन अनुक्रमों का वर्णन करने के लिए विभिन्न नामकरण परंपराओं का उपयोग किया गया है। जहां क्लोनिंग अध्ययनों ने शोधकर्ताओं को यह निर्धारित करने की अनुमति दी है कि अग्रदूत की कौन सी भुजा मुख्य रूप से व्यक्त miRNA को जन्म देती है, एक तारांकन का उपयोग कम प्रबल रूप को दर्शाने के लिए किया गया है, जैसा कि miR‐56 और miR‐56 * में सी. एलिगेंस (2)। पिछली रिपोर्टों ने भी हेयरपिन अग्रदूत के विपरीत भुजाओं से miRNAs को निरूपित किया है, उदाहरण के लिए, miR‐142‐s (5′ बांह) और miR‐142‐as (3′ बांह) (5)। वर्तमान राय क्रमशः 5′ और 3′ भुजाओं से miRNAs को नामित करने के लिए miR‐142‐5p और miR‐142‐3p के नामों का उपयोग करने के पक्ष में है, जब तक कि डेटा यह पुष्टि करने के लिए पर्याप्त नहीं है कि मुख्य रूप से व्यक्त किया गया है (T. Tuschl और D बार्टेल, व्यक्तिगत संचार)। अर्थ प्रदान करने के लिए नामों के कैपिटलाइज़ेशन पर भरोसा नहीं किया जाना चाहिए, लेकिन ऐतिहासिक रूप से, मीर‐16 जीन को नामित करने के लिए इस्तेमाल किया गया है (और प्राथमिक प्रतिलेख का अनुमानित स्टेम-लूप भाग भी), जबकि miR-16 एक्साइज 22 एनटी अनुक्रम को दर्शाता है। पादप जीन नाम थोड़े भिन्न परिपाटी का अनुसरण करते हैं—रूप का एमआईआर156 ( 10 ).

miRNA रजिस्ट्री का दूसरा उद्देश्य सभी प्रकाशित miRNA अनुक्रमों का एक व्यापक और खोजने योग्य डेटाबेस प्रदान करना है। इसके लिए, प्रस्तुत अनुक्रमों को उनके प्रकाशन पर डेटाबेस के सार्वजनिक अनुभागों में ले जाया जाता है। वेबसाइट में miRNA प्रविष्टियों, नाम, कीवर्ड और प्रकाशन खोजों की एक ब्राउज़ करने योग्य सूची शामिल है, और उपयोगकर्ता को अनुमानित हेयरपिन और परिपक्व miRNAs के डेटाबेस के खिलाफ एक अनुक्रम खोजने की अनुमति देता है। प्रत्येक डेटाबेस प्रविष्टि एक अनुमानित स्टेम-लूप का प्रतिनिधित्व करती है जिसमें miRNA युक्त होता है, जिसमें बताए गए एक्साइज सीक्वेंस की सीमा होती है। MiRNA की खोज का वर्णन करने वाले प्रकाशन को प्राथमिक संदर्भ के रूप में उद्धृत किया गया है। अधिक जानकारी के लिए साहित्य संदर्भों के लिंक के साथ जीनोमिक स्थान, समरूप अनुक्रम और संभावित लक्ष्यों का संक्षिप्त विवरण प्रदान किया गया है। न्यूक्लियोटाइड डेटाबेस, मॉडल जीव डेटाबेस और आरएनए परिवार डेटाबेस के लिए क्रॉस-लिंक दिए गए हैं। हेयरपिन बेस-पेयर्ड संरचनाओं को विएनाआरएनए पैकेज (26) से आरएनएफोल्ड प्रोग्राम द्वारा भविष्यवाणी के रूप में दर्शाया गया है। एक विशिष्ट प्रवेश पृष्ठ चित्र 1 में दिखाया गया है।

miRNA रजिस्ट्री के दीर्घावधिक अवधि के लिए प्रतिबद्धता नए अनुक्रम डेटा और एनोटेशन का तेजी से प्रसार सुनिश्चित करती है। प्रत्येक डेटाबेस प्रविष्टि को miRNA जीन नाम के अतिरिक्त एक स्थिर परिग्रहण संख्या द्वारा पहचाना जाता है। यह प्रारंभिक प्रकाशित नामों और विवरणों से परिवर्तनों को ट्रैक करने के लिए जानकारी बनाए रखने के साथ-साथ अधिक डेटा उपलब्ध होने पर जीन नामों के युक्तिकरण को सक्षम बनाता है। लेखन के समय, डेटाबेस में केवल प्रकाशित miRNA लोकी होता है, लेकिन miRNA एनोटेशन दिशानिर्देश मान्य miRNA अनुक्रमों (24) के समरूपों की कम्प्यूटेशनल पहचान के लिए अनुमति देते हैं। डेटाबेस का आकार महत्वपूर्ण रूप से बढ़ने की संभावना है क्योंकि ऐसे अनुक्रम हमारे और अन्य लोगों द्वारा क्यूरेट किए जाते हैं। जैसे ही miRNAs के जैवजनन के बारे में अधिक जानकारी उपलब्ध हो जाती है, हम अनुमान लगाते हैं कि प्राथमिक ट्रांज़िट और हेयरपिन अग्रदूत के साथ-साथ एक्साइज़्ड परिपक्व miRNA के लिए अनुक्रम जानकारी को क्यूरेट करना वांछनीय हो जाएगा। Rfam डेटाबेस (27) के साथ घनिष्ठ एकीकरण परिवारों में संबंधित miRNA अनुक्रमों के वर्गीकरण की सुविधा प्रदान करता है।


16.5 क्लैडिस्टिक्स

Cladistics (ग्रीक κλάδος, kládos, "शाखा" से) जैविक वर्गीकरण के लिए एक दृष्टिकोण है जिसमें जीवों को साझा व्युत्पन्न विशेषताओं के आधार पर वर्गीकृत किया जाता है जिन्हें समूह के सबसे हाल के सामान्य पूर्वज के लिए खोजा जा सकता है और अधिक दूर पूर्वजों में मौजूद नहीं हैं। इसलिए, एक समूह के सदस्यों को एक सामान्य इतिहास साझा करने के लिए माना जाता है और उन्हें निकट से संबंधित माना जाता है।

क्लैडिस्टिक विश्लेषण में इस्तेमाल की जाने वाली मूल विधियाँ और जर्मन कीटविज्ञानी विली हेनिग के काम से व्युत्पन्न टैक्सोनॉमी के स्कूल, जिन्होंने इसे फ़ाइलोजेनेटिक सिस्टमैटिक्स (उनकी 1966 की पुस्तक का शीर्षक भी) के रूप में संदर्भित किया, शब्द "क्लैडिस्टिक्स" और "क्लैड" लोकप्रिय थे। अन्य शोधकर्ताओं द्वारा। क्लैडिस्टिक्स मूल अर्थ में फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण में उपयोग किए जाने वाले तरीकों के एक विशेष सेट को संदर्भित करता है, हालांकि अब इसे कभी-कभी पूरे क्षेत्र को संदर्भित करने के लिए उपयोग किया जाता है।

निम्नलिखित शब्द, हेनिग द्वारा गढ़े गए, जीवों के समूहों के बीच साझा या विशिष्ट चरित्र राज्यों की पहचान करने के लिए उपयोग किए जाते हैं:

प्लेसीओमॉर्फी ("करीबी रूप") या पैतृक राज्य एक चरित्र राज्य है जिसे एक टैक्सन ने अपने पूर्वजों से बरकरार रखा है। जब दो या दो से अधिक टैक्सा जो एक दूसरे के भीतर नेस्टेड नहीं होते हैं, एक प्लेसीओमॉर्फी साझा करते हैं, तो यह एक सिम्प्लेसियोमॉर्फी (syn- से, "एक साथ") है। Symplesiomorphies का मतलब यह नहीं है कि उस चरित्र स्थिति को प्रदर्शित करने वाले कर आवश्यक रूप से निकट से संबंधित हैं। उदाहरण के लिए, रेप्टिलिया को पारंपरिक रूप से (अन्य बातों के अलावा) ठंडे खून वाले (यानी, लगातार उच्च शरीर के तापमान को बनाए नहीं रखने) की विशेषता है, जबकि पक्षी गर्म रक्त वाले होते हैं। चूंकि कोल्ड-ब्लडनेस एक प्लेसीओमॉर्फी है, जो पारंपरिक सरीसृपों और पक्षियों के सामान्य पूर्वज से विरासत में मिली है, और इस तरह कछुओं, सांपों और मगरमच्छों (दूसरों के बीच) की एक सिम्प्लेसियोमॉर्फी है, इसका मतलब यह नहीं है कि कछुए, सांप और मगरमच्छ एक क्लैड बनाते हैं, जिसमें शामिल नहीं है। पक्षी

एक अपोमोर्फी ("अलग रूप") या व्युत्पन्न राज्य एक नवाचार है। इस प्रकार इसका उपयोग एक क्लैड का निदान करने के लिए किया जा सकता है - या यहां तक ​​​​कि फ़ाइलोजेनेटिक नामकरण में एक क्लैड नाम को परिभाषित करने में मदद करने के लिए भी। व्यक्तिगत कर (एक एकल प्रजाति या एक समूह जिसे किसी दिए गए फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण में एकल टर्मिनल द्वारा दर्शाया गया है) में व्युत्पन्न विशेषताएं ऑटोपोमॉर्फीज़ (ऑटो-, "स्व" से) कहलाती हैं। ऑटोपोमॉर्फी उन समूहों के बीच संबंधों के बारे में कुछ भी व्यक्त नहीं करते हैं जिन्हें सिनापोमॉर्फीज़ (syn-, "एक साथ") द्वारा पहचाना (या परिभाषित) किया जाता है। उदाहरण के लिए, अंकों का आधिपत्य जो उन अंकों के समरूप हैं होमो सेपियन्स कशेरुकियों के भीतर एक सिनापोमॉर्फी है। टेट्रापोड्स को पहले कशेरुक से मिलकर बनाया जा सकता है, जिसमें ऐसे अंक होते हैं जो के समरूप होते हैं होमो सेपियन्स इस कशेरुक के सभी वंशजों के साथ (एक अपोमोर्फी-आधारित फ़ाइलोजेनेटिक परिभाषा)। महत्वपूर्ण रूप से, सांप और अन्य टेट्रापोड जिनमें अंक नहीं होते हैं, वे फिर भी टेट्रापोड होते हैं: अन्य वर्ण, जैसे कि एमनियोटिक अंडे और डायप्सिड खोपड़ी, संकेत देते हैं कि वे पूर्वजों के वंशज थे जिनके पास अंक थे जो हमारे साथ समरूप हैं।

चरित्र अवस्था होमोप्लास्टिक या "होमोप्लासी का एक उदाहरण" है यदि यह दो या दो से अधिक जीवों द्वारा साझा किया जाता है, लेकिन उनके सामान्य पूर्वज से या किसी एक जीव के वंश में बाद के पूर्वजों से अनुपस्थित है। इसलिए यह अनुमान लगाया जाता है कि यह अभिसरण या उत्क्रमण द्वारा विकसित हुआ है। स्तनधारी और पक्षी दोनों एक उच्च स्थिर शरीर के तापमान को बनाए रखने में सक्षम होते हैं (अर्थात, वे गर्म रक्त वाले होते हैं)। हालांकि, उनकी महत्वपूर्ण विशेषताओं की व्याख्या करते हुए स्वीकृत क्लैडोग्राम इंगित करता है कि उनके सामान्य पूर्वज इस चरित्र राज्य की कमी वाले समूह में हैं, इसलिए राज्य को दो वर्गों में स्वतंत्र रूप से विकसित होना चाहिए। वार्म-ब्लडनेस अलग से स्तनधारियों (या एक बड़ा क्लैड) और पक्षियों (या एक बड़ा क्लैड) का एक पर्यायवाची शब्द है, लेकिन यह इन दोनों समूहों सहित किसी भी समूह का एक पर्यायवाची नहीं है। हेनिग के सहायक सिद्धांत में कहा गया है कि साझा चरित्र राज्यों को समूहीकरण का प्रमाण माना जाना चाहिए, जब तक कि वे अन्य सबूतों के वजन से विरोधाभासी न हों, इस प्रकार, किसी समूह के सदस्यों के बीच किसी विशेषता के होमोप्लासी का अनुमान केवल उस समूह के लिए एक फ़िलेगोनेटिक परिकल्पना के स्थापित होने के बाद लगाया जा सकता है।

प्लेसीओमॉर्फी और एपोमॉर्फी शब्द सापेक्ष हैं, उनका अनुप्रयोग एक पेड़ के भीतर एक समूह की स्थिति पर निर्भर करता है। उदाहरण के लिए, जब यह तय करने की कोशिश की जा रही है कि क्या टेट्रापोड एक क्लैड बनाते हैं, तो एक महत्वपूर्ण सवाल यह है कि क्या चार अंगों का होना टेट्रापोडा के भीतर शामिल किए जाने वाले सबसे शुरुआती कर का एक पर्यायवाची है: क्या टेट्रापोडा के सभी शुरुआती सदस्यों को एक सामान्य पूर्वज से चार अंग विरासत में मिले थे। , जबकि अन्य सभी कशेरुकी नहीं थे, या कम से कम समजात रूप से तो नहीं थे? इसके विपरीत, टेट्रापोड्स के भीतर एक समूह के लिए, जैसे कि पक्षी, जिसके चार अंग होते हैं, एक प्लेसीओमॉर्फी है। इन दो शब्दों का प्रयोग होमोलॉजी की चर्चा में अधिक सटीकता की अनुमति देता है, विशेष रूप से विभिन्न समरूप विशेषताओं के बीच पदानुक्रमित संबंधों की स्पष्ट अभिव्यक्ति की अनुमति देता है।

यह तय करना मुश्किल हो सकता है कि क्या एक चरित्र राज्य वास्तव में वही है और इस प्रकार एक सिनापोमोर्फी के रूप में वर्गीकृत किया जा सकता है, जो एक मोनोफिलेटिक समूह की पहचान कर सकता है, या क्या यह केवल वही प्रतीत होता है और इस प्रकार एक होमोप्लासी है, जो इस तरह की पहचान नहीं कर सकता है एक समूह। सर्कुलर रीजनिंग का खतरा है: एक फ़ाइलोजेनेटिक पेड़ के आकार के बारे में धारणाओं का उपयोग चरित्र राज्यों के बारे में निर्णयों को सही ठहराने के लिए किया जाता है, जो तब पेड़ के आकार के सबूत के रूप में उपयोग किए जाते हैं। Phylogenetics ऐसे प्रश्नों को तय करने के लिए पारसीमोनी के विभिन्न रूपों का उपयोग करता है, जो निष्कर्ष पर पहुंचते हैं, अक्सर डेटासेट और विधियों पर निर्भर करते हैं। अनुभवजन्य विज्ञान की प्रकृति ऐसी है, और इस कारण से, अधिकांश क्लैडिस्ट अपने क्लैडोग्राम को संबंधों की परिकल्पना के रूप में संदर्भित करते हैं। क्लैडोग्राम जो बड़ी संख्या में और विभिन्न प्रकार के विभिन्न प्रकार के पात्रों द्वारा समर्थित होते हैं, उन्हें अधिक सीमित साक्ष्य के आधार पर अधिक मजबूत के रूप में देखा जाता है।

20 वीं शताब्दी के उत्तरार्ध से, क्लैडिस्टिक्स ने फेनेटिक्स को पीछे छोड़ दिया। फेनेटिक्स समग्र समानता के एक उपाय के माध्यम से जीवों के संबंधों को निर्धारित करने का एक प्रयास था, जिससे प्लेसीओमॉर्फीज़ (साझा पैतृक लक्षण) और एपोमॉर्फीज़ (व्युत्पन्न लक्षण) के बीच कोई अंतर नहीं हुआ।

एक मोनोफिलेटिक समूह जीवों का एक समूह है जो एक क्लैड बनाता है, जिसमें एक सामान्य पूर्वज के सभी वंशज होते हैं। मोनोफैलेटिक समूहों को आम तौर पर साझा व्युत्पन्न विशेषताओं (सिनैपोमॉर्फीज़) की विशेषता होती है, जो अन्य जीवों से क्लैड में जीवों को अलग करती है। एक मोनोफिलेटिक समूह के सदस्यों की व्यवस्था को मोनोफाइली कहा जाता है।

एक समूह पैराफाईलेटिक होता है यदि इसमें समूह के अंतिम सामान्य पूर्वज और उस पूर्वज के सभी वंशज होते हैं जिनमें कुछ को छोड़कर - आमतौर पर केवल एक या दो-मोनोफिलेटिक उपसमूह होते हैं। अपवर्जित उपसमूहों के संबंध में समूह को पैराफाईलेटिक कहा जाता है। पैराफाईलेटिक समूह के सदस्यों की व्यवस्था को पैराफाईली कहा जाता है।

एक पॉलीफाइलेटिक ("कई जातियों के लिए ग्रीक") समूह जीवों, या अन्य विकसित तत्वों का एक समूह है, जिन्हें एक साथ समूहीकृत किया गया है, लेकिन एक तत्काल सामान्य पूर्वज साझा नहीं करते हैं। यह शब्द अक्सर उन समूहों पर लागू होता है जो समान विशेषताओं को साझा करते हैं लेकिन समान पूर्वजों से विरासत में नहीं मिली हैं, इन विशेषताओं को समरूपता के रूप में जाना जाता है, और समरूप विकास के विकास और घटना को अभिसरण विकास के रूप में जाना जाता है। पॉलीफाइलेटिक समूह के सदस्यों की व्यवस्था को पॉलीफाइली कहा जाता है।

एक क्लैडोग्राम (ग्रीक क्लैडोस "शाखा" और व्याकरण "चरित्र" से) जीवों के बीच संबंधों को दिखाने के लिए क्लैडिस्टिक्स में उपयोग किया जाने वाला एक आरेख है। एक क्लैडोग्राम, हालांकि, एक विकासवादी पेड़ नहीं है क्योंकि यह नहीं दिखाता है कि पूर्वजों का वंशजों से कैसे संबंध है, न ही यह दिखाता है कि वे कितने बदल गए हैं, फिर भी कई विकासवादी पेड़ों को एक क्लैडोग्राम से अनुमान लगाया जा सकता है। एक क्लैडोग्राम उन रेखाओं का उपयोग करता है जो अलग-अलग दिशाओं में एक क्लैड पर समाप्त होती हैं, एक अंतिम सामान्य पूर्वज के साथ जीवों का एक समूह। क्लैडोग्राम के कई आकार होते हैं लेकिन उन सभी में ऐसी रेखाएँ होती हैं जो अन्य रेखाओं से अलग होती हैं। लाइनों का पता लगाया जा सकता है जहां वे शाखा करते हैं। ये ब्रांचिंग ऑफ पॉइंट एक काल्पनिक पूर्वज (वास्तविक इकाई नहीं) का प्रतिनिधित्व करते हैं, जिसे इसके ऊपर के टर्मिनल टैक्स के बीच साझा किए गए लक्षणों को प्रदर्शित करने के लिए अनुमान लगाया जा सकता है। यह काल्पनिक पूर्वज तब पूर्वजों के बारे में विभिन्न विशेषताओं, अनुकूलन और अन्य विकासवादी आख्यानों के विकास के क्रम के बारे में सुराग प्रदान कर सकता है। हालांकि परंपरागत रूप से इस तरह के क्लैडोग्राम बड़े पैमाने पर रूपात्मक वर्णों के आधार पर उत्पन्न होते थे, डीएनए और आरएनए अनुक्रमण डेटा और कम्प्यूटेशनल फ़ाइलोजेनेटिक्स अब आमतौर पर क्लैडोग्राम की पीढ़ी में या तो स्वयं या आकृति विज्ञान के संयोजन में उपयोग किए जाते हैं।

क्लैडोग्राम बनाने के लिए उपयोग की जाने वाली विशेषताओं को मोटे तौर पर या तो रूपात्मक (सिनेप्सिड खोपड़ी, गर्म रक्त, नॉटोकॉर्ड, एककोशिकीय, आदि) या आणविक (डीएनए, आरएनए, या अन्य आनुवंशिक जानकारी) के रूप में वर्गीकृत किया जा सकता है। डीएनए अनुक्रमण के आगमन से पहले, क्लैडिस्टिक विश्लेषण में मुख्य रूप से रूपात्मक डेटा का उपयोग किया जाता था। व्यवहार डेटा (जानवरों के लिए) का भी उपयोग किया जा सकता है।

चूंकि डीएनए अनुक्रमण सस्ता और आसान हो गया है, आणविक प्रणाली विज्ञान फिलाोजेनेटिक परिकल्पनाओं का अनुमान लगाने का एक अधिक से अधिक लोकप्रिय तरीका बन गया है। पारसीमोनी मानदंड का उपयोग करना आणविक डेटा से एक फ़ाइलोजेनी का अनुमान लगाने के कई तरीकों में से एक है। अधिकतम संभावना जैसे दृष्टिकोण, जिसमें अनुक्रम विकास के स्पष्ट मॉडल शामिल हैं, अनुक्रम डेटा का मूल्यांकन करने के लिए गैर-हेनिगियन तरीके हैं।फ़ाइलोजेनी के पुनर्निर्माण का एक अन्य शक्तिशाली तरीका जीनोमिक रेट्रोट्रांसपोसन मार्करों का उपयोग है, जो अनुक्रम डेटा को प्रभावित करने वाले रिवर्सन की समस्या से कम प्रवण माना जाता है। उन्हें आम तौर पर होमोप्लासी की कम घटना माना जाता है क्योंकि एक बार यह सोचा गया था कि जीनोम में उनका एकीकरण पूरी तरह से यादृच्छिक था, ऐसा लगता है कि कम से कम कभी-कभी ऐसा नहीं होता है।

शोधकर्ताओं को यह तय करना होगा कि कौन से चरित्र राज्य "पैतृक" (प्लेसीओमॉर्फीज़) हैं और जो व्युत्पन्न (सिनैपोमॉर्फीज़) हैं, क्योंकि केवल सिनापोमोर्फिक वर्ण राज्य समूहीकरण का प्रमाण प्रदान करते हैं। यह निर्धारण आमतौर पर एक या एक से अधिक बाह्य समूहों के चरित्र राज्यों की तुलना करके किया जाता है। आउटग्रुप और इन-ग्रुप के कुछ सदस्यों के बीच साझा किए गए राज्य सिम्प्लेसियोमॉर्फी हैं जो कि केवल इन-ग्रुप के सबसेट में मौजूद हैं, सिनापोमॉर्फी हैं। ध्यान दें कि चरित्र एक एकल टर्मिनल (ऑटोपोमॉर्फीज़) के लिए अद्वितीय है जो समूहीकरण का प्रमाण प्रदान नहीं करता है। क्लैडिस्टिक विश्लेषण में एक आउटग्रुप का चुनाव एक महत्वपूर्ण कदम है क्योंकि अलग-अलग आउटग्रुप गहराई से अलग-अलग टोपोलॉजी वाले पेड़ों का उत्पादन कर सकते हैं।

एक होमोप्लासी एक चरित्र स्थिति है जो सामान्य वंश के अलावा किसी अन्य कारण से दो या दो से अधिक करों द्वारा साझा की जाती है। होमोप्लासी के दो मुख्य प्रकार हैं अभिसरण (कम से कम दो अलग-अलग वंशों में "समान" चरित्र का विकास) और प्रत्यावर्तन (पैतृक चरित्र की स्थिति में वापसी)। वर्ण जो स्पष्ट रूप से होमोप्लास्टिक हैं, जैसे आर्कटिक स्तनधारियों के विभिन्न वंशों में सफेद फर, एक फाईलोजेनेटिक विश्लेषण में एक चरित्र के रूप में शामिल नहीं किया जाना चाहिए क्योंकि वे संबंधों की हमारी समझ में कुछ भी योगदान नहीं देते हैं। हालांकि, होमोप्लासी अक्सर चरित्र के निरीक्षण से स्पष्ट नहीं होता है (जैसे डीएनए अनुक्रम में, उदाहरण के लिए), और फिर एक सबसे पारदर्शक क्लैडोग्राम पर इसकी असंगति (असमान वितरण) द्वारा पता लगाया जाता है। ध्यान दें कि जो वर्ण होमोप्लास्टिक हैं उनमें अभी भी फ़ाइलोजेनेटिक संकेत हो सकते हैं।

अभिसरण विकास के कारण होमोप्लासी का एक प्रसिद्ध उदाहरण चरित्र होगा, "पंखों की उपस्थिति"। यद्यपि पक्षियों, चमगादड़ों और कीड़ों के पंख समान कार्य करते हैं, प्रत्येक स्वतंत्र रूप से विकसित हुए, जैसा कि उनकी शारीरिक रचना से देखा जा सकता है। यदि "पंखों की उपस्थिति" चरित्र के लिए एक पक्षी, चमगादड़ और एक पंख वाले कीट को स्कोर किया गया था, तो डेटासेट में एक होमोप्लासी पेश किया जाएगा, और यह संभावित रूप से विश्लेषण को भ्रमित कर सकता है, जिसके परिणामस्वरूप संबंधों की झूठी परिकल्पना हो सकती है। बेशक, एक होमोप्लासी को पहली जगह में पहचानने का एकमात्र कारण यह है कि ऐसे अन्य पात्र हैं जो रिश्तों के एक पैटर्न को दर्शाते हैं जो इसके होमोप्लास्टिक वितरण को प्रकट करते हैं।

चित्र 16.4 में दिखाया गया क्लैडोग्राम वर्तमान सार्वभौमिक रूप से स्वीकृत परिकल्पना का प्रतिनिधित्व करता है कि सभी प्राइमेट, जिसमें लेमर्स और लॉरीज़ जैसे स्ट्रेप्सिरहाइन शामिल हैं, का एक सामान्य पूर्वज था, जिसके सभी वंशज प्राइमेट थे, और इसलिए एक क्लैड बनाते हैं जिसका नाम प्राइमेट है इसलिए इस क्लैड के लिए पहचाना जाता है। प्राइमेट्स के भीतर, सभी एंथ्रोपोइड्स (बंदर, वानर और इंसान) की परिकल्पना की गई है कि उनके एक सामान्य पूर्वज थे, जिनके सभी वंशज एंथ्रोपोइड थे, इसलिए वे एंथ्रोपोइडिया नामक क्लैड बनाते हैं। दूसरी ओर, "प्रोसिमियन", एक पैराफाईलेटिक टैक्सोन बनाते हैं। प्रोसीमी नाम का उपयोग फ़ाइलोजेनेटिक नामकरण में नहीं किया जाता है, जिसके नाम केवल "प्रोसिमियन" के नाम होते हैं, इसके बजाय स्ट्रेप्सिरिनी और हाप्लोरहिनी के बीच विभाजित होते हैं, जहां बाद में टार्सीफॉर्मिस और एंथ्रोपोइडिया होते हैं।

चित्र 16.4: एक मोनोफिलेटिक टैक्सोन (एक क्लैड: सिमियन या एंथ्रोपोइडिया, पीले रंग में), एक पैराफाईलेटिक टैक्सोन (लाल पैच सहित नीले रंग में प्रोसिमियन), और एक पॉलीफाइलेटिक टैक्सोन (रात में प्राइमेट) दिखाते हुए प्राइमेट्स का क्लैडोग्राम। लोरिस और टार्सियर - लाल रंग में)]


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विकिपीडिया वार्ता: नामकरण परंपराएँ (जीव विज्ञान)

ध्यान दें: नीचे दी गई कुछ चर्चाएं अब मौजूदा नामकरण परंपरा पृष्ठ नामकरण सम्मेलनों (जीव) से संबंधित हैं।

नामकरण सम्मेलन पृष्ठ का हिस्सा बनने के लिए, मैं वास्तव में इस बात पर आम सहमति चाहता हूं कि जैविक लेखों का नाम कैसे रखा जाना चाहिए।

सबसे पहले, मुझे नहीं लगता कि अंग्रेजी शब्दों का उपयोग करने का मतलब है कि हमें हमेशा लैटिन नामों के बजाय सामान्य नामों का उपयोग करना चाहिए, क्योंकि लैटिन नाम अंग्रेजी (साथ ही अन्य सभी भाषाओं) में तकनीकी नाम हैं।

शब्द के सामान्य उपयोग का वर्णन करने वाले और औपचारिक लैटिन नाम के तहत तकनीकी विवरण से जोड़ने वाले टैक्सोन के सामान्य (अंग्रेजी एकवचन) नाम के तहत एक लेख मौजूद होना चाहिए। सिवाय शायद टैक्स के मामले में जिनके तहत केवल एक प्रविष्टि है, उदा। कोअला

एक पूर्ण लेख (तकनीकी विशेषताओं सहित) शायद कोआला के तहत मौजूद होना चाहिए, न कि फास्कोलार्क्टस सिनेरेस (लिनियन नाम), जिसमें एक रीडायरेक्ट होना चाहिए।

मुझे यकीन नहीं है कि परिवार फास्कोलार्क्टिडे लेख मौजूद होना चाहिए, क्योंकि कोआला परिवार में एकमात्र प्रजाति है।

शब्द के सामान्य उपयोग की व्याख्या करते हुए व्हेल के तहत एक लेख मौजूद होना चाहिए, यानी एक बड़ा, पूरी तरह से जलीय, सीतासिया क्रम का समुद्री जानवर। फिर यह एक बयान है कि इसे कभी-कभी तकनीकी रूप से पूरे ऑर्डर सेटेसिया को संदर्भित करने के लिए कैसे उपयोग किया जाता है, लेकिन यदि शब्द डॉल्फ़िन को शामिल नहीं करता है तो यह किलर के बाद से वैध जैविक समूह नहीं है व्हेल गुलाबी से अधिक निकटता से संबंधित हैं डाल्फिन नीले रंग की तुलना में व्हेल. इसमें सभी प्रासंगिक पृष्ठों के लिंक शामिल होने चाहिए (Cetacea, Mysticeti, डॉल्फ़िन, आदि) इस पृष्ठ में किसी भी सांस्कृतिक प्रासंगिकता को भी सूचीबद्ध किया जाना चाहिए। अवधि व्हेल (जैसे कि माउस लेख के नीचे है)।

विभिन्न टैक्सों के लैटिन नामों के तहत अलग-अलग लेख मौजूद होने चाहिए: सीतासिया, ओडोंटोसेटी, मिस्टिकेटी, बालेनोप्टरिडे, आदि।

लेकिन नहीं बालेनोप्टेरा मस्कुलस, वह लेख ब्लू व्हेल के अंतर्गत मौजूद होना चाहिए।

एक लेख केवल Therapsida के तहत मौजूद होना चाहिए, क्योंकि कोई सामान्य नाम नहीं है, "Therapsid" और "Therapsids" के तहत रीडायरेक्ट करता है।

माउस लेख एक अच्छा सामान्य उपयोग लेख है (मुरीडे में संयुक्ताक्षर को छोड़कर)। इसके बाद इसे परिवार मुरिडे से जोड़ा जाना चाहिए जिसमें तकनीकी विवरण होना चाहिए।

यह कैपिटलाइज़ेशन और इटैलिकाइज़ेशन नियमों को पोस्ट करने के लिए भी एक अच्छी जगह हो सकती है। और संभवत: परिवार के उचित अंग्रेजीकरण (उप- और सुपर- सहित) नामों पर।

कृपया प्रतिक्रिया दें, अन्य लोग क्या सोचते हैं?

क्या अंग्रेजी बहुवचन अंग्रेजी एकवचन या लैटिन बहुवचन को टैक्सोनॉमिक नामों के रूप में इस्तेमाल किया जाना चाहिए? उदाहरण: Therapsid बनाम Therapsids बनाम Therapsida कोई प्राथमिकता? अगर हम अंग्रेजी का प्रयोग करते हैं, तो यह एकवचन होना चाहिए। इसके लायक क्या है, मेरी प्राथमिकता लैटिन से अधिक अंग्रेजी है, लेकिन यह सिर्फ मैं हूं। --एलन मिलारो

जहां जैविक रूप के लिए लैटिन या लिनिअन नाम का उपयोग करने का निर्णय होता है, वहां निम्नलिखित बातों का ध्यान रखा जाना चाहिए:

  1. जीनस नाम एकवचन में है।
  2. जीनस की तुलना में उच्च रैंक वाले टैक्स बहुवचन में हैं।
  3. प्रजाति का नाम या तो जनन संबंधी मामले में एक संज्ञा है, या एक विशेषण जिसका लिंग जीनस के साथ सहमत होना चाहिए।
  4. जीनस नाम हमेशा बड़े अक्षर से शुरू होता है।
  5. प्रजाति का नाम हमेशा छोटे अक्षर से शुरू होता है।
  6. नियम 4 और 5 शीर्षकों के बड़े अक्षरों के बारे में सभी भाषाओं के नियमों को ओवरराइड करते हैं (ध्यान दें कि किसी प्रजाति के नाम के लिए शीर्षक में पहला शब्द होना असंभव है।)
  7. जीनस और प्रजातियों के नाम हमेशा इटैलिक में लिखे जाते हैं।

उपरोक्त सर्वसम्मति मुझे उचित लगती है। हालांकि, हम वैज्ञानिक बनाम आम नामों का पहली बार उपयोग कब करें, इस पर एक सम्मेलन भी बनाना चाहेंगे। मेरा विचार है कि इसे शुरू में पहले लेख बनाने वाले व्यक्ति पर छोड़ दिया जाना चाहिए: यदि वे तकनीकी विवरण, शरीर विज्ञान, विस्तृत विकास और परिवार के पेड़ सूचीबद्ध करना चाहते हैं तो प्रारंभिक लेख को उचित वैज्ञानिक नाम दिया जाना चाहिए (सामान्य नाम को ए अस्थायी, कम से कम, वैज्ञानिक नाम पर पुनर्निर्देशित)। यदि वह व्यक्ति जीव का एक सामान्य विवरण लिखता है, यह मनुष्यों से कैसे संबंधित है और गैर-मानव पारिस्थितिक अंतःक्रियाओं के बारे में कुछ विवरण लिखता है, तो प्रारंभिक लेख को सबसे सामान्य, सामान्य नाम (उचित न्यूनतम मात्रा में अस्पष्टता के साथ) दिया जाना चाहिए। बेशक अधिकांश जीवों के वास्तविक सामान्य नाम नहीं होते हैं, लेकिन इनमें से कई के नाम ऐसे होते हैं जो आमतौर पर उनका अध्ययन करने वाले लोगों द्वारा उपयोग किए जाते हैं (ये आमतौर पर वैज्ञानिक नामों के मोटे अंग्रेजीकरण होते हैं)।

जैसे-जैसे लेख बढ़ता है, एक समय हो सकता है कि दो प्रकार की सामग्री को विभाजित किया जा सकता है (बीटीडब्लू, वास्तव में कोई कारण नहीं है कि एक उद्यमी व्यक्ति सामग्री को बाद में नहीं बल्कि बाद में विभाजित कर सकता है, इतने लंबे समय तक जैसा कि प्रत्येक लेख एक उचित आधार से कम से कम थोड़ा अधिक है? मैं चाहूंगा कि यह छोटे लेखों के लिए न हो)।

संक्षेप में मुझे लगता है कि इन लेखों को सामान्य नामों वाले प्रसिद्ध जीवों के लिए निम्नानुसार विभाजित किया जाना चाहिए (यदि आवश्यक हो तो अन्य कम ज्ञात जीवों को वैज्ञानिक-नाम वाले लेख में यह सारी जानकारी हो सकती है):

  • वैज्ञानिक नाम जीवों के बारे में जानकारी के साथ लेखों का नाम देने के लिए इस्तेमाल किया जाना चाहिए, इसका विस्तृत विकासवादी इतिहास, क्लैडिस्टिक्स (या एक गैर-लोडेड शब्द टैक्सोनॉमी का उपयोग करने के लिए), शरीर विज्ञान, और अन्य विवरण जो वैज्ञानिकों के लिए रुचि के हैं और कुछ औसत बुद्धि और रुचि से ऊपर के व्यक्ति हैं . ये सभी अवधारणाएं एक-दूसरे से संबंधित हैं और इन्हें एक साथ रखना समझ में आता है (वे सभी के बारे में हैं अंदर का जीव का पर्यावरण -- विकास ने उस पर्यावरण को आकार दिया है)।
  • सामान्य नाम जीवों के विवरण के साथ लेखों के शीर्षक के रूप में उपयोग किया जाना चाहिए। ये विवरण लगभग हमेशा पारिस्थितिक संबंधों पर केंद्रित होते हैं, विशेष रूप से। मनुष्य और जीव के बीच संबंध। विकास और शरीर विज्ञान के कुछ अवलोकन को सामान्य नाम लेख (अंततः कम से कम) में भी रखा जाना चाहिए, लेकिन यह लंबाई और विस्तार में सीमित होना चाहिए ताकि औसत बुद्धि और रुचि वाले व्यक्ति को बोर न करें। यह सामान्य नाम भी है जो अक्सर वन्यजीव प्रबंधकों (जो पारिस्थितिक बातचीत पर ध्यान केंद्रित करते हैं) द्वारा उपयोग किया जाता है, इसलिए सामान्य नाम पर पारिस्थितिक बातचीत पर ध्यान केंद्रित करना विशेष रूप से महत्वपूर्ण है।

प्रसिद्ध व्यक्तिगत प्रजातियों के लिए (जैसे ब्लू व्हेल/बालेनोप्टेरा मस्कुलस ऊपर दिए गए उदाहरण), या जेनेरा (जैसे कि कैट/फेलिस) को विस्तार से जाने से पहले हमें हमेशा लेट डिस्क्रिप्शन लिखने की कोशिश करनी चाहिए, इसलिए इस स्तर पर आम नामों की प्रधानता होनी चाहिए और सामयिक लेख को सामान्य और वैज्ञानिक नामों के बीच विभाजित किया जाना चाहिए ताकि तकनीकी जानकारी को विवरण से अलग सूचीबद्ध किया जा सकता है। सामग्री के आगे विभाजन को मामला-दर-मामला आधार पर नहीं लिया जाना चाहिए (उदाहरण के लिए: क्या एक लंबी, फिर भी दिलचस्प और आसान-सुलभ, पक्षी विकास के बारे में चर्चा को एव्स या पक्षी विकास के विकास में रखा जाना चाहिए? यह कुछ ऐसा हो सकता है जिसे हम आगे चर्चा करने की आवश्यकता है)। --मावेरिक149

मुझे सच में लगता है कि इस तरह के अलगाव एक बुरा विचार है, और सामग्री को कहां जोड़ा जाना चाहिए, इस बारे में और भी समस्याएं पैदा करने जा रहे हैं। उदाहरण के लिए, कीड़ों के नए खोजे गए क्रम, मंटोफास्मेटोडिया को लें। ये टैक्सोनॉमी का एक नया हिस्सा थे, और इन्हें इंसेक्टा के किसी भी तकनीकी सर्वेक्षण में जोड़ना होगा। लेकिन साथ ही, वे कुछ ऐसे "आम आदमी" थे जिनके बारे में अखबारों में पढ़ने को मिला, और इस तरह संभवतः उन्हें इसमें जोड़ा जाएगा कीट लेख, भी।

इसी तरह, दोनों कोअला तथा फास्कोलार्क्टस सिनेरेस अंत में उनके आहार पर चर्चा करेंगे। पैक की आदतें भेड़िया के लिए महत्वपूर्ण होगा केनिस ल्युपस भी। सॉरिशियन और ऑर्निथिशियन के बीच का अंतर डायनासोर पर चर्चा से शायद ही छोड़ा जा सकता है डायनासोर. इत्यादि।

संक्षेप में, मुझे लगता है कि इससे बहुत बड़ी मात्रा में डुप्लिकेट जानकारी प्राप्त होगी, और यह हमेशा परेशानी का सबब है। सामान्य नाम और वैज्ञानिक नाम हैं समानार्थी शब्द. हम यूनानियों और गैर-यूनानियों के लिए प्रासंगिक शहर के पहलुओं पर चर्चा करने वाले एथिनाई और एथेंस के लिए अलग-अलग लेख नहीं चाहते हैं, हम चाहते हैं कि शहर के लिए एक लेख दोनों पर चर्चा हो, और उन चीजों से जुड़ा हो जो अत्यधिक विशिष्ट लगती हैं . मैं आपसे जैविक समूहों के लिए भी ऐसा ही करने का आग्रह करूंगा।

और, बीटीडब्ल्यू, मैं इस विचार से नहीं मानता कि बिना जैविक पृष्ठभूमि वाले लोगों को विशेष उपचार की आवश्यकता होती है। अन्य विश्वकोश ऐसा नहीं करते हैं, और हाइपरलिंक्स के कारण हमारे पास पहले से ही उन पर एक पैर है। आखिरकार, नेमाटोडा जैसा कुछ समझना मुश्किल हो सकता है, लेकिन क्या यह तब भी होगा जब सभी शब्दकोष अन्य पृष्ठों से जुड़े हों?


मानो या न मानो, लेकिन मैं भी इसी तरह के कारणों से इस बंटवारे से परेशान हूं। हालाँकि, हमारे पास नामकरण परंपराएँ भी हैं जिनका पालन करने के लिए होमो सेपियन्स के बजाय मानव होना आवश्यक है। और मैं सचमुच पूरी तरह से गैर-मानक लेख सेट-अप पसंद नहीं है जो कि विकीप्रोजेक्ट ट्री ऑफ लाइफ द्वारा स्थापित किया गया था जो लेख से पहले टैक्सोनॉमिक सूची की जानकारी रखता है (अक्सर पीढ़ी या प्रजातियों की लंबी सूची के साथ) और शीर्षक के तहत वास्तविक लेख पाठ को अधीन करता है "पाठ" जैसे कि यह एक विचार था।

मेरा उपरोक्त प्रस्ताव उन टैक्सोनोमिस्ट्स के बीच एक समझौता स्थापित करना था जो केवल वैज्ञानिक नामों का उपयोग करना चाहते हैं और मेरे जैसे लोग जो दृढ़ता से महसूस करते हैं कि वैज्ञानिक निरक्षरता के इतने व्यापक कारणों में से एक कारण यह है कि वैज्ञानिक अक्सर अत्यधिक जटिल शब्दों का उपयोग करने पर जोर देते हैं जो केवल वे कर सकते हैं समझें, अकेले उच्चारण या जादू करें (हाथीदांत टावर सामान)।

उदाहरण के लिए, यदि जो ब्लो नाम के एक लेख पर ठोकर खाता है बालेनोप्टेरा मस्कुलस एक अच्छा मौका है कि वह लेख की पहली पंक्ति को पढ़ने से पहले अकेले शीर्षक से बंद होने जा रहा है (यह दूसरों को इस लेख में योगदान करने से भी हतोत्साहित करेगा क्योंकि यह हाल के परिवर्तनों से स्पष्ट नहीं है कि बालेनोप्टेरा मस्कुलस ब्लू व्हेल का द्विपद नाम है - और जो ऐसा करते हैं, वे एक अलग, अधिक तकनीकी रूप से इच्छुक दर्शकों के लिए लेख को संपादित करेंगे - जो कि इनमें से कई लेखों के मामले में प्रतीत होता है)। इसके अलावा, टैक्सोनोमिस्ट और समुद्री जीव विज्ञान विशेषज्ञ कौन द्विपद नाम जानने जा रहे हैं, अकेले ही बताएं कि यह कैसे वर्तनी है ताकि वे इससे जुड़ सकें?

मैंने इनमें से कई दर्जन लेख खोज लिए हैं जिनका शीर्षक वैज्ञानिक नाम से है बिलकुल नहीं सामान्य नाम से तकनीकी नाम पर पुनर्निर्देशित करें। इसलिए हम यहां विकिलैंड में चीजों के लिए सामान्य नामों का उपयोग करते हैं और अंग्रेजी शीर्षक भी पसंद करते हैं - वे जो चीजों के लिए तकनीकी शीर्षकों का उपयोग करना पसंद करते हैं, वे रीडायरेक्ट करने से परेशान नहीं होते हैं और यहां तक ​​​​कि जब वे करते हैं तब भी अन्य मुद्दे हैं जिन पर मैंने ऊपर चर्चा की है।

मेरा अब यह विचार है कि, अधिक से अधिक, वैज्ञानिक नामों में केवल उन मामलों में टैक्सोनॉमिक जानकारी होनी चाहिए जहां एक सामान्य नाम मौजूद है। पहली पंक्ति पर बोल्ड किए गए सामान्य नाम के बाद कोष्ठक में रखे गए शब्द के लिंक के अलावा सामान्य नाम से एक लिंक "एक्स का वर्गीकरण" शीर्षक के तहत होगा। या हम सभी तरह से जा सकते हैं और लेखों का शीर्षक देते समय केवल चीजों के सामान्य नामों का उपयोग करने के अपने मूल, अडिग विचार के साथ जा सकते हैं। सामान्य और वैज्ञानिक नामों के बीच उपयोग में किसी भी अंतर पर लेखों के भीतर चर्चा की जाएगी (जैसे मैंने जेलीफ़िश लेख के साथ क्या किया)।

हम्म, मुझे अभी एक विचार आया है। क्यों न "प्लेसमेंट" और "बच्चों/सदस्यों" की जानकारी सही उचित तालिका में (जैसे नीदरलैंड या रेडियम लेख में) है। तब लेख और सूची दोनों साथ-साथ रह सकते हैं (वैज्ञानिक नाम को सामान्य नाम पर पुनर्निर्देशित किया गया है - जो लोग तकनीकी नामों को पसंद करते हैं, वे लगभग भ्रमित या निराश नहीं होंगे, जैसा कि केवल नश्वर होगा यदि विपरीत थे मामला)। मुझे सचमुच यह विचार पसंद है। --मावेरिक149

इसके बारे में कैसे, मैं लगभग हर जगह आपसे सहमत हूँ! हालाँकि, मुझे वास्तव में लगता है कि संघर्ष विराम दोनों दुनिया के सबसे बुरे लोगों को प्राप्त करने का प्रबंधन करता है, जहाँ दोनों में से एक चरम बेहतर होगा। हम इससे बेहतर कर सकते हैं और करना चाहिए। सही-संरेखित टेबल एक अच्छा विचार है, लेकिन मुझे पहले उनके साथ कुछ प्रयोग याद आ रहे हैं, और वे इसके लायक होने की तुलना में अधिक परेशानी साबित हुए।

तो यहाँ मैं क्या सोचता हूँ। एक पाठक अंत में या तो जा सकता है चींटी या फॉर्मिसिडे जानकारी के लिए, और दोनों ही मामलों में वे एक सीधे टैक्सोनॉमी के बजाय एक लेख की अपेक्षा करेंगे। इसका मतलब है कि दोनों को एक ही पृष्ठ का उल्लेख करना चाहिए, और दुख की बात है कि यह वास्तव में टेम्पलेट हेडर का पालन नहीं कर सकता है - एक व्यक्ति जो रोटिफ़र को नहीं जानता था वह जीवित था, शुरू होने से पहले अच्छी तरह से भ्रमित हो जाएगा।

इसका मतलब यह नहीं है कि हमारे पास मानकीकृत टैक्सोनॉमी पेज नहीं होने चाहिए, लेकिन उन्हें एक फ्लैट नाम के तहत सूचीबद्ध नहीं किया जाना चाहिए जैसे कि वे नियमित लेख थे। मुझे लगता है कि उन्हें फॉर्म के पन्नों पर ले जाया जा रहा है Formicidae . की वर्गीकरण एक अद्भुत विचार है। हालांकि, वर्गीकरण के लेखों को लूटकर उनका अलग अस्तित्व बिल्कुल उचित नहीं होना चाहिए। इसके बजाय उन्हें इसके लिए एक वृद्धि माना जाना चाहिए, जहां टैक्सोनॉमी पर अतिरिक्त जानकारी रखी जा सकती है - लेखों के लिए बहुत लंबी पीढ़ी की सूची, प्रश्न में समूह के लिए समानार्थक शब्द की सूची, और योजना पर ऐतिहासिक बदलाव।

सभी मामलों में, जहां भी संभव हो, वर्गीकरण को सामान्य और वैज्ञानिक दोनों नामों से समूहों को संदर्भित करना चाहिए। किताबें आमतौर पर चीजों को इस तरह से सूचीबद्ध करती हैं: फॉर्मिसिडे (चींटियों), जो सूचनात्मक और सभी के लिए सुलभ दोनों है। हम जो भी योजना अपनाना चुनते हैं, यह वही होता है।

उस समय, सभी लिंक और खोजें काम करेंगी, भले ही लेख को किसी भी नाम पर रखा जाए। तो यह वास्तव में कोई फर्क नहीं पड़ता कि हम आम या वैज्ञानिक के साथ जाना चुनते हैं, हालांकि अगर कोई सटीक दिशानिर्देश तैयार करने की महत्वपूर्ण चुनौती लेना चाहता है, तो उनका स्वागत है।

मुझे इस तरह की योजना के लिए आवश्यक कुछ कदमों में मदद करने में खुशी होगी। तो, क्या यह लोगों को अच्छा लगता है - मावेरिक, पियरे, एक्लेक्टिकोलॉजी, या अन्य संबंधित?

बढ़िया है। सिवाय मैं और अधिक आम के साथ जाऊंगा चींटी (फॉर्मिसिडे) प्रारूप ताकि हम सबसे बड़े संभावित दर्शकों के लिए लिख रहे हों और पहले से स्थापित नामकरण परंपराओं का पालन कर रहे हों (बेशक, कई जीवों के सामान्य नाम नहीं होते हैं, इसलिए उन लेखों में वैज्ञानिक नाम होने चाहिए)। यदि एक टेम्प्लेट और डेटा अधिग्रहण मार्गदर्शिका बनाई जाती है (जैसा कि तत्वों के लेखों के मामले में है) तो इसमें जानकारी जोड़ना एक स्नैप होना चाहिए। इस तरह के एक टेम्पलेट में केवल नंगे मूल, औसत वजन, आकार, कुछ टैक्सोनोमिक जानकारी आदि (नीदरलैंड तालिका के समान) हो सकते हैं या इसमें अधिक प्रतिस्पर्धा डेटा (जैसे बेरियम टेबल) हो सकता है। जैसा कि आप सुझाव देते हैं, पूर्ण वर्गीकरण एक उप-लेख में हो सकता है जैसे कि फॉर्मिसिडे की वर्गीकरण, जो लेख चींटी के भीतर से जुड़ा होगा। ये अभी सिर्फ विचार हैं - एलिमेंट आर्टिकल टेम्प्लेट में बग्स को ठीक करने में मुझे कई महीने लग गए हैं, मुझे संदेह है कि यहां बग्स को ठीक करने में और भी अधिक समय लग सकता है। --मावेरिक149

जितना अधिक मैं इस मुद्दे के बारे में पढ़ता हूं, उतना ही मैं दो लेख दृष्टिकोण के मूल्य के बारे में आश्वस्त हूं। यह कथन कि वैज्ञानिक और सामान्य नाम पर्यायवाची हैं, सही नहीं है। सामान्य नाम वास्तव में संबंधित वैज्ञानिक नाम के पर्यायवाची हैं, लेकिन यह केवल एक ही रास्ता है। नामों के दो सेटों में एक-से-एक पत्राचार नहीं होता है। वैज्ञानिक नाम सटीक हैं, या कम से कम वे सामान्य नाम होने का प्रयास करते हैं, हर किसी के द्वारा हमेशा एक ही तरह से नहीं समझा जाता है। हम "डॉल्फ़िन" के साथ क्या करते हैं, जिसे हम में से कई लोग एक छोटे से व्हेल के रूप में सोचते हैं, लेकिन जो दूसरों के लिए जीनस का डोरैडो होगा कोरिफ़ेनिडाए. मुझे संदेह है कि अधिकांश लेख वैज्ञानिक नाम के तहत समाप्त हो जाएंगे, अधिकांश जीवन रूपों का एक सामान्य नाम भी नहीं है। निश्चित रूप से इस बात की बहुत अधिक संभावना है कि बिल्ली और फेलिडे के लेखों में कुछ दोहराव होगा, लेकिन मैं इसे एक समस्या के रूप में नहीं देखता। जहां कुछ जानकारी कहां से संबंधित है, इस बारे में गंभीर बहस होती है, इसे दोनों पर डालने से वह ग्रे क्षेत्र बहुत अच्छी तरह से कवर हो जाएगा। जो ब्लो, जिन्होंने कभी रोटिफ़र्स को नहीं पढ़ा है, उन्हें देखने की संभावना नहीं है, और यदि वह ऐसा करता है तो वह शायद यह जानकर निराश होगा कि लेख में जमैका के रेगे संगीत का कोई उल्लेख नहीं है। जहां तक ​​विषय शीर्षकों और पृष्ठों के लेआउट का संबंध है, सिर्फ इसलिए कि मैंने सोलनलेस में शीर्षकों को पेश किया है जो अब जीवन के विकीट्री में हैं, इसका मतलब यह नहीं है कि मैं इस पर अनम्य होने जा रहा हूं। यदि मैं तब टैक्सोनॉमी पृष्ठों के लिए एक संरचित प्रारूप का प्रस्ताव कर रहा था, तो मुझे बस कुछ नाम का उपयोग करना था। मैंने नीदरलैंड और रेडियम पृष्ठों को देखा है, और चित्र वास्तव में उन पृष्ठों को आकर्षक बनाते हैं। माव का विचार बहुत अच्छा है अगर इसे बहुत अधिक तकनीकी परेशानी के बिना किया जा सकता है। लगभग 100 तत्व और 200 देश एक आसान काम है तो 100,000 जैविक कर। इक्लेक्टिकोलॉजी, शुक्रवार, 12 जुलाई, 2002

मुझे लगता है कि सही-संरेखित तालिका एक बहुत अच्छा विचार है। बच्चों को तब तक टेबल में होना चाहिए जब तक कि उनमें से बहुत सारे (जैसे >=100) न हों, इस स्थिति में उन्हें एक अलग पृष्ठ पर होना चाहिए। मेरा सुझाव है कि बच्चों को तीन-चौड़ी तालिका में प्रारूपित करें, यदि बारह से अधिक हैं।

वैज्ञानिक नामों और सामान्य नामों के बीच टकराव को मामला-दर-मामला आधार पर नियंत्रित किया जाना चाहिए, जब तक कि नियम बनाने के लिए पर्याप्त एक प्रकार न हो। हमारे पास वैज्ञानिक नाम के समान सामान्य नाम हैं, एक जीव का सामान्य नाम दूसरे के वैज्ञानिक नाम के समान है, और वैज्ञानिक नाम गैर-जीव नाम के समान है। पौधों के वैज्ञानिक नाम भी हैं जो जानवरों के वैज्ञानिक नामों के समान हैं। अनुरा दोनों पौधे की एक प्रजाति है और एक उभयचर टैक्सोन सेक्रोपिया एक कीट का सामान्य और प्रजाति का नाम है, और एम्बाहुबा पेड़ का जीनस नाम है।

रोटिफ़र्स का जमैका के संगीत से क्या लेना-देना है?

प्रजाति का नाम एक संज्ञा उपयुक्त हो सकता है, जिस स्थिति में यह जीनस से भिन्न लिंग का हो सकता है। उदाहरण के लिए, ऑक्टोपस डिंब तथा ओ. सेलेन.

हमारे पास अभी तक लगभग 100,000 टैक्सोन लेख नहीं हैं, इसलिए उन सभी को तालिकाओं में परिवर्तित करना संभव है। हमारे पास कितने लेख हैं, यह देखने के लिए एनिमिया और प्लांटे से लिंक करने वाले पृष्ठ देखें।

इक्लेक्टिकोलॉजी के लिए, ऊपर। आम नामों में अस्पष्टता के बारे में आप जो कहते हैं वह सच है, लेकिन मुझे नहीं लगता कि यह वास्तव में चीजों को बदलता है। संभावना कम है कि a डॉल्फ़िन लेख अंत में स्तनपायी और मछली दोनों पर चर्चा करेगा। इसके बजाय, लोग हमें इस तरह के लेख देते हुए, दोनों को असंबद्ध कर देंगे डॉल्फ़िन (स्तनपायी) तथा डॉल्फ़िनफ़िश, जो सीधे टैक्सोनॉमिक समूहों से मेल खाते हैं। उदाहरण के लिए zebrafish के पृष्ठ पर विचार करें। मैं ऐसे मामले की कल्पना नहीं कर सकता जब ऐसा नहीं होगा। और आपको स्वीकार करना होगा, डॉल्फ़िनफ़िश तथा कोरिफ़ेनिडाए लगभग एक ही चीज़ के बारे में हैं।

साथ ही, मुझे नहीं लगता कि आप हमारे लक्षित दर्शकों के बारे में जो कहते हैं वह सच है। मैं किसी ऐसे व्यक्ति की कल्पना कर सकता हूं जिसने रोटिफ़र्स के बारे में सुना है जिसे आप माइक्रोस्कोप के माध्यम से देख सकते हैं और अधिक जानना चाहते हैं, और यहां तक ​​​​कि अगर उन्हें संदेह है कि वे जीवित हैं तो उन्हें पूर्ण पदानुक्रमित प्लेसमेंट और विवरण के साथ शुरू करने के लिए तैयार होने की आवश्यकता नहीं है " बच्चे"। जिसके लिए, मुझे लगता है कि आप कह सकते हैं, हमारे पास रोटिफेर और रोटिफेरा में अलग-अलग लेख होंगे - लेकिन बाद वाले पृष्ठ की सामग्री के बारे में, ईमानदारी से दोनों के लिए क्या उपयुक्त नहीं है? आप कहते हैं कि कुछ दोहराव ठीक है, लेकिन मुझे लगता है कि लगभग हर मामले में लगभग हर चीज की नकल की जाएगी, और ऐसा नहीं है।

बीटीडब्ल्यू, उन मामलों में जहां सामान्य और वैज्ञानिक नाम समान हैं, आप निश्चित रूप से उन्हें अलग नहीं करना चाहते। फिर आपके पास एक ही नाम के तहत एक ही जानकारी दो बार दोहराई जाती है। यह सिर्फ मूर्खतापूर्ण है।

मैंने राइट-अलाइन टेबल बिट के बारे में कुछ और सोचा, और मुझे लगता है कि यह प्लेसमेंट के लिए एक अच्छा विचार हो सकता है, लेकिन मैं बच्चों के लिए इसका उपयोग करने के बारे में थोड़ा चिंतित हूं। उनके कई मामलों के अलावा जहां फिट होने के लिए दो कई बच्चे होंगे, ऐसे मामले हैं जहां विभाजन विवादास्पद है, या बस एक फ्लैट सूची की तुलना में अधिक स्पष्टीकरण के योग्य है।

मुझे लगता है कि मुझे जंगली मुक्त संघ हास्य के लिए माफ़ी मांगनी चाहिए, जिसमें एक काल्पनिक खोजकर्ता ने रस्तफ़ारी के साथ रोटिफ़र्स को भ्रमित किया था। मेरी पत्नी कभी नहीं समझती कि मैं किस बारे में बात कर रहा हूं, लेकिन मेरे 12 साल के बेटे का कराहना बहुत अच्छा संकेत है। मैं टेबल देखने के लिए उत्सुक हूं। ऐसा लगता है कि माव के पास उन्हें डिजाइन करने का तरीका है, और बाकी को टेम्पलेट में रिक्त स्थान भरने में सक्षम होना चाहिए। ऐसा लगता है कि इस तरह के प्रारूप में प्लेसमेंट को संभालने के बारे में हमारी सहमति है। मुझे लगता है कि हम सभी को इस बात की चिंता है कि बच्चे कैसे दिखेंगे, और यह अधिक विशिष्ट कर के संदर्भ में है कि हम माध्यमिक वर्गीकरण स्तरों को उपयोगी पा सकते हैं। दूसरी ओर, पाठकों को लगातार यह याद दिलाने का कोई मतलब नहीं है कि अधिकांश कॉर्डेट कशेरुक हैं, लेकिन जब हम अकशेरुकी कॉर्डेट्स के साथ काम कर रहे हों तो कुछ बिंदु पर अंतर किया जाना चाहिए। मैं सहमत हूं कि हमें कुछ करों के बच्चों पर विशेष रूप से क्लैडिस्टिक्स या अन्य वैकल्पिक टैक्सोनॉमी के क्षेत्र में चर्चा करने के लिए जगह की आवश्यकता है। (शायद अलग-अलग रंग?) मुझे लगता है कि हम में से जिन लोगों ने इस चर्चा में भाग लिया है, उनमें से कई मुद्दों पर कुछ आम सहमति बन गई है। हमें शायद उन पहलुओं को लागू करने के लिए आगे बढ़ना चाहिए जिन पर हम सहमत हैं, और कम से कम मामले के आधार पर कम से कम बकाया मतभेदों का इलाज करें। cladistics बहस से पर्याप्त रूप से निपटने के लिए, हमें शायद अब की तुलना में विकिपीडिया में वास्तव में काफी अधिक वर्गीकरण डेटा की आवश्यकता है। विभाजित पृष्ठ बहस में हम उन दृष्टिकोणों के बारे में बात कर रहे हैं जो एक अलग दृष्टि वाले व्यक्ति को आसानी से संप्रेषित नहीं होते हैं, और यदि हमारे पास 100,000 टैक्स पर लेख हो सकते हैं, तो वे जहां विभाजित-पृष्ठ का मुद्दा सार्थक होगा, का एक छोटा प्रतिशत होगा 100,000। दुर्भाग्य से, उनमें से अधिकांश सबसे प्रसिद्ध कर से संबंधित हैं। इक्लेक्टिकोलॉजी, शुक्रवार, 12 जुलाई, 2002


उत्कृष्ट! ऐसा लगता है कि सही संरेखित तालिकाओं का उपयोग यहां सभी को संतुष्ट करेगा। अब हम टेबल के साथ खेलकर विवरण पर काम कर सकते हैं। मैं सहमत हूं कि हम मामला-दर-मामला आधार पर सामान्य/वैज्ञानिक नाम ले सकते हैं और केवल एक लेख है जब सामान्य और वैज्ञानिक नाम अनिवार्य रूप से एक ही चीज़ हैं। मैं तालिका में सभी बच्चों को सूचीबद्ध करने के बारे में जोश की चिंता साझा करता हूं (हालांकि यह छोटे बच्चों की सूची के लिए किया जा सकता है, लेकिन असली लंबे बच्चे समस्याग्रस्त हैं)।

इसलिए मेरा सुझाव है कि हम सामान्य प्रारूप का पालन करें जैसा कि लंबी सूचियों के लिए रेडियम लेख के समस्थानिक खंड में देखा गया है, जो रेडियम के मुख्य लेख में तालिका में केवल सबसे स्थिर और दिलचस्प समस्थानिकों को सूचीबद्ध करता है। मैं जो करने की योजना बना रहा हूं वह रेडियम के सभी समस्थानिकों और रेडियम समस्थानिकों की सूची में उनके गुणों की पूरी सूची बनाना है (या कुछ इसी तरह का नाम)।

जीव तालिकाओं के लिए हम कुछ ऐसा ही कर सकते हैं: केवल उन बच्चों को सूचीबद्ध करें जो कुछ महत्वपूर्ण मामलों में उल्लेखनीय हैं (या तो प्लेसमेंट समूह के अच्छे उदाहरण के रूप में लेख के बारे में है, या अन्य कारणों से व्यापक रूप से ज्ञात और लिखे जाने के लिए)। तब हमारे पास सूचीबद्ध सभी बच्चों के साथ एक अलग उप-लेख हो सकता है (शायद मैग्नोलियोप्सिडा ऑर्डर की सूची जैसे कुछ में? यदि यह केवल एक सूची होने जा रहा है)। मुझे लगता है कि यह मुख्य लेख में करने के लिए सबसे अधिक जानकारीपूर्ण बात होगी। --मावेरिक149

सोच रहा था। कम से कम कोशिश करना और सभी बच्चों को सूचीबद्ध करना अभी भी ठीक होगा - esp। जहां योगदानकर्ता के पास मुख्य लेख की तालिका में क्या सूचीबद्ध करना है और क्या नहीं, इस पर चुनाव करने के लिए आवश्यक ज्ञान नहीं है (मुझे पता है कि मुझे कई सूचियों के लिए इसे तय करने में परेशानी होगी)। हम केवल तालिका में सबसे उल्लेखनीय बच्चों को सूचीबद्ध करने के लक्ष्य को व्यक्त कर सकते हैं (जो हमेशा बाद में एक अधिक सूचित पार्टी द्वारा किया जा सकता है)। इसके अलावा, सही संरेखित तालिका के बारे में सबसे अच्छी बात यह है कि यह लेख के पाठ में हस्तक्षेप किए बिना मनमाने ढंग से लंबी हो सकती है। --maveric149 अच्छी बात है। यह देखना आसान होगा कि सूची में क्या गलत है जब यह सब कुछ है। एक्लेक्टिकोलॉजी, शनिवार, 13 जुलाई, 2002 यह निश्चित रूप से कोशिश करने के लिए दुख नहीं होना चाहिए। इस घटना में कि कुछ गलत हो जाता है, असुविधाजनक या बोझिल हो जाता है, हम हमेशा पुनर्मूल्यांकन कर सकते हैं। संभावना है कि उस बिंदु से पहले की गई हर चीज को वैसे भी बदलना नहीं पड़ेगा। --जेजी

नमस्ते। मेरे लिए यह स्थान नया है। मैंने अभी-अभी विकिपीडिया टॉक:विकिप्रोजेक्ट ट्री ऑफ़ लाइफ़ में स्केलिंग के संबंध में एक टिप्पणी जोड़ी है जो यहाँ पाठकों के लिए रुचिकर हो सकती है। चीयर्स गैरी कर्टिस 11:20 25 फरवरी 2003 यूटीसी


विभिन्न जीवों में जीन नामकरण को सरल बनाने का मामला

ज़ेबरा फ़िंच मेसोटोसिन नामक एक हार्मोन बनाते हैं, जो मानव ऑक्सीटोसिन से बहुत कम भिन्न होता है। क्रेडिट: रॉकफेलर यूनिवर्सिटी

कॉन्स्टेंटिना थियोफानोपोलू ऑक्सीटोसिन का अध्ययन करना चाहती थी। उसके स्नातक कार्य ने इस बात पर ध्यान केंद्रित किया था कि हार्मोन मानव भाषण विकास को कैसे प्रभावित करता है, और अब वह उन निष्कर्षों का उपयोग करने की तैयारी कर रही थी ताकि जांच की जा सके कि गीत पक्षी कैसे गाना सीखते हैं। समस्या यह थी कि पक्षियों में ऑक्सीटोसिन नहीं होता। या तो उसे बताया गया था।

"हर जगह जहां मैंने जीनोम में देखा," वह कहती हैं, "मुझे पक्षियों में ऑक्सीटोसिन नामक जीन नहीं मिला।"

Theofanopoulou अंततः मेसोटोसिन में आया, पक्षियों, सरीसृपों और उभयचरों में ऑक्सीटोसिन के लिए एनालॉग। लेकिन जैसे ही उसने रॉकफेलर में एरिच जार्विस की प्रयोगशाला में साहित्य गिराया, पानी में कीचड़ हो गया। यदि वह और जार्विस मछली में ऑक्सीटोसिन पर अध्ययन करना चाहते हैं, तो उन्हें अद्वितीय शब्द आइसोटोसिन की खोज करना याद रखना होगा। जब तक, निश्चित रूप से, वे शार्क की कुछ प्रजातियों में ऑक्सीटोसिन के अध्ययन की तलाश में थे, इस मामले में वे वैलिटोसिन-काँटेदार डॉगफ़िश के ऑक्सीटोसिन के लिए सार निकालने के लिए बाध्य थे। इसी तरह के मुद्दे तब सामने आए जब उन्होंने पक्षियों में हार्मोन वैसोटोसिन का अध्ययन करने की कोशिश की, जिसे मनुष्यों में वैसोप्रेसिन कहा जाता है। और ऑक्सीटोसिन रिसेप्टर, आमतौर पर स्तनधारी अध्ययनों में संक्षिप्त OXTR, को अन्य प्रजातियों के अध्ययन में VT3, MTR, MesoR या ITR नाम दिया जा सकता है।

"मैं खो जाने लगा," जार्विस मानते हैं। "मैंने कहा, इससे पहले कि हम गहरी खुदाई करें, हमें यह सुनिश्चित करने की ज़रूरत है कि हमने सही धारणाएँ बनाई हैं जिनके बारे में मानव और पक्षी जीन क्रमिक रूप से संबंधित हैं।"

अब, एक नए अध्ययन में प्रकृति, थियोफ़ानोपोलू और जार्विस प्रदर्शित करते हैं कि ऑक्सीटोसिन के रूप में जाना जाने वाला मानव हार्मोन वास्तव में सभी प्रमुख कशेरुकी वंशों में एक और एक ही जीन है। समानताएं वास्तव में इतनी हड़ताली हैं कि वैज्ञानिक मनुष्यों में ऑक्सीटोसिन और वैसोप्रेसिन के साथ-साथ उनके संबंधित रिसेप्टर्स के लिए नए मानक नामकरण को लागू करके शब्दजाल को एक बार और सभी के लिए साफ करने की वकालत करते हैं।

यह अद्यतन नामकरण परंपरा, कम से कम, ऑक्सीटोसिन का अध्ययन करने वाले वैज्ञानिकों के लिए जीवन को आसान बना देगी। लेकिन यह प्रजातियों में जैविक निष्कर्षों की एक विस्तृत श्रृंखला का अनुवाद करने के लिए एक मॉडल के रूप में भी काम कर सकता है-आखिरकार विभिन्न जीवों में एक ही जीन कैसे कार्य करता है, इसकी बेहतर समझ के लिए अग्रणी होता है।

अध्ययन इस जीन-परिवार के विकासवादी इतिहास का वर्णन करता है, जो जैविक कार्यों की एक विस्तृत श्रृंखला के लिए जिम्मेदार है। क्रेडिट: बार्सिलोना विश्वविद्यालय

एक संपूर्ण-जीनोम दृष्टिकोण

इससे पहले कि पूरे जीनोम अनुक्रमण ने वैज्ञानिकों को एक बड़ा चित्र दृश्य दिया कि कितने समान आनुवंशिक अनुक्रम हैं, जैव रसायनविद अक्सर मामूली, अक्सर असंगत, मतभेदों की पहचान में निकट-समान जीन को अद्वितीय नाम देते हैं। इसने प्रजातियों में अजीब नामकरण परंपराओं को जन्म दिया जिसने थियोफानोपोलू और जार्विस को इतना चकित कर दिया। "स्तनधारियों में ऑक्सीटोसिन में कछुओं में मेसोटोसिन की तुलना में एक अलग अमीनो एसिड होता है," थियोफानोपोलू कहते हैं। "इससे पहले कि हमारे पास एक संपूर्ण-जीनोम परिप्रेक्ष्य था, हमने सोचा होगा कि यह एक पूरी तरह से अलग जीन था।"

लेकिन अनुक्रम समानता ही एकमात्र संकेत नहीं है कि विभिन्न प्रजातियों के दो जीन संबंधित हैं। एक और प्रत्येक जीन के आसपास के जीन क्षेत्र अपने संबंधित गुणसूत्र पर होता है, जिसे वैज्ञानिक सिन्टेनी के रूप में संदर्भित करते हैं। दूसरे शब्दों में, जीन की पहचान केवल जीन के 'अंदर' अनुक्रम से नहीं बनती है, बल्कि इसके चारों ओर के जीनों से भी होती है, जो जीन उस जीन के 'बाहर' पाए जाते हैं। और जबकि स्तनधारी ऑक्सीटोसिन अपने कछुआ एनालॉग से अनुक्रम में थोड़ा भिन्न होता है, यह नया अध्ययन दर्शाता है कि ऑक्सीटोसिन, वैसोटोसिन और प्रत्येक हार्मोन के रिसेप्टर में 35 प्रजातियों के जीनोम में समानार्थी है, जो सभी प्रमुख कशेरुक वंशों और चार अकशेरुकी वंशों को फैलाते हैं।

"समानता के साथ, हम दिखा सकते हैं कि स्तनधारियों में ऑक्सीटोसिन कछुओं में मेसोटोसिन के समान जीन है, क्योंकि यह इन सभी जीनोमों में एक ही समानार्थी स्थिति में स्थित है, अर्थात् प्रजातियों में एक ही जीन से घिरा हुआ है। जीन के भीतर जीन अनुक्रम होता है तेजी से बदलते हैं, लेकिन जीन क्रम, कैसे जीन एक के बाद एक स्थित होते हैं, विकासवादी समय में अधिक संरक्षित होते हैं।" थियोफानोपोलू कहते हैं।

यह व्यापक परिप्रेक्ष्य हाल के अपडेट के बिना संभव नहीं होता, जिसने पूरे जीनोम को अधिक पूर्ण और सटीक बना दिया, एक परियोजना जिसका नेतृत्व अंतरराष्ट्रीय वर्टेब्रेट जीनोम प्रोजेक्ट द्वारा किया गया, जो जार्विस की अध्यक्षता करता है। ये लगभग पूर्ण क्रोमोसोमल स्तर जीनोम असेंबलियों को उत्पन्न करने के लिए लंबी-सीक्वेंस रीड और लंबी दूरी के डेटा का उपयोग करते हैं। कम त्रुटियों वाले स्वच्छ जीनोम वैज्ञानिकों को नए तरीकों से समानार्थी सूक्ष्मताओं की खोज करने की अनुमति देते हैं। "कई जीनोम जिन्हें हम देख रहे हैं उनमें मिश्रित गुणसूत्र या त्रुटियां नहीं हैं," जार्विस कहते हैं। "पहले किसी के पास यह नहीं था।"

अनुवाद संबंधी अनुसंधान को सुविधाजनक बनाने और वैज्ञानिक शब्दावली को उत्तर-जीनोमिक युग में लाने के लिए कई और जीनों को इस प्रकार के पुनर्मूल्यांकन की आवश्यकता हो सकती है। उदाहरण के लिए, इसी तरह के नामकरण के मुद्दे जार्विस के मुखर सीखने, एसआरजीएपी और एफओएक्सपी 2 के काम से संबंधित दो जीनों के भीतर मौजूद हैं, और थियोफानोपोलू को संदेह है कि डोपामाइन और एस्ट्रोजन रिसेप्टर्स के नामकरण सम्मेलनों को भी संशोधन की आवश्यकता हो सकती है। जार्विस कहते हैं, "यह पेपर जीन विकास के आधार पर जीव विज्ञान में जीनोम नामकरण को सुधारने के लिए एक मॉडल के रूप में कार्य करता है।"

लेकिन क्या ऐसे नए नाम बने रहेंगे यह एक खुला प्रश्न है। जार्विस और थियोफ़ानोपोलू पहले से ही उन शोधकर्ताओं से पुशबैक का अनुभव कर रहे हैं जो मेसोटोसिन अनुसंधान की लंबी विरासत को देखने के लिए अनिच्छुक हैं और ऑक्सीटोसिन, या वैसोटॉसिन के साथ वैसोप्रेसिन के साथ बंडल किए गए हैं। जार्विस कहते हैं, "हमने ऐसे कई लोगों से बात की है जो जानते थे कि ये जीन एनालॉग थे लेकिन जोर देकर कहा कि उन्हें एक ही नाम से नहीं बुलाया जा सकता है।" "कुछ लोगों ने तर्क दिया कि 'यह दशकों से ऐसा ही है।'"

दूसरों को चिंता है कि, हालांकि ये जीन प्रजातियों में समानार्थी हो सकते हैं, यह गलत होगा और शायद जीन के लिए एक ही नाम का उपयोग करने के लिए भ्रामक भी होगा जो स्तनधारियों में स्तनपान को बढ़ावा देता है और स्पष्ट रूप से पक्षियों और कछुओं में एक अलग भूमिका निभाता है। जार्विस असहमत हैं। "एक नाम पूरी तरह से कार्य पर आधारित नहीं होना चाहिए, बल्कि अनुवांशिक और विकासवादी समानताओं पर भी आधारित होना चाहिए, " वे कहते हैं।

"अब हम दिखा सकते हैं कि ये वही जीन हैं क्योंकि वे प्रजातियों में जीनोम में जीन ऑर्डर के समान संरक्षित ब्लॉक में स्थित हैं, " थियोफानोपोलौ कहते हैं। "अगर आज के जीनोमिक्स युग में इन हार्मोनों के जीन की खोज की गई होती, तो उन्हें एक ही नाम दिया गया होता न कि अलग-अलग नामों से।"


वह वीडियो देखें: 5. Noncoding RNAs microRNAs (फरवरी 2023).