जानकारी

मैं जेनबैंक (एनसीबीआई) से जीन अनुक्रम कैसे डाउनलोड कर सकता हूं?

मैं जेनबैंक (एनसीबीआई) से जीन अनुक्रम कैसे डाउनलोड कर सकता हूं?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

क्या आप मुझे जीनबैंक से जीन अनुक्रम खोजने और डाउनलोड करने के चरण बता सकते हैं?

आपकी सहायता का मुझ पर आभार होगा।


एनसीबीआई वेबसाइट पर जाएं, पृष्ठ के ऊपरी भाग में प्रासंगिक जानकारी के साथ खोज फ़ील्ड भरें, खोज फ़ील्ड के ठीक बाईं ओर ड्रॉप-डाउन मेनू से "न्यूक्लियोटाइड" चुनें और खोज पर क्लिक करें। आपको मदों की एक सूची मिलेगी, उनमें से किसी के नीचे "FASTA" लिंक पर क्लिक करने से आपको संबंधित क्रम मिलेगा। आपकी रुचि के आधार पर, आप उस मेनू से अन्य डेटाबेस चुन सकते हैं, और उनमें से कुछ आपस में जुड़े हुए हैं। उदाहरण के लिए आप "न्यूक्लियोटाइड" के बजाय "जीन" का चयन करके खोज कर सकते हैं और एक चयनित जीन जानकारी प्रदर्शित करते समय, आप उन लिंक को देख सकते हैं जो अनुक्रम प्राप्त करने के लिए न्यूक्लियोटाइड डेटाबेस की ओर ले जाते हैं।


वैकल्पिक रूप से, आप का उपयोग कर सकते हैं एनसीबीआई एंट्रेज़ डायरेक्ट यूनिक्स ई-यूटिलिटीज

टर्मिनल में, इसका उपयोग करके इसे स्थापित करें: स्रोत ./install-edirect.sh

फिर, आप निम्न करके अपना अनुक्रम डाउनलोड कर सकते हैं:

ईसर्च -डीबी न्यूक्लियोटाइड -क्वेरी "एनसी_030850.1" | efetch -format Fasta > NC_030850.1.fasta

और आपको अपना फास्टा सीक्वेंस डाउनलोड होना चाहिए।

जैसा कि आपके पास डाउनलोड करने के लिए कई अनुक्रम हैं, मुझे लगता है कि उन सभी को संसाधित करने के लिए इस कमांड को थोड़ा बैश स्क्रिप्ट में जोड़ना काफी आसान होगा।

बस https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_030853.1?report=fasta&log$=seqview&format=text के रूप में प्रत्येक को wget या कर्ल करें।


इस ट्यूटोरियल के लिए आवश्यक है कि उपयोगकर्ता ने पहले से ही जेनबैंक आईडी नंबरों को उन अनुक्रमों के लिए रिकॉर्ड कर लिया है जिनमें वह रुचि रखता है। ट्यूटोरियल काम का उपयोग करता है पढ़ें.जेनबैंक () तथा राइट.डीएनए () 'एप' पैकेज में उपलब्ध कार्य। मैं गारंटी नहीं देता कि आर में यह सब कोड करने का यह सबसे प्रभावी तरीका है, लेकिन यह शायद ही मायने रखता है क्योंकि गणना समय न्यूनतम है।

पहला कदम आर में पैकेज 'एप' को लोड (या इंस्टॉल + लोड) करना है।

चूंकि आर में पैकेज लगातार अपडेट और री-टूल किए जाते हैं, मैं स्पष्ट होना चाहता हूं कि मैंने यह सब लिखने के लिए एप के संस्करण 3.3 का उपयोग किया था। NS पैकेज संस्करण () R में निर्मित फ़ंक्शन, इसका आकलन करने के लिए आसान है।

इसके बाद, हम प्रत्येक अनुक्रम सूची को एक पूर्व-निर्मित .CSV (अल्पविराम से अलग किए गए मान) फ़ाइल से आयात करेंगे। जेनबैंक अनुक्रमों को एक कॉलम में सूचीबद्ध किया जाना चाहिए, प्रत्येक पंक्ति में एक अद्वितीय अनुक्रम संख्या के साथ। पंक्तियाँ रिक्त हो सकती हैं (यदि वे एक्सेल शीट से खींची जाती हैं, जैसा कि वे आमतौर पर होती हैं) - रिक्त पंक्तियों को छोड़ दिया जाएगा। लैब्रिड फ़ाइलोजेनी पेपर के लिए, मैंने रुचि के प्रत्येक जीन के लिए एक अलग सीएसवी बनाया। इस ट्यूटोरियल में, मैं उन सूचियों को प्रदान करूँगा जिनका उपयोग मैंने COI और CYTB जीन प्राप्त करने के लिए किया था।

इनमें से प्रत्येक को अलग-अलग वस्तुओं के रूप में R में आयात करें। सेट करना महत्वपूर्ण है स्ट्रिंग्सअसफैक्टर्स=गलत आयात के दौरान। नीचे दिए गए कोड को अपनी कार्यशील निर्देशिका से पढ़ने के लिए आवश्यकतानुसार संशोधित करें:

सादगी के लिए, मैंने अपने कार्यक्षेत्र में COI सूची को "coi" और CYTB सूची को "cyt" नाम दिया है। अगला चरण इन सूचियों को वर्ण सूचियों में बदलना है:

फिर उपयोग करें पढ़ें। जेनबैंक () जेनबैंक डेटाबेस से कनेक्ट करने और अनुक्रम डाउनलोड करने के लिए। सेट प्रजाति.नाम = टी यह सुनिश्चित करने के लिए कि प्रजाति का नाम मेटाडेटा शामिल है।

यह दो नई वस्तुओं का निर्माण करेगा, प्रत्येक वर्ग "DNAbin" के साथ। प्रत्येक डेटासेट के कुछ दिलचस्प गुणों को देखने के लिए आप प्रत्येक ऑब्जेक्ट (जैसे कोइजेन) का नाम टाइप कर सकते हैं (उदाहरण के लिए अनुक्रम लंबाई, आधार रचनाएं आदि)।

अब समस्या यह है कि प्रत्येक वस्तु के भीतर, अनुक्रम अभी भी जेनबैंक परिग्रहण संख्या द्वारा सूचीबद्ध हैं। प्रत्येक सूची के नाम को प्रजातियों के नाम से बदलना अधिक सुविधाजनक होगा। यह और भी महत्वपूर्ण हो जाता है यदि आप कई जीन अनुक्रमों के साथ काम करते हैं और पेड़ के अनुमान के लिए सुपरमैट्रिक्स का उपयोग करना चाहते हैं: किसी बिंदु पर आपको सभी प्रजातियों के लिए सभी जीन अनुक्रमों को जोड़ना होगा (उदाहरण के लिए अनुक्रम मैट्रिक्स जैसे प्रोग्राम का उपयोग करना)। यह वास्तव में केवल तभी संभव है जब प्रत्येक अनुक्रम का नाम उस प्रजाति के अनुसार रखा जाए जिससे वह आता है।

अब हम इनमें से प्रत्येक ऑब्जेक्ट से उपयोगकर्ता के अनुकूल डेटा.फ़्रेम ऑब्जेक्ट में मेटाडेटा (प्रजातियों के नाम और जेनबैंक नंबर) निकालेंगे। प्रत्येक नए डेटा फ्रेम से, हम प्रजातियों के नाम निकालेंगे और उन्हें आधार आर फ़ंक्शन का उपयोग करके अनुक्रमों पर लागू करेंगे एटीआर ():

अब, 'कोइजेन' और 'साइटजेन' प्रत्येक को अनुक्रमों की सूचियों को शामिल करने के लिए संशोधित किया गया है जिनका नाम उनके द्वारा प्रतिनिधित्व की जाने वाली प्रजातियों के अनुसार रखा गया है। यदि आप यह सत्यापित करना चाहते हैं कि प्रत्येक अनुक्रम वास्तव में रुचि की प्रजातियों से मेल खाता है, तो दो नई वस्तुएं, 'names_coi' और 'names_cyt' अपने आप में बहुत उपयोगी हैं। वैसे भी, हम अब प्रत्येक सूची को अपनी FASTA फ़ाइल (अन्य कार्यक्रमों में आगे उपयोग के लिए) का उपयोग करके निर्यात करने के लिए तैयार हैं राइट.डीएनए () 'एप' में काम करता है।

और बस। अब आपके पास प्रत्येक जीन के लिए अलग-अलग FASTA फाइलें होनी चाहिए। FASTA फाइलें अब आपके पसंदीदा प्रोग्राम का उपयोग करके संरेखण के लिए तैयार होनी चाहिए (इस परियोजना के लिए मैंने Geneious का उपयोग किया। एक और अच्छा कार्यक्रम MEGA है)। प्रत्येक FASTA फ़ाइल के भीतर, अनुक्रमों को अब उस प्रजाति द्वारा नामित किया जाएगा जिससे वे उत्पन्न हुए हैं। मैं दृढ़ता से अनुशंसा करता हूं कि आप प्रत्येक फ़ाइल की जांच करें ताकि यह सत्यापित किया जा सके कि प्रजातियों के नाम सही हैं. टाइपो और/या प्रजातियों के नामों का पर्यायवाची आपके कार्यप्रवाह पर कहर बरपा सकता है, खासकर यदि आप बाद में अनुक्रमों को जोड़ेंगे।


उदाहरण

इस उदाहरण के लिए हमारा लक्ष्य उपलब्ध जीनोम डेटा का पता लगाना होगा Corynebacterium efficiens।

यह कॉल जीनोम आईडी 1076 लौटाती है।

एलिंक कॉल के परिणाम कुल आठ अनुक्रमों (लेखन के समय) को प्रकट करते हैं। तालिका 1 में सूचीबद्ध "&term" मानों की एक श्रृंखला का उपयोग करके, आप देखेंगे कि RefSeq और WGS दोनों अनुक्रम उपलब्ध हैं। इस मामले में हम ऊपर चरण 2 के लिए वैकल्पिक दृष्टिकोण का उपयोग कर रहे हैं जो एलिंक अनुरोध में "&cmd" पैरामीटर का उपयोग नहीं करता है। उदाहरण के लिए, आप FASTA प्रारूप में गुणसूत्र के लिए RefSeq अनुक्रम डाउनलोड करने का निर्णय ले सकते हैं। जब तक आपने elink कॉल में उपयुक्त “&term” मान शामिल किया है, तब तक नीचे दिया गया अंतिम चरण इसे पूरा करेगा।


मैं जेनबैंक (एनसीबीआई) से जीन अनुक्रम कैसे डाउनलोड कर सकता हूं? - जीव विज्ञान

एक डेटाबेस जो इकट्ठे जीनोम की संरचना, असेंबली नाम और अन्य मेटा-डेटा, सांख्यिकीय रिपोर्ट और जीनोमिक अनुक्रम डेटा के लिंक पर जानकारी प्रदान करता है।

जीनोमिक्स, कार्यात्मक जीनोमिक्स और आनुवंशिकी अध्ययनों का एक संग्रह और उनके परिणामी डेटासेट के लिंक। यह संसाधन परियोजना के दायरे, सामग्री और उद्देश्यों का वर्णन करता है और ऐसे डेटासेट को पुनः प्राप्त करने के लिए एक तंत्र प्रदान करता है जो असंगत एनोटेशन, कई स्वतंत्र सबमिशन और विविध डेटा प्रकारों की विविध प्रकृति के कारण अक्सर मुश्किल होते हैं जो अक्सर विभिन्न डेटाबेस में संग्रहीत होते हैं।

dbVar डेटाबेस को बड़े पैमाने पर जीनोमिक भिन्नता से जुड़ी सूचनाओं को संग्रहित करने के लिए विकसित किया गया है, जिसमें बड़े सम्मिलन, विलोपन, अनुवाद और व्युत्क्रम शामिल हैं। भिन्नता खोज को संग्रहित करने के अलावा, dbVar फ़िनोटाइप जानकारी के साथ परिभाषित वेरिएंट के संघों को भी संग्रहीत करता है।

1000 से अधिक जीवों के पूरे जीनोम से अनुक्रम और मानचित्र डेटा शामिल है। जीनोम पूरी तरह से अनुक्रमित जीवों और जिनके लिए अनुक्रमण प्रगति पर है, दोनों का प्रतिनिधित्व करते हैं। जीवन के सभी तीन मुख्य डोमेन (बैक्टीरिया, आर्किया और यूकेरियोटा) का प्रतिनिधित्व किया जाता है, साथ ही साथ कई वायरस, फेज, विरोइड, प्लास्मिड और ऑर्गेनेल भी हैं।

जीनोम रेफरेंस कंसोर्टियम (जीआरसी) मानव और माउस संदर्भ जीनोम के लिए जिम्मेदारी रखता है। सदस्यों में वाशिंगटन विश्वविद्यालय में जीनोम केंद्र, वेलकम ट्रस्ट सेंगर संस्थान, यूरोपीय जैव सूचना विज्ञान संस्थान (ईबीआई) और राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी सूचना केंद्र (एनसीबीआई) शामिल हैं। जीआरसी गलत तरीके से प्रस्तुत किए गए लोकी को ठीक करने और शेष विधानसभा अंतराल को बंद करने के लिए काम करता है। इसके अलावा, जीआरसी जटिल या संरचनात्मक रूप से भिन्न जीनोमिक लोकी के लिए वैकल्पिक असेंबली प्रदान करना चाहता है। जीआरसी वेबसाइट (//www.genomereference.org) पर, जनता वर्तमान में समीक्षा के तहत जीनोमिक क्षेत्रों को देख सकती है, जीनोम से संबंधित समस्याओं की रिपोर्ट कर सकती है और जीआरसी से संपर्क कर सकती है।

मानव मेजबान से प्रोटीन के साथ एचआईवी -1 प्रोटीन के ज्ञात अंतःक्रियाओं का एक डेटाबेस। यह संबंधित PubMed रिकॉर्ड और अनुक्रम डेटा के लिंक के साथ, प्रोटीन इंटरैक्शन की प्रकाशित रिपोर्टों की एनोटेट ग्रंथ सूची प्रदान करता है।

एनआईएआईडी इन्फ्लुएंजा जीनोम सीक्वेंसिंग प्रोजेक्ट और जेनबैंक से डेटा का संकलन। यह फ़्लू अनुक्रम विश्लेषण, एनोटेशन और जेनबैंक को प्रस्तुत करने के लिए उपकरण प्रदान करता है। इस संसाधन में अन्य फ़्लू अनुक्रम संसाधनों, और फ़्लू वायरस के बारे में प्रकाशन और सामान्य जानकारी के लिंक भी हैं।

एक परियोजना जिसमें भोजन, पर्यावरण और रोगी आइसोलेट्स से उत्पन्न जीवाणु रोगजनक जीनोमिक अनुक्रमों का संग्रह और विश्लेषण शामिल है। वर्तमान में, एक स्वचालित पाइपलाइन क्लस्टर और मुख्य रूप से सार्वजनिक स्वास्थ्य प्रयोगशालाओं द्वारा आपूर्ति किए गए अनुक्रमों की पहचान करता है ताकि खाद्य जनित रोग के प्रकोप की जांच में सहायता की जा सके और खाद्य संदूषण के संभावित स्रोतों की खोज की जा सके।

जेनबैंक, रेफसेक, थर्ड पार्टी एनोटेशन (टीपीए) डेटाबेस और पीडीबी सहित कई स्रोतों से न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों का संग्रह। न्यूक्लियोटाइड डेटाबेस की खोज से इसके प्रत्येक घटक डेटाबेस से उपलब्ध परिणाम प्राप्त होंगे।

संबंधित डीएनए अनुक्रमों का डेटाबेस जो तुलनात्मक अध्ययनों से उत्पन्न होता है: फ़ाइलोजेनेटिक, जनसंख्या, पर्यावरण और, कुछ हद तक, पारस्परिक। डेटाबेस में प्रत्येक रिकॉर्ड डीएनए अनुक्रमों का एक सेट है। उदाहरण के लिए, एक जनसंख्या समूह एक जीव के भीतर आनुवंशिक भिन्नता के बारे में जानकारी प्रदान करता है, जबकि एक फ़ाइलोजेनेटिक सेट में कई संबंधित जीवों से प्राप्त एकल जीन के अनुक्रम और उनका संरेखण हो सकता है।

अभिकर्मक वितरकों, जांच प्रभावशीलता, और गणना अनुक्रम समानता पर जानकारी के साथ-साथ जैव चिकित्सा अनुसंधान अनुप्रयोगों की एक विस्तृत विविधता में उपयोग के लिए डिज़ाइन किए गए न्यूक्लिक एसिड अभिकर्मकों की एक सार्वजनिक रजिस्ट्री।

विशेष रूप से रेट्रोवायरस के अनुसंधान का समर्थन करने के लिए डिज़ाइन किए गए संसाधनों का एक संग्रह, जिसमें एक जीनोटाइपिंग टूल शामिल है जो एक क्वेरी अनुक्रम के जीनोटाइप की पहचान करने के लिए BLAST एल्गोरिदम का उपयोग करता है, कई अनुक्रमों के वैश्विक संरेखण के लिए एक संरेखण उपकरण एक एचआईवी -1 स्वचालित अनुक्रम एनोटेशन टूल और एनोटेट मैप्स संबंधित अनुक्रम रिकॉर्ड के लिंक के साथ जेनबैंक, फास्टा और ग्राफिक प्रारूपों में देखे जाने वाले कई रेट्रोवायरस।

SARS कोरोनावायरस (CoV) के लिए डेटा का सारांश, जिसमें नवीनतम अनुक्रम डेटा और प्रकाशनों के लिंक, अन्य SARS संबंधित संसाधनों के लिंक, और विभिन्न आइसोलेट्स से जीनोम अनुक्रमों का पूर्व-गणना संरेखण शामिल है।

सीक्वेंस रीड आर्काइव (एसआरए) रोश 454 जीएस सिस्टम®, इलुमिना जीनोम एनालाइजर®, लाइफ टेक्नोलॉजीज एबी सॉलिड सिस्टम®, हेलिकोस बायोसाइंसेज हेलिस्कोप®, कम्प्लीट जीनोमिक्स®, और पैसिफिक बायोसाइंसेज एसएमआरटी® सहित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण प्लेटफॉर्म से अनुक्रमण डेटा संग्रहीत करता है। .

डीएनए अनुक्रम क्रोमैटोग्राम (निशान), बेस कॉल, और सिंगल-पास के लिए गुणवत्ता अनुमानों का एक भंडार विभिन्न बड़े पैमाने पर अनुक्रमण परियोजनाओं से पढ़ता है।

संसाधनों की एक विस्तृत श्रृंखला, जिसमें वायरस के जीव विज्ञान का एक संक्षिप्त सारांश, एंट्रेज़ जीनोम में वायरल जीनोम अनुक्रमों के लिंक, और वायरल संदर्भ अनुक्रमों के बारे में जानकारी, हजारों वायरल जीनोम के संदर्भ अनुक्रमों का संग्रह शामिल है।

अन्य जीवों के लिए इन्फ्लुएंजा वायरस संसाधन का विस्तार, चयनित वायरस के अनुक्रम सेट डाउनलोड करने के लिए एक इंटरफ़ेस प्रदान करना, वायरस-विशिष्ट BLAST पृष्ठों सहित विश्लेषण उपकरण, और जीनोम एनोटेशन पाइपलाइन।

डाउनलोड

इस साइट में एंट्रेज़ जीनोम में जीवों के लिए जीनोम अनुक्रम और मानचित्रण डेटा है। डेटा को एकल प्रजातियों या प्रजातियों के समूहों के लिए निर्देशिकाओं में व्यवस्थित किया जाता है। मानचित्रण डेटा को MapView निर्देशिका में एकत्र किया जाता है और प्रजातियों द्वारा व्यवस्थित किया जाता है। विस्तृत जानकारी के लिए मूल निर्देशिका में README फ़ाइल और प्रजाति उपनिर्देशिकाओं में README फ़ाइलें देखें।

प्रत्येक जीनोम के लिए निर्देशिका शामिल है जिसमें उस जीनोम के वर्तमान और पिछले बिल्ड के लिए उपलब्ध मैपिंग डेटा शामिल है।

इस साइट में संदर्भ अनुक्रम (RefSeq) संग्रह में सभी न्यूक्लियोटाइड और प्रोटीन अनुक्रम रिकॉर्ड हैं। "रिलीज़" निर्देशिका में संपूर्ण संग्रह की सबसे वर्तमान रिलीज़ शामिल है, जबकि चयनित जीवों (जैसे मानव, माउस और चूहे) के लिए डेटा अलग-अलग निर्देशिकाओं में उपलब्ध हैं। डेटा FASTA और फ्लैट फ़ाइल स्वरूपों में उपलब्ध हैं। विवरण के लिए README फाइल देखें।

इस साइट में ASN.1, XML और EasySKYCGH स्वरूपों में SKY-CGH डेटा है। अधिक जानकारी के लिए skycghreadme.txt फ़ाइल देखें।

इस साइट में प्रस्तुत अनुक्रमण परियोजना द्वारा आयोजित अगली पीढ़ी का अनुक्रमण डेटा है।

इस साइट में प्रजातियों द्वारा आयोजित ट्रेस क्रोमैटोग्राम डेटा है। डेटा में क्रोमैटोग्राम, गुणवत्ता स्कोर, स्वचालित आधार कॉल से FASTA अनुक्रम, और टैब-सीमांकित पाठ के साथ-साथ XML स्वरूपों में अन्य सहायक जानकारी शामिल हैं। विवरण के लिए README फाइल देखें।

इस साइट में 4-अंकीय परियोजना कोड द्वारा व्यवस्थित संपूर्ण जीनोम शॉटगन अनुक्रम डेटा है। डेटा में जेनबैंक और जेनपेप्ट फ्लैट फाइलें, गुणवत्ता स्कोर और सारांश आंकड़े शामिल हैं। अधिक जानकारी के लिए README.genbank.wgs फ़ाइल देखें।

प्रविष्टियों

एक ऑनलाइन फॉर्म जो शोधकर्ताओं, संघों और संगठनों को उनके बायोप्रोजेक्ट्स को पंजीकृत करने के लिए एक इंटरफ़ेस प्रदान करता है। यह अध्ययन के लिए जीनोमिक और आनुवंशिक डेटा प्रस्तुत करने के लिए शुरुआती बिंदु के रूप में कार्य करता है। बायोप्रोजेक्ट पंजीकरण के समय डेटा जमा करने की आवश्यकता नहीं है।

एक कमांड-लाइन प्रोग्राम जो सेक्विन के समान कई कार्यों का उपयोग करके जेनबैंक को प्रस्तुत करने के लिए अनुक्रम रिकॉर्ड के निर्माण को स्वचालित करता है। इसका उपयोग मुख्य रूप से पूर्ण जीनोम और अनुक्रमों के बड़े बैचों को प्रस्तुत करने के लिए किया जाता है।

यह लिंक बताता है कि कैसे एसआरए डेटा प्रस्तुतकर्ता अपने डेटा के लिए एक सुरक्षित एनसीबीआई एफ़टीपी साइट प्राप्त कर सकते हैं, और अनुमत डेटा प्रारूपों और निर्देशिका संरचनाओं का भी वर्णन करता है।

जमाकर्ताओं के लिए एनसीबीआई में सभी डेटा सबमिशन प्रक्रियाओं से लिंक करने और जानकारी प्राप्त करने के लिए एक एकल प्रवेश बिंदु। वर्तमान में, यह बायोप्रोजेक्ट्स और बायोसैंपल्स के पंजीकरण और डब्ल्यूजीएस और जीटीआर के लिए डेटा जमा करने के लिए एक इंटरफेस के रूप में कार्य करता है। इस साइट पर भविष्य के परिवर्धन की योजना बनाई गई है।

यह लिंक बताता है कि कैसे ट्रेस डेटा के जमाकर्ता अपने डेटा के लिए एक सुरक्षित एनसीबीआई एफ़टीपी साइट प्राप्त कर सकते हैं, और अनुमत डेटा प्रारूपों और निर्देशिका संरचनाओं का भी वर्णन करता है।

उपकरण

एक इंटरेक्टिव ग्राफिकल व्यूअर जो उपयोगकर्ताओं को 1000 जीनोम प्रोजेक्ट द्वारा उत्पादित वैरिएंट कॉल, जीनोटाइप कॉल और सहायक साक्ष्य (जैसे संरेखित अनुक्रम पढ़ता है) का पता लगाने की अनुमति देता है।

चयनित पूर्ण यूकेरियोटिक और प्रोकैरियोटिक जीनोम से समान अनुक्रमों के लिए एक ब्लास्ट खोज करता है।

RefSeqGene/LRG सेट में जीनोमिक अनुक्रमों की एक ब्लास्ट खोज करता है। डिफ़ॉल्ट डिस्प्ले ग्राफिक्स डिस्प्ले में संरेखण की समीक्षा करने के लिए तैयार नेविगेशन प्रदान करता है।

यह उपकरण न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन अनुक्रमों की जीनोमिक अनुक्रम डेटाबेस से तुलना करता है और बेसिक लोकल एलाइनमेंट सर्च टूल (BLAST) एल्गोरिथम का उपयोग करके मैचों के सांख्यिकीय महत्व की गणना करता है।

जीन, अभिव्यक्ति, भिन्नता और अन्य एनोटेशन के व्यापक निरीक्षण के साथ यूकेरियोटिक RefSeq जीनोम असेंबली के इंटरैक्टिव नेविगेशन के लिए एक जीनोम ब्राउज़र। GDV आसान-से-लोड विश्लेषणात्मक ट्रैक प्री-कॉन्फ़िगरेशन, आसान प्रदर्शन और अनुकूलन के लिए डेटा ट्रैक का एक मेनू प्रदान करता है, और उपयोगकर्ता डेटा के अपलोड और विश्लेषण का समर्थन करता है। यह ब्राउज़र प्रकाशन के लिए डिस्प्ले के उत्पादन को भी सक्षम बनाता है।

एक ऑनलाइन टूल जो किसी असेंबली के आइडियोग्राम या अनुक्रम प्रतिनिधित्व पर एनोटेशन के जर्नल गुणवत्ता के आंकड़ों के उत्पादन में सहायता करता है।

एनसीबीआई का रीमैप टूल उपयोगकर्ताओं को एनोटेशन डेटा प्रोजेक्ट करने और सुविधाओं के स्थानों को एक जीनोमिक असेंबली से दूसरे या RefSeqGene अनुक्रमों में बेस विश्लेषण द्वारा आधार के माध्यम से परिवर्तित करने की अनुमति देता है। रीमैपिंग की कठोरता को समायोजित करने के लिए विकल्प प्रदान किए जाते हैं, और सारांश परिणाम वेब पेज पर प्रदर्शित होते हैं। एनसीबीआई के जीनोम वर्कबेंच ग्राफिकल व्यूअर में देखने के लिए पूर्ण परिणाम डाउनलोड किए जा सकते हैं, और रीमैप की गई सुविधाओं के लिए एनोटेशन डेटा, साथ ही सारांश डेटा, डाउनलोड के लिए भी उपलब्ध है।

अनुक्रम डेटा को देखने और विश्लेषण करने के लिए एक एकीकृत अनुप्रयोग। जीनोम वर्कबेंच के साथ, आप एनसीबीआई में सार्वजनिक रूप से उपलब्ध अनुक्रम डेटाबेस में डेटा देख सकते हैं, और इन डेटा को अपने डेटा के साथ मिला सकते हैं।

फेनोटाइप, क्रोमोसोम स्थान, जीन और एसएनपी पहचानकर्ताओं द्वारा प्रश्नों के साथ मानव फेनोटाइप / जीनोटाइप संबंधों को खोजने का समर्थन करता है। वर्तमान में dbGaP, NHGRI GWAS कैटलॉग और GTeX की जानकारी शामिल है। जीनोम पर, अनुक्रम पर, या डाउनलोड के लिए तालिकाओं में परिणाम प्रदर्शित करता है।

जीनोमिक न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम में प्रोटीन के संरेखण की गणना के लिए एक उपयोगिता। यह नीडलमैन वुन्श ग्लोबल अलाइनमेंट एल्गोरिथम की भिन्नता पर आधारित है और विशेष रूप से इंट्रॉन और स्प्लिस सिग्नल के लिए जिम्मेदार है। इस एल्गोरिथम के कारण, ProSplign ब्याह स्थलों का निर्धारण करने में सटीक है और अनुक्रमण त्रुटियों के प्रति सहनशील है।

अनुक्रम साइटोजेनेटिक रूपांतरण सेवा एक ऑनलाइन उपकरण है जो मानव, चूहे, चूहे और फल मक्खी जीनोमिक असेंबलियों के लिए अनुक्रम और साइटोजेनेटिक निर्देशांक को परिवर्तित करता है। अनुक्रम दर्शक

एक न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन अनुक्रम और उस अनुक्रम पर एनोटेट की गई सुविधाओं का एक विन्यास योग्य चित्रमय प्रदर्शन प्रदान करता है। एनसीबीआई अनुक्रम डेटाबेस पृष्ठों पर उपयोग के अलावा, यह व्यूअर एम्बेड करने योग्य वेबपेज घटक के रूप में उपलब्ध है। एक एपीआई संदर्भ गाइड सहित विस्तृत दस्तावेज उन डेवलपर्स के लिए उपलब्ध है जो दर्शक को अपने स्वयं के पृष्ठों में एम्बेड करना चाहते हैं।

सीडीएनए-से-जीनोमिक अनुक्रम संरेखण की गणना के लिए एक उपयोगिता। यह नीडलमैन-वुन्श ग्लोबल अलाइनमेंट एल्गोरिथम की भिन्नता पर आधारित है और विशेष रूप से इंट्रॉन और स्प्लिस सिग्नल के लिए जिम्मेदार है। इस एल्गोरिथम के कारण, स्प्लिइन ब्याह स्थलों का निर्धारण करने में सटीक है और अनुक्रमण त्रुटियों के प्रति सहनशील है।

वेरिएशन व्यूअर dbSNP, dbVar, और ClinVar डेटाबेस में सूचीबद्ध जीनोमिक विविधताओं को खोजने और देखने के लिए एक जीनोमिक ब्राउज़र। dbSNP और dbVar से क्रोमोसोमल लोकेशन, जीन सिंबल, फेनोटाइप या वैरिएंट आईडी का उपयोग करके खोज की जा सकती है। ब्राउज़र विविधताओं की एनोटेट तालिका के साथ गतिशील ग्राफिकल अनुक्रम व्यूअर में परिणामों की खोज को सक्षम बनाता है। वायरल जीनोटाइपिंग टूल

यह उपकरण वायरल अनुक्रम के जीनोटाइप की पहचान करने में मदद करता है। क्वेरी अनुक्रम के साथ एक विंडो स्लाइड की जाती है और प्रत्येक विंडो की तुलना BLAST द्वारा किसी विशेष वायरस के लिए प्रत्येक संदर्भ अनुक्रम से की जाती है।


3 टिप्पणियाँ

जब कोई पोस्ट लिखता है तो वह विचार रखता है
एक उपयोगकर्ता के मन में कि एक उपयोगकर्ता इसे कैसे समझ सकता है।

यही कारण है कि लेखन का यह अंश अद्भुत है।
धन्यवाद!

इस साइट को लिखने में आपके द्वारा किए गए प्रयासों के लिए मैं आपको धन्यवाद देना चाहता हूं।
मैं भविष्य में भी आपके द्वारा उसी उच्च-श्रेणी की सामग्री की जांच करने की उम्मीद कर रहा हूं।
वास्तव में, आपकी रचनात्मक लेखन क्षमताओं ने मुझे प्राप्त करने के लिए प्रेरित किया है
मेरा अपना ब्लॉग अब

इस विषय के बारे में जानने के लिए निश्चित रूप से बहुत कुछ है।
आपके द्वारा बनाए गए सभी बिंदु मुझे पसंद हैं।


मैं जेनबैंक (एनसीबीआई) से जीन अनुक्रम कैसे डाउनलोड कर सकता हूं? - जीव विज्ञान

याद रखें: अपनी प्रयोगशाला को Yeshi ([email protected]) को एक विषय पंक्ति "BIO520 Lab 2" के साथ ई-मेल करें। रिच टेक्स्ट फॉर्मेट (.rtf) या MS Word फॉर्मेट (.doc) का उपयोग करें और दस्तावेज़ को इस तरह नाम दें: LundJ_lab2.rtf। उपयोग नहीं करो 'नया' एमएस वर्ड प्रारूप जो फाइलों को .docx एक्सटेंशन देता है!

सबसे अच्छी बात यह है कि लैब 2 पर काम शुरू किया जाए और जरूरत के हिसाब से संदर्भ सामग्री को देखा जाए। जैविक समीक्षा प्रश्नों के लिए, प्रयोगशाला 1 जीव विज्ञान संदर्भ पृष्ठ बहुत उपयोगी हैं।

    1. कृपया निम्नलिखित प्रश्नों के उत्तर देने के लिए Entrez (Entrez सहायता बहुत उपयोगी है!) का उपयोग करें। मानव हीमोग्लोबिन अल्फा 1 जीन के न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम का पता लगाएं।

ए। जेनबैंक (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez) के न्यूक्लियोटाइड खंड में इस जीन की खोज करें। "हीमोग्लोबिन" की खोज करते हुए कितने न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम लौटाए जाते हैं (इस प्रश्न के लिए ईएसटी और जीएसएस अनुक्रमों को अनदेखा करें)? उत्तर = अनुक्रमों की संख्या
इन अनुक्रमों को देखते हुए, आप देख सकते हैं कि अधिकांश हीमोग्लोबिन नहीं हैं! ऐसा क्यों है?

बी। अब "शीर्षक" शब्द (Search Field Help) के रूप में हीमोग्लोबिन का उपयोग करके जेनबैंक में खोजें। कितने अनुक्रम लौटाए जाते हैं? उत्तर = अनुक्रमों की संख्या

सी। अब मानव हीमोग्लोबिन अल्फा 1 के लिए RefSeq प्रविष्टि खोजने के लिए अपनी खोज को और सीमित करें। उत्तर = परिग्रहण संख्या (इस खोज पृष्ठ को सक्रिय रखें, आप इसे प्रश्न 2 में प्रयोग करेंगे)।

डी। यहां खोज स्ट्रिंग टाइप करें जो जीव से प्रोटीन अनुक्रम ढूंढती है Saccharomyces cerevisiae जिनकी प्रविष्टियों में "प्रतिलेखन कारक" वाक्यांश शामिल है। यह एक बूलियन प्रकार की क्वेरी है। इसे निष्पादित करने के कई तरीके हैं और पाई गई प्रविष्टियों की संख्या भिन्न हो सकती है।

इ। आपको कितनी प्रविष्टियाँ मिलती हैं ("सभी:" टैब में)? उत्तर = संख्या प्रश्न 1f के लिए इस खोज को सक्रिय रखें।

ए। इस पृष्ठ पर दी गई जानकारी का उपयोग करते हुए हीमोग्लोबिन के कार्य का विवरण दें। उत्तर = कुछ शब्द।

बी। इस प्रोटीन में कौन सा संरक्षित डोमेन है?

सी। क्या यह डोमेन सूक्ष्मजीवों में मौजूद है?

डी। इस जीन से जुड़े मानव आनुवंशिक रोग के लिए OMIM प्रविष्टि संख्या दें (उनका एक से अधिक संभावित उत्तर हैं)। उत्तर = संख्या।

इ। MapViewer के लिंक का अनुसरण करें (जीनोम लिंक भी आपको इस तक ले जाते हैं)। हीमोग्लोबिन अल्फा 1 किस मानव गुणसूत्र पर पाया जाता है?

ए। इस जीन के लिए स्वीकृत प्रतीक क्या है? उत्तर = जीन प्रतीक

ध्यान दें कि किस प्रारूप में अधिक जैविक जानकारी है। अब, आर्टेमिस प्रोग्राम में प्रत्येक फाइल को खोलें - सुनिश्चित करें कि फाइलों को वर्ड डॉक्यूमेंट के रूप में सेव न करें! यहाँ निम्नलिखित पेस्ट करें:

बी। FASTA प्रारूप फ़ाइल से ग्राफिक्स फलक

ए। हीमोग्लोबिन का ORF किस फ्रेम में होता है? उत्तर = (+1, +2, +3, -1, -2, या -3)


दौड़ना

कम से कम एक उपयोगकर्ता को अपने चुने हुए ब्याज के टैक्सोनॉमिक समूह की टैक्सोनॉमिक आईडी प्रदान करने की आवश्यकता होती है। उदाहरण के लिए, यदि आप प्राइमेट्स में रुचि रखते हैं, तो आप एनसीबीआई टैक्सोनॉमी होम पेज पर जा सकते हैं और प्राइमेट्स को उनकी आईडी देखने के लिए खोज सकते हैं। आईडी की पहचान करने के बाद, फ़ाइलोटाआर पाइपलाइन को निम्नलिखित स्क्रिप्ट के साथ चलाया जा सकता है।

डेटा की हानि के बिना किसी भी बिंदु पर पाइपलाइन को रोका और फिर से शुरू किया जा सकता है। इस स्क्रिप्ट के बारे में अधिक जानकारी के लिए, पैरामीटर कैसे बदलें, पाइपलाइन के लॉग और विवरण की जांच करें, कृपया पैकेज विगनेट देखें।


मैं जेनबैंक (एनसीबीआई) से जीन अनुक्रम कैसे डाउनलोड कर सकता हूं? - जीव विज्ञान

सेंगर/शॉर्ट कॉन्टिग बायोइनफॉरमैटिक्स टूल्स

डीएनए सीक्वेंस असेंबलर के लिए अद्वितीय और क्रांतिकारी जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर है

  • मैनुअल डीएनए अनुक्रम असेंबली
  • स्वचालित डीएनए अनुक्रम विधानसभा
  • डीएनए अनुक्रम विश्लेषण
  • बैच फ़ाइल स्वरूप रूपांतरण (SCF, ABI, FASTA, SEQ, TXT, GBK)
  • उत्परिवर्तन का पता लगाना


त्वरित डीएनए अनुक्रम निरीक्षण की अनुमति देता है:

  • अपने फ़ोल्डरों में ब्राउज़ करते समय नमूने की सामग्री प्रदर्शित करें
  • निम्न गुणवत्ता वाले क्षेत्रों को हाइलाइट करें
  • कम गुणवत्ता वाले सिरों (बैच) को मैन्युअल रूप से या स्वचालित रूप से ट्रिम करें
  • विविध स्वरूपों के बीच कनवर्ट करें
  • FASTA, SEQ, TXT, SCF, ABI, AB, AB!, AB1 नमूने देखें
  • नमूना गुण और आँकड़े देखें
  • आत्मविश्वास स्कोर प्रदर्शित करें

क्लोन लाइब्रेरी डेरेप्लिकेटर सभी प्रकार के अनुक्रम पुस्तकालयों (16S rRNA, 18S rRNA, 23S rRNA, 28S rRNA, कार्यात्मक और संरचनात्मक प्रोटीन) के डीरेप्लिकेशन को सरल करता है और बाद के विश्लेषण या कॉन्टिग असेंबली के लिए कच्चे अनुक्रम तैयार करता है। क्लोन लाइब्रेरी डेरेप्लिकेटर आपके क्लोन पुस्तकालयों से संबंधित सभी अद्वितीय डीएनए अनुक्रमों (FASTA) को निर्दिष्ट फ़ोल्डर में ले जाकर/कॉपी करके सॉर्ट करता है।

सेल काउंटर एक फ्रीवेयर उपकरण है जो आपकी छवि पर एक पारदर्शी या अर्ध-पारदर्शी ग्रिड प्रदर्शित करके कंप्यूटर स्क्रीन पर दिखाए गए कक्षों को मैन्युअल रूप से गिनने में आपकी सहायता करेगा।

नेक्स्टजेन जैव सूचना विज्ञान उपकरण

एक कुशल और उपयोग में आसान FastQ/SFF व्यूअर, संपादक, फ़िल्टर और कनवर्टर। नेक्स्टजेन वर्कबेंच संपूर्ण जैव सूचना विज्ञान बाजार पर ग्राफिक इंटरफेस के साथ पहला और एकमात्र पूर्ण फास्टक्यू/एसएफएफ संपादक है! मामूली कंप्यूटर चलाने पर भी प्रोग्राम विशाल FastQ/SFF फ़ाइलों को संसाधित कर सकता है। फ्रीवेयर

  • नमूने हटाएं एक फ़ाइल को छोटे टुकड़ों में काटें
  • FastQ/SFF से multiFASTA प्रारूप में कनवर्ट करें
  • नाम, औसत गुणवत्ता और लंबाई के आधार पर नमूनों को छाँटें
  • जानकारी प्रदर्शित करता है: नमूनों की संख्या / पढ़ता है, प्रत्येक नमूने की औसत गुणवत्ता, नमूना लंबाई, मिनी-क्रोमैटोग्राम, क्लिप किए गए सिरों
  • कॉम्पैक्ट और पोर्टेबल (कोई स्थापना की आवश्यकता नहीं है)

सीक्वेंस डेरेप्लिकेटर एक ग्राफिक इंटरफ़ेस टूल है जो आपको सीक्वेंस क्लस्टरिंग के माध्यम से अपने फास्टा सीक्वेंस को डीरेप्लिकेट करने की अनुमति देता है।

हिमस्खलन कार्यक्षेत्र जीवविज्ञानियों के लिए एक दृश्य डेटा विश्लेषण और डीएनए अनुक्रम डेटा खनन उपकरण है।

यह एक दृश्य ग्राफिक इंटरफ़ेस प्रदान करता है जिसके माध्यम से आप NCBI जैसे जीव विज्ञान डेटाबेस (eSearch, eLink, eSummary, eFetch) खोज सकते हैं या अनुक्रम प्रसंस्करण उपकरण / सर्वर तक दृश्य पहुँच प्राप्त कर सकते हैं।

दो या दो से अधिक बड़ी अनुक्रम फ़ाइलें (फ़ास्ट, एफएसए, तेज़, फास्टक, सेक, जीबीके, आदि) मर्ज करें।

एक उपकरण जो आपके कंप्यूटर में नवीनतम एनसीबीआई ब्लास्ट+ संस्करण को स्वचालित रूप से डाउनलोड और इंस्टॉल करता है।

एक उपकरण जो एनसीबीआई ब्लास्ट डीबी डाउनलोड प्रक्रिया को स्वचालित करता है। यह स्वचालित रूप से एनसीबीआई एफ़टीपी सर्वर से चयनित एनसीबीआई ब्लास्ट डेटाबेस को डाउनलोड और अनपैक करता है।

एक उपकरण जो आपको अपनी फास्टा फाइलों से ब्लास्ट डेटाबेस बनाने की अनुमति देता है।

यह डीएनए सीक्वेंस असेंबलर का कमांड लाइन संस्करण है। अब आप अपनी खुद की स्क्रिप्ट से कस्टम सीक्वेंस असेंबली करके डीएनए बेसर की शक्ति और सटीकता को एक नए स्तर पर उपयोग कर सकते हैं।

BaserConsole.exe ^
/इनपुटफ़ोल्डर="c:नमूने" ^
/फाइल टाइप='*.scf' ^
/आउटपुटफ़ोल्डर="c:नमूनेबाहर" ^

जीन और एमआरएनए का स्वस्थानी संकरण बहुधा पोलीन्यूक्लियोटाइड जांच पर आधारित होता है।

हमने हाल ही में परिभाषित टैक्सा में विशेष जीन की पहचान करने के लिए पॉलीन्यूक्लियोटाइड जांच मिश्रणों के तर्कसंगत डिजाइन के लिए एक अवधारणा और सॉफ्टवेयर (पॉलीप्रो) विकसित किया है। पॉलीप्रो में तीन मॉड्यूल होते हैं: एक जेनबैंक टैक्सोनॉमी एक्सट्रैक्टर (जीटीई), एक पॉलीन्यूक्लियोटाइड जांच डिजाइनर (पीपीडी) और एक हाइब्रिडाइजेशन पैरामीटर कैलकुलेटर (एचपीसी)।

कन्वर्ट्रिक्स कई लोकप्रिय डीएनए नमूना प्रारूपों के बीच परिवर्तित करने के लिए एक आणविक जीव विज्ञान कमांड लाइन उपकरण है। यह नमूनों के अंत में अविश्वसनीय क्षेत्रों (निम्न गुणवत्ता वाले ठिकानों) को स्वचालित रूप से ट्रिम कर सकता है। कार्यक्रम को किसी मैनुअल की आवश्यकता नहीं है: कमांड लाइन उत्पन्न करने में आपकी सहायता के लिए एक ग्राफिक इंटरफ़ेस उपलब्ध है।

रिलीज की तारीख: अप्रैल 2010

फास्टा कन्वर्टर के लिए सब कुछ बैच में नमूने (एससीएफ, एबीआई, फास्टा, मल्टीफास्टा, जीबीके, मल्टीजीबीके, एसईक्यू, टीXT) को फास्टा प्रारूप में परिवर्तित करता है। प्रोटीन फास्टा फाइलें भी समर्थित हैं।

जेनबैंक टू फास्टा कन्वर्टर एक फ्रीवेयर मॉलिक्यूलर बायोलॉजी टूल है जो जेनबैंक (जीबी/जीबीके) फाइल फॉर्मेट को फास्टा फॉर्मेट में बदल सकता है।

डीएनए न्यूक्लियोटाइड काउंटर एक फ्रीवेयर उपकरण है जो डीएनए अनुक्रम में न्यूक्लियोटाइड्स (ए, सी, जी, टी, सीजी, एटी) के बीच के अनुपात को दर्शाता है। कॉम्पैक्ट और प्रयोग करने में आसान।

हमारे जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर उपकरण किसी भी विंडोज कंप्यूटर में स्थापित किए जा सकते हैं और यह ठीक से काम करता है, भले ही आपके पास व्यवस्थापक अधिकार न हों। इस मामले में प्रोग्राम फ़ाइलों के अलावा कहीं और प्रोग्राम इंस्टॉल करें उदाहरण के लिए उस फ़ोल्डर में जहां आपके पास 'c:MyPersonalFolder', 'Desktop' या 'My Documents' लिखने की अनुमति है।

हमारे सॉफ़्टवेयर उपकरण वास्तव में छोटे हैं इसलिए आप उन्हें फ़्लॉपी डिस्क या यूएसबी फ्लैश स्टिक पर आसानी से कॉपी कर सकते हैं और उन्हें अपने साथ ले जा सकते हैं या ईमेल के माध्यम से अपने सहयोगियों को भेज सकते हैं।


1 उत्तर 1

उस परिग्रहण संख्या और वापसी प्रकार के साथ, आपको पूरा जीनोम अनुक्रम मिल रहा है। यदि आप अलग-अलग जीन अनुक्रम प्राप्त करना चाहते हैं, तो निर्दिष्ट करें कि आप पूरी जेनबैंक फ़ाइल चाहते हैं, फिर जीन को पार्स करें। यहाँ एक उदाहरण है:

यह प्रत्येक जीन को एक ही फ़ाइल में लिखेगा (यदि आप इसे पुनर्निर्देशित करते हैं, तो अब यह सिर्फ STDOUT को लिखता है) लेकिन मैंने संकेत दिया कि आप उन्हें अलग-अलग फ़ाइलों में लिखने के लिए एक छोटा सा बदलाव कहाँ कर सकते हैं। जेनबैंक को पार्स करना कभी-कभी थोड़ा मुश्किल हो सकता है, इसलिए डॉक्स और विशेष रूप से उत्कृष्ट फीचर एनोटेशन हाउटो को पढ़ना हमेशा मददगार होता है।


वह वीडियो देखें: jyri-81 PS4 Kuinka tehdä helposti rahaa Farming Simulator 19 (फरवरी 2023).