जानकारी

प्रोटीन पाथवे, सुपरफैमिली, फंक्शन डेटाबेस/वेबसाइट?

प्रोटीन पाथवे, सुपरफैमिली, फंक्शन डेटाबेस/वेबसाइट?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

मैं कुछ पुराने डेटा की जांच कर रहा हूं - लेकिन मुझे इस समस्या का सामना करना पड़ रहा है कि हमारे द्वारा उपयोग की जाने वाली सभी वेबसाइट अब मौजूद नहीं हैं। मेरे पास परिग्रहण संख्या (NCBI से refSeq) और जिस जीव से वे हैं, प्रोटीन की एक बहुत लंबी सूची है। तो मैं इसके लिए कहां जाऊं: 1) यह जानकारी प्राप्त करना कि वे किस मार्ग में शामिल हैं। यह पूरे मार्ग के दृश्य के लिए भी बहुत अच्छा होगा।
2) वहाँ समारोह। 3) सुपर फैमिली


NS यूनीप्रोट नॉलेजबेस (UniProtKB) है केंद्रीय हब प्रोटीन पर कार्यात्मक जानकारी के संग्रह के लिए।


प्रोटीन पाथवे, सुपरफैमिली, फंक्शन डेटाबेस/वेबसाइट? - जीव विज्ञान

आपकी कार्ट फिलहाल बिलकुल खाली है। i <p>विभिन्न यूनीप्रोट प्रोटीन के माध्यम से ब्राउज़ करते समय, आप उन्हें बचाने के लिए 'टोकरी' का उपयोग कर सकते हैं, ताकि आप बाद में उन्हें खोजने या उनका विश्लेषण करने के लिए वापस आ सकें।<p><a href='/help/basket' target='_top'> अधिक। </a></p>

आइटम का चयन करें और यहां अपना संग्रह बनाने के लिए "टोकरी में जोड़ें" पर क्लिक करें
(अधिकतम 400 प्रविष्टियाँ)

नवीनतम SARS-CoV-2 कोरोनावायरस प्रोटीन प्रविष्टियों और रिसेप्टर्स के लिए नया UniProt पोर्टल, सामान्य UniProt रिलीज़ चक्र से स्वतंत्र अद्यतन।

आगामी परिवर्तन
वर्तमान में कोई बदलाव की योजना नहीं है

यूनीप्रोट रिलीज 2021_03
अव्यवस्थित होने का महत्व | आंतरिक रूप से अव्यवस्थित क्षेत्रों के लिए MobiDB-लाइट पूर्वानुमान | एडब्ल्यूएस ओपन डेटा और अमेजो के माध्यम से यूनिप्रोटकेबी।

यूनीप्रोट रिलीज 2021_02
मेरे दोस्त की थोड़ी सी मदद से | स्विसबायोपिक्स सबसेलुलर लोकेशन विज़ुअलाइज़ेशन | संयोजक साक्ष्य के लिए साक्ष्य कोड में परिवर्तन

यूनीप्रोट रिलीज 2021_01
(लगभग) उस CBASS के बारे में | VEuPathDB के लिए क्रॉस-रेफरेंस | humsavar.txt और संबंधित कीवर्ड में परिवर्तन | संदर्भ प्रोटिओम डाउनलो।

यूनीप्रोट रिलीज 2020_06
नई एंटीप्रोटोजोअल दवाओं के लिए जहर, सोने की खदानें | KO . के प्रति-संदर्भों को हटाना

शुरू करना

पाठ्य खोज
हमारी मूल टेक्स्ट खोज आपको उपलब्ध सभी संसाधनों को खोजने की अनुमति देती है

विस्फोट
अपने अनुक्रमों के बीच समानता के क्षेत्र खोजें

अनुक्रम संरेखण
क्लस्टल ओमेगा प्रोग्राम का उपयोग करके दो या दो से अधिक प्रोटीन अनुक्रम संरेखित करें

पुनर्प्राप्ति/आईडी मैपिंग
यूनीप्रोट आईडी के साथ बैच खोज करें या उन्हें किसी अन्य प्रकार की डेटाबेस आईडी में बदलें (या इसके विपरीत)

पेप्टाइड खोज
ऐसे अनुक्रम खोजें जो एक क्वेरी पेप्टाइड अनुक्रम से सटीक रूप से मेल खाते हों

यूनिप्रोट डेटा

आंकड़े
स्विस-प्रोटेक्ट और ट्रेमबीएल आँकड़े देखें

अपना डेटा सबमिट करें
अपने अनुक्रम, प्रकाशन और एनोटेशन अपडेट सबमिट करें

प्रोग्रामेटिक एक्सेस
REST, SPARQL और Java सेवाएं प्रदान करने वाले API का उपयोग करके UniProt डेटा को क्वेरी करें

प्रोटीन स्पॉटलाइट

एक अजीबोगरीब वास्तुकला

मनुष्य जिस अंतरिक्ष में विकसित होता है उसे भागों में विभाजित किया जाता है। यह जीवन को आसान बनाता है। प्रत्येक भाग एक निश्चित गतिविधि के लिए समर्पित है। हमारे पास रहने के लिए घर हैं, तैरने के लिए पूल हैं, मेलजोल के लिए रेस्तरां हैं, यात्रा करने के लिए ट्रेनें हैं, साथ चलने के लिए सड़कें हैं और काम करने के लिए कार्यालय हैं। कोशिकाओं को भी भागों में विभाजित किया जाता है, और इन्हें ऑर्गेनेल या कम्पार्टमेंट और हेलिप के रूप में जाना जाता है।


परिचय

इंटरैक्टिंग प्रोटीन के डेटाबेस (डीआईपी) का उद्देश्य प्रोटीन को एक एकल, आसानी से एक्सेस किए जाने वाले डेटाबेस में परस्पर क्रिया करने के बारे में प्रयोगात्मक ज्ञान के विविध निकाय को एकीकृत करना है। प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन के बारे में जैविक ज्ञान कई अलग-अलग वैज्ञानिक पत्रिकाओं और अभिलेखागार जैसे मेडलाइन (नेशनल लाइब्रेरी ऑफ मेडिसिन, एमडी, यूएसए) में निहित है। यद्यपि वैज्ञानिक समुदाय द्वारा प्रतिदिन साहित्य और अभिलेखागार का उपयोग किया जाता है, ऐसे स्रोतों से विशेष डेटा प्राप्त करने के लिए डीआईपी की तुलना में अधिक प्रयास की आवश्यकता होती है, जो कई अवलोकनों और प्रयोगात्मक तकनीकों से जानकारी को जोड़ती है और साथ ही प्रोटीन के परस्पर क्रिया के नेटवर्क के बारे में जानकारी प्रदान करती है।

डीआईपी का प्राथमिक लक्ष्य प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन के बारे में जानकारी के धन को उपयोगकर्ता के अनुकूल वातावरण में निकालना और एकीकृत करना है। हालांकि जीव-विशिष्ट डेटाबेस जैसे YPD (1) खमीर के लिए, EcoCyc (2) for इशरीकिया कोली, और फ्लाईनेट के लिए ड्रोसोफिला (3) अक्सर प्रोटीन पाथवे और प्रोटीन कॉम्प्लेक्स के बारे में जानकारी होती है जैसे कि केईजीजी (4) और सीएनएसबी (5) जैसे पाथवे डेटाबेस, डीआईपी को मौजूदा डेटाबेस के पूरक के लिए बनाया गया था और वैज्ञानिकों को विस्तार करने की अनुमति देने वाले कई जीवों से प्रोटीन को शामिल करने के लिए बनाया गया था। एक जीव में प्रोटीन-प्रोटीन अन्योन्यक्रियाओं के प्रेक्षणों को अन्य जीवों के प्रेक्षणों के साथ पूरक करना।


पैंथर 5.0 . के लिए सांख्यिकी

PANTHER/LIB (प्रोटीन परिवार और उपपरिवार HMMs का पुस्तकालय), संस्करण 5.0 में 256 413 प्रशिक्षण अनुक्रम शामिल हैं, जिन्हें 6683 परिवारों में बांटा गया है। इन परिवारों को फिर 31 705 उप-परिवारों में विभाजित किया गया।

पैंथर एचएमएम का उपयोग मानव, माउस, चूहे और में एनोटेट किए गए प्रोटीन-कोडिंग जीन को एनोटेट करने के लिए किया गया है। ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर जीनोम। इन जीनों के अंश जिन्हें PANTHER 5.0 द्वारा कार्यात्मक एनोटेशन दिया गया था, उन्हें तालिका 1 में दिखाया गया है।

पैंथर एचएमएम का उपयोग करके वर्गीकृत प्रत्येक जीव से जीन की संख्या

जीनोम। जीन की संख्या। पैंथर एचएमएम हिट वाले जीनों की संख्या। एमएफ एसोसिएशन के साथ जीन की संख्या। बीपी एसोसिएशन वाले जीनों की संख्या।
लोकसलिंक मानव 16 232 14 533 (89.5%) 10 453 (64.4%) 10 410 (64.1%)
LocusLink माउस 15 020 13 147 (87.5%) 10 012 (66.7%) 9933 (66.1%)
LocusLink चूहा 4516 4391 (97.2%) 3967 (87.8%) 3969 (87.9%)
फ्लाईबेस डी.मेलानोगास्टर13 654 9325 (68.3%) 6253 (45.8%) 5719 (41.9%)
जीनोम। जीन की संख्या। पैंथर एचएमएम हिट वाले जीनों की संख्या। एमएफ एसोसिएशन के साथ जीन की संख्या। बीपी एसोसिएशन वाले जीनों की संख्या।
लोकसलिंक मानव 16 232 14 533 (89.5%) 10 453 (64.4%) 10 410 (64.1%)
LocusLink माउस 15 020 13 147 (87.5%) 10 012 (66.7%) 9933 (66.1%)
LocusLink चूहा 4516 4391 (97.2%) 3967 (87.8%) 3969 (87.9%)
फ्लाईबेस डी.मेलानोगास्टर13 654 9325 (68.3%) 6253 (45.8%) 5719 (41.9%)

इन वर्गीकरणों को पैंथर वेबसाइट पर खोजा जा सकता है। LocusLink के लिए, केवल कम से कम एक समीक्षा की गई RefSeq ('एनपी' से शुरू होने वाली परिग्रहण संख्या) से जुड़े जीनों पर विचार किया गया था। पैंथर एचएमएम को हिट करने वाले जीन एन्कोडिंग प्रोटीन को एक परिवार या उपपरिवार में वर्गीकृत किया जा सकता है, और इनमें से अधिकांश लेकिन ये सभी सार्थक आणविक कार्य (एमएफ) या जैविक प्रक्रिया (बीपी) वर्गीकरण से जुड़े नहीं हैं।

पैंथर एचएमएम का उपयोग करके वर्गीकृत प्रत्येक जीव से जीन की संख्या

जीनोम। जीन की संख्या। पैंथर एचएमएम हिट वाले जीनों की संख्या। एमएफ एसोसिएशन के साथ जीन की संख्या। बीपी एसोसिएशन वाले जीनों की संख्या।
लोकसलिंक मानव 16 232 14 533 (89.5%) 10 453 (64.4%) 10 410 (64.1%)
LocusLink माउस 15 020 13 147 (87.5%) 10 012 (66.7%) 9933 (66.1%)
LocusLink चूहा 4516 4391 (97.2%) 3967 (87.8%) 3969 (87.9%)
फ्लाईबेस डी.मेलानोगास्टर13 654 9325 (68.3%) 6253 (45.8%) 5719 (41.9%)
जीनोम। जीन की संख्या। पैंथर एचएमएम हिट वाले जीनों की संख्या। एमएफ एसोसिएशन के साथ जीन की संख्या। बीपी एसोसिएशन वाले जीनों की संख्या।
लोकसलिंक मानव 16 232 14 533 (89.5%) 10 453 (64.4%) 10 410 (64.1%)
LocusLink माउस 15 020 13 147 (87.5%) 10 012 (66.7%) 9933 (66.1%)
LocusLink चूहा 4516 4391 (97.2%) 3967 (87.8%) 3969 (87.9%)
फ्लाईबेस डी.मेलानोगास्टर13 654 9325 (68.3%) 6253 (45.8%) 5719 (41.9%)

इन वर्गीकरणों को पैंथर वेबसाइट पर खोजा जा सकता है। LocusLink के लिए, केवल कम से कम एक समीक्षा किए गए RefSeq ('एनपी' से शुरू होने वाली परिग्रहण संख्या) से जुड़े जीनों पर विचार किया गया था। पैंथर एचएमएम को हिट करने वाले जीन एन्कोडिंग प्रोटीन को एक परिवार या उपपरिवार में वर्गीकृत किया जा सकता है, और इनमें से अधिकांश लेकिन ये सभी सार्थक आणविक कार्य (एमएफ) या जैविक प्रक्रिया (बीपी) वर्गीकरण से जुड़े नहीं हैं।


पाथवे कॉमन्स खोजें:

  • 25 अगस्त 2015:
    • यह पोर्टल अद्यतन नहीं किया गया है अक्टूबर 2011 से। कृपया नई PC2 वेब सेवाओं का उपयोग करें।
    • यह पोर्टल अपडेट नहीं किया जाएगा भविष्य में और हम 2013 के मध्य में अपेक्षित रिलीज के लिए एक प्रतिस्थापन पाथवे कॉमन्स सेवा पर काम कर रहे हैं।
    • हम आपको नई सेवा का परीक्षण करने और उसके जारी होने के बाद उस पर स्विच करने के लिए प्रोत्साहित करते हैं।
    • कृपया हमें प्रश्न और प्रतिक्रिया भेजें।
    • बायोग्रिड डेटा सेट (सितंबर 25, 2011 संस्करण 3.1.81)।
    • IntAct डेटा सेट (सितंबर २९, २०११ संस्करण ३.१.१७२८८)।
    • नेचर पाथवे इंटरेक्शन डेटा सेट (अक्टूबर 12, 2011)।
    • प्रतिक्रियात्मक डेटा सेट (सितंबर 20, 2011 संस्करण 38)।
    • बायोग्रिड डेटा सेट (1 मई, 2011 संस्करण 3.1.76)।
    • HumanCyc डेटा सेट (8 जून, 2011 संस्करण 15.1)।
    • नेचर पाथवे इंटरेक्शन डेटा सेट (14 जून, 2011)।
    • प्रतिक्रियात्मक डेटा सेट (मार्च १५, २०११ संस्करण ३६)।
    • इंटएक्ट डेटा सेट (फरवरी 3, 2011 संस्करण 138)।
    • मेटासाइक को ऑर्गैज़्म जेनरिक पाथवे के कारण हटा दिया गया - जब ये पाथवे पाथवे कॉमन्स में समर्थित होंगे तो वापस लाया जाएगा।
    • पाइपलाइन और बैच डाउनलोड निर्यातक आयात करने के लिए बग फिक्स।
    • जोड़ा गया MetaCyc डेटा सेट (7 दिसंबर, 2010 संस्करण 14.6)।
    • बायोग्रिड डेटा सेट (दिसंबर 15, 2010 संस्करण 3.1.72)।
    • HumanCyc डेटा सेट (7 अक्टूबर, 2010 संस्करण 14.6)।
    • इंटएक्ट डेटा सेट (दिसंबर 15, 2010)।
    • टकसाल डेटा सेट (21 दिसंबर, 2010)।
    • नेचर पीआईडी ​​(16 सितंबर, 2010)।
    • प्रतिक्रियात्मक डेटा सेट (दिसंबर 17, 2010 संस्करण 35)।
    • बायोग्रिड डेटा सेट (31 जुलाई, 2010 वेल्सियन 30.0.67)।
    • एचपीआरडी डेटा सेट (अप्रैल 13, 2010 संस्करण 9)।
    • HumanCyc डेटा सेट (16 जून, 2010 संस्करण 14.1)।
    • इंटएक्ट डेटा सेट (8 अगस्त, 2010)।
    • मिंट डेटा सेट (जुलाई 28, 2010)।
    • NCI/नेचर पाथवे इंटरेक्शन डेटाबेस (10 अगस्त, 2010)।
    • प्रतिक्रियात्मक डेटा सेट (जून 18, 2010 संस्करण 33)।
    • बेहतर खोज कार्यक्षमता।
      सभी पाथवे कॉमन्स डेटा का एकाधिक फ़ाइल स्वरूपों में डेटा अब उपलब्ध है।
  • सिस्टम्स बायोलॉजी सेंटर न्यूयॉर्क - IMID डेटा सेट (दिसंबर 17, 2008 संस्करण 27)।
  • नवीनतम रिएक्टोम डेटा सेट (24 जून, 2009 संस्करण 29)।
  • नवीनतम HumanCyc डेटा सेट (22 जून, 2009 संस्करण 13.1)।
  • सभी यीस्ट प्रोटीन को अब UniProt कार्यात्मक एनोटेशन के साथ एनोटेट किया गया है।
  • पाथवे कॉमन्स का उपयोग करना:

    जीवविज्ञानी: कई मूल्यवान सार्वजनिक पाथवे डेटाबेस में पथ ब्राउज़ करें और खोजें।

    कम्प्यूटेशनल जीवविज्ञानी: वैश्विक विश्लेषण के लिए बायोपैक्स प्रारूप में पथों का एक एकीकृत सेट डाउनलोड करें।

    सॉफ्टवेयर डेवलपर्स: हमारी वेब सेवा एपीआई का उपयोग करके पाथवे कॉमन्स के शीर्ष पर सॉफ्टवेयर बनाएं। स्थानीय दर्पण बनाने के लिए cPath सॉफ़्टवेयर डाउनलोड और इंस्टॉल करें।

    वर्तमान डेटा स्रोत:

    पाथवे कॉमन्स त्वरित आँकड़े:
    रास्तों की संख्या: 1,668
    बातचीत की संख्या: 442,182
    भौतिक संस्थाओं की संख्या: 86,282
    जीवों की संख्या: 414

    निकट भविष्य में अतिरिक्त डेटा स्रोतों के एकीकरण की योजना है। इंटरैक्शन और पाथवे डेटाबेस की विस्तृत निर्देशिका के लिए, कृपया पाथगाइड देखें।

    पाथवे कॉमन्स का हवाला देते हुए:

    पाथवे कॉमन्स प्रोजेक्ट का हवाला देते हुए: सेरामी एट अल। पाथवे कॉमन्स, जैविक पाथवे डेटा के लिए एक वेब संसाधन। नाभिक। एसिड रेस। (2010) डीओआई: 10.1093/नार/जीकेक्यू1039

    cPath सॉफ़्टवेयर का हवाला देने के लिए: सेरामी एट अल। cPath: जैविक पथों को एकत्रित करने, संग्रहीत करने और क्वेरी करने के लिए खुला स्रोत सॉफ़्टवेयर। बीएमसी जैव सूचना विज्ञान। (२००६) डोई:१०.११८६/१४७१-२१०५-७-४९७


    सेल सिग्नलिंग और वर्चुअल जर्नल का डेटाबेस

    जून 2015 में, वर्चुअल जर्नल को के हिस्से के रूप में बंद कर दिया गया था विज्ञान संकेतन. प्रकाशन के ६-१२ महीने बाद या तो खुली पहुंच के माध्यम से या बिना शुल्क के कई लेखों की उपलब्धता के साथ, इस सुविधा का मूल्य कम हो गया था। अधिक जानकारी के लिए कृपया वर्चुअल जर्नल सहायता पृष्ठ देखें।

    सेल सिग्नलिंग का डेटाबेस संग्रहीत 2015

    जून 2015 में, साइंस सिग्नलिंग ने ग्राफिकल इंटरफ़ेस को सेल सिग्नलिंग के डेटाबेस में संग्रहीत किया। यद्यपि डेटाबेस विहित पथों की खोज में रुचि रखने वाले नौसिखियों के लिए उपयोगी है, लेकिन नेटवर्क का दायरा और सेलुलर सिग्नलिंग मार्ग में शामिल नियामक घटनाओं की जटिलता ने डेटाबेस की वास्तुकला को पीछे छोड़ दिया है। AAAS ने वैज्ञानिक संचार के अन्य क्षेत्रों में प्रयासों पर ध्यान केंद्रित करने का निर्णय लिया और डेटाबेस या डेटा एंट्री सॉफ़्टवेयर में डेटा का पुनर्विकास या अद्यतन नहीं कर रहा है। हालांकि, डेटा में रुचि रखने वाले पाठकों के लिए जो नवीनतम अपडेट के रूप में उपलब्ध था, डेटाबेस में डेटा की एक्सएमएल फाइलें अब अकादमिक उपयोगकर्ताओं के लिए किसी विशेष लाइसेंसिंग प्रतिबंध के बिना उपलब्ध हैं। अकादमिक उपयोगकर्ता अकादमिक या सार्वजनिक या सरकारी अनुसंधान संस्थानों में गैर-व्यावसायिक अनुसंधान और विकास करने वाले व्यक्ति हैं। ये फाइलें सिस्टम बायोलॉजी मार्कअप लैंग्वेज (एसएमबीएल) लेवल 2 वर्जन 1 में उपलब्ध हैं।

    ध्यान दें कि पथ एक्सएमएल फाइलों में एक त्रुटि थी (एक विशेषता खाली थी जो एक्सएमएल में मौजूद नहीं होनी चाहिए थी)। फ़ाइलों का एक अद्यतन संस्करण १३ नवंबर २०१५ तक उपलब्ध कराया गया है:

    डेटाबेस के गैर-शैक्षणिक उपयोग से संबंधित प्रश्नों सहित, [email protected] पर निर्देशित किया जा सकता है।

    डेटाबेस संरचना का अवलोकन

    डेटा को " कैनोनिकल पाथवे" में व्यवस्थित किया जाता है, आदर्श या सामान्यीकृत पथ जो एक विशेष सिग्नलिंग मॉड्यूल या मार्ग के सामान्य गुणों का प्रतिनिधित्व करते हैं, और "विशिष्ट पथ," उदाहरण जिसमें घटकों को एक विशेष जीव, ऊतक, या सेल प्रकार में एक साथ कार्य करने के लिए जाना जाता है। पाथवे अथॉरिटीज ने डेटाबेस में विहित और विशिष्ट घटकों को दर्ज किया और फिर इन घटकों को पाथवे में शामिल किया। प्रत्येक घटक में जानकारी का एक न्यूनतम सेट होता है जो किसी भी मार्ग से स्वतंत्र होता है जिसमें वह दिखाई देता है। यह "पथ-स्वतंत्र" घटक जानकारी है और &ldquoघटकों&rdquo XML फ़ाइल में पाई जाती है। एक बार घटकों को पाथवे में रखने के बाद, वे अतिरिक्त "पाथवे-निर्भर" घटक जानकारी प्राप्त करते हैं, जो कि &ldquopathways&rdquo XML फ़ाइलों में मिली जानकारी का हिस्सा है। प्रत्येक पाथवे की एक विशिष्ट पहचानकर्ता और अपनी स्वयं की XML फ़ाइल होती है। केवल विशिष्ट घटक ही विशिष्ट पथों में भाग ले सकते हैं और केवल विहित घटक ही विहित पथों में भाग ले सकते हैं। प्रत्येक विशिष्ट घटक में एक विहित घटक "पैरेंट" होता है। डेटा में विभिन्न तत्व नियंत्रित शब्दावली से प्राप्त होते हैं और नियंत्रित शब्दावली में प्रत्येक आइटम में एक विशिष्ट पहचानकर्ता होता है जिसका उपयोग घटक XML और पाथवे XML फ़ाइलों में किया जाता है। नियंत्रित शब्दावली के बारे में जानकारी &ldquovocabularies&rdquo XML फ़ाइल में है। &ldquousers&rdquo XML फ़ाइल उन योगदानकर्ताओं और संपादकों और डेवलपर्स की एक सूची है, जिन्होंने डेटाबेस में डेटा अपडेट किया है और इन्हें घटकों और पाथवे XML फ़ाइलों में संदर्भित किया गया है।


    ExoCarta में मौजूद 64% एक्सोसोमल अध्ययनों ने रेट ज़ोनल सेंट्रीफ्यूजेशन किया है

    एक्सोसोम एंडोसाइटिक मूल के 30-150 एनएम झिल्ली पुटिका हैं जो अधिकांश सेल प्रकारों द्वारा स्रावित होते हैं कृत्रिम परिवेशीय. एक्सोकार्टा, एक एक्सोसोम डेटाबेस, उन सामग्रियों को प्रदान करता है जिन्हें कई जीवों में एक्सोसोम में पहचाना गया था।


    FunRich, एक ओपन एक्सेस स्टैंडअलोन टूल का उपयोग करके अपने बाह्य कोशिकीय डेटा सेट का जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण करें। FunRich का नया अद्यतन संस्करण डाउनलोड के लिए उपलब्ध है (12/09/2016) . से यहां


    Vesiclepedia - बाह्य पुटिकाओं पर संग्रह

    बाह्य कोशिकीय शोधकर्ताओं के लिए रुचि के बाहरी लिंक

    ExoCarta में योगदान देना चाहते हैं?

    हम एक्सोकार्टा को नए एक्सोसोम अध्ययनों से अपडेट रखेंगे। हम निम्नलिखित में से किसी भी तरीके से वैज्ञानिक समुदाय की भागीदारी करना पसंद करेंगे।

    />अप्रकाशित एक्सोसोम प्रोटिओम/आरएनए/लिपिड डेटासेट भेजें (इसे प्रकाशित होने तक निजी बनाया जा सकता है)
    />एक एक्सोसोम प्रकाशन को इंगित करें जिसे हमने याद किया

    अपना एक्सोसोम डेटा अपलोड करने के लिए हमसे संपर्क करें या अगर हमने कोई प्रकाशित एक्सोसोम अध्ययन नहीं जोड़ा है तो हमें बताएं।

    कीर्तिकुमार, एस., चिसंगा, डी., अरियारत्ने, डी., अल सफ़र, एच., आनंद, एस., झाओ, के., सैमुअल, एम., पठान, एम., जोइस, एम., चिलमकुर्ती, एन. , गंगोडा, एल. और मथिवानन, एस. एक्सोकार्टा: एक्सोसोमल कार्गो का एक वेब-आधारित संग्रह। जर्नल ऑफ मॉलिक्यूलर बायोलॉजी। 2015. पबमेड

    सिम्पसन, आरजे, कालरा, एच। और मथिवानन, एस। एक्सोकार्टा एक्सोसोमल रिसर्च के लिए एक संसाधन के रूप में एक्स्ट्रासेलुलर वेसिकल्स का जर्नल. 2012. पबमेड

    मथिवानन, एस. फ़ाहनेर, सी.जे., रीड, जी.ई., और सिम्पसन, आर.जे. एक्सोकार्टा 2012: एक्सोसोमल प्रोटीन, आरएनए और लिपिड का डेटाबेस। न्यूक्लिक एसिड अनुसंधान. 2012. पबमेड

    मथिवनन, एस. और सिम्पसन, आर.जे. एक्सोकार्टा: एक्सोसोमल प्रोटीन और आरएनए का एक संग्रह। प्रोटिओमिक्स. 2009. 21, 4997-5000। PubMed

    1. सिम्पसन आरजे और मथिवानन एस. एक्स्ट्रासेल्युलर माइक्रोवेसिकल्स: अंतरराष्ट्रीय स्तर पर मान्यता प्राप्त नामकरण और कड़े शुद्धिकरण मानदंड की आवश्यकता जे प्रोटिओमिक्स बायोइनफॉर्म. 2012. पबमेड

    2. थेरी सी, ओस्ट्रोवस्की एम, सेगुरा ई। प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के वाहक के रूप में झिल्ली पुटिका. नेट रेव इम्यूनोलो. 2009. 8, 581-93। PubMed

    3. केलर एस, सैंडर्सन एमपी, स्टोएक ए, अल्टेवोग्ट पी। एक्सोसोम: जैवजनन और स्राव से जैविक क्रिया तक. इम्यूनोल लेट. 2006. 2, 102-8। PubMed

    4. सिम्पसन आरजे, लिम जेडब्ल्यू, मोरित्ज़ आरएल, मथिवानन एस। एक्सोसोम: प्रोटिओमिक अंतर्दृष्टि और नैदानिक ​​​​क्षमता। विशेषज्ञ रेव प्रोटिओमिक्स. 2009. 3, 267-83। PubMed

    5. रिकॉर्ड एम, सुब्रा सी, सिल्वेंट-पोयरोट एस, पोयरोट एम। इंटरसेलुलर सिग्नलोसोम और फार्माकोलॉजिकल इफेक्टर्स के रूप में एक्सोसोम. बायोकेम फार्माकोल. 2011.10, 1171-82। PubMed

    6. कोकुची ई, रैकेटी जी, मेल्डोलेसी जे। माइक्रोवेसिकल्स को बहा देना: कलाकृतियाँ अब और नहीं. रुझान सेल बायोल. 2009. 2, 43-51। PubMed

    7. शौरी जेएस, भटनागर एस. एक्सोसोम फ़ंक्शन: ट्यूमर इम्यूनोलॉजी से रोगज़नक़ जीव विज्ञान तक. यातायात. 2008. 6, 871-81। PubMed

    8. मथिवनन एस, जी एच, सिम्पसन आरजे। एक्सोसोम: अंतरकोशिकीय संचार में महत्वपूर्ण बाह्य कोशिकांग. जर्नल ऑफ़ प्रोटिओमिक्स. 2010. पबमेड

    9. वैन नील जी, पोर्टो-कैरेरो आई, सिमोस एस, रापोसो जी। एक्सोसोम: एक विशेष कार्य के लिए एक सामान्य मार्ग. जे बायोकेम. 2006. 1, 13-21। PubMed

    10. जॉनस्टोन आरएम। एक्सोसोम जैविक महत्व: एक संक्षिप्त समीक्षा. रक्त कोशिकाएं मोल डिस. २००६. २, ३१५-२१. PubMed


    कैंसर शोधकर्ता जैविक मार्गों के बारे में उत्साहित क्यों हैं?

    कुछ समय पहले तक, कई शोधकर्ताओं ने आशा व्यक्त की थी कि कैंसर के अधिकांश रूप एकल आनुवंशिक उत्परिवर्तन द्वारा संचालित होते हैं और उन विशिष्ट उत्परिवर्तन को लक्षित करने वाली दवाओं द्वारा इलाज किया जा सकता है। उस आशा में से अधिकांश इमैटिनिब (ग्लीवेक) की सफलता पर आधारित थी, एक दवा जिसे विशेष रूप से क्रोनिक मायलोइड ल्यूकेमिया (सीएमएल) नामक रक्त कैंसर के इलाज के लिए डिज़ाइन किया गया था। सीएमएल एक एकल आनुवंशिक गड़बड़ी के कारण होता है जो एक दोषपूर्ण प्रोटीन के उत्पादन की ओर जाता है जो अनियंत्रित कोशिका वृद्धि को बढ़ावा देता है। ग्लीवेक उस प्रोटीन को बांधता है, इसकी गतिविधि को रोकता है और कई सीएमएल रोगियों में नाटकीय परिणाम उत्पन्न करता है।

    दुर्भाग्य से, अधिकांश अन्य प्रकार के कैंसर के लिए एक-लक्षित, एक-दवा दृष्टिकोण नहीं रहा है। कैंसर कोशिकाओं के जीनोम को समझने वाली हालिया परियोजनाओं में विभिन्न आनुवंशिक उत्परिवर्तन की एक सरणी मिली है जो विभिन्न रोगियों में एक ही कैंसर का कारण बन सकती है।

    इस प्रकार, एक अच्छी तरह से परिभाषित आनुवंशिक दुश्मन पर हमला करने के तरीकों की खोज करने के बजाय, शोधकर्ताओं को अब कई दुश्मनों से लड़ने की संभावना का सामना करना पड़ता है।

    सौभाग्य से, इस जटिल दृश्य को यह देखकर सरल बनाया जा सकता है कि आनुवंशिक उत्परिवर्तन द्वारा कौन से जैविक मार्ग बाधित होते हैं। जैविक पथों और विशेष ट्यूमर के अनुवांशिक प्रोफाइल पर आगे के शोध के साथ, दवा डेवलपर्स अपना ध्यान केवल दो या तीन मार्गों पर केंद्रित करने में सक्षम हो सकते हैं। मरीजों को तब एक या दो दवाएं प्राप्त हो सकती हैं जो उनके विशेष ट्यूमर में प्रभावित मार्गों की मरम्मत के लिए सबसे अधिक संभावना है।

    कुछ समय पहले तक, कई शोधकर्ताओं ने आशा व्यक्त की थी कि कैंसर के अधिकांश रूप एकल आनुवंशिक उत्परिवर्तन द्वारा संचालित होते हैं और उन विशिष्ट उत्परिवर्तन को लक्षित करने वाली दवाओं द्वारा इलाज किया जा सकता है। उस आशा में से अधिकांश इमैटिनिब (ग्लीवेक) की सफलता पर आधारित थी, एक दवा जिसे विशेष रूप से क्रोनिक मायलोइड ल्यूकेमिया (सीएमएल) नामक रक्त कैंसर के इलाज के लिए डिज़ाइन किया गया था। सीएमएल एक एकल आनुवंशिक गड़बड़ी के कारण होता है जो एक दोषपूर्ण प्रोटीन के उत्पादन की ओर जाता है जो अनियंत्रित कोशिका वृद्धि को बढ़ावा देता है। ग्लीवेक उस प्रोटीन को बांधता है, इसकी गतिविधि को रोकता है और कई सीएमएल रोगियों में नाटकीय परिणाम उत्पन्न करता है।

    दुर्भाग्य से, अधिकांश अन्य प्रकार के कैंसर के लिए एक-लक्षित, एक-दवा दृष्टिकोण का समर्थन नहीं किया गया है। कैंसर कोशिकाओं के जीनोम को समझने वाली हालिया परियोजनाओं में विभिन्न आनुवंशिक उत्परिवर्तन की एक सरणी मिली है जो विभिन्न रोगियों में एक ही कैंसर का कारण बन सकती है।

    इस प्रकार, एक अच्छी तरह से परिभाषित आनुवंशिक दुश्मन पर हमला करने के तरीकों की खोज करने के बजाय, शोधकर्ताओं को अब कई दुश्मनों से लड़ने की संभावना का सामना करना पड़ता है।

    सौभाग्य से, इस जटिल दृश्य को यह देखकर सरल बनाया जा सकता है कि आनुवंशिक उत्परिवर्तन द्वारा कौन से जैविक मार्ग बाधित होते हैं। जैविक पथों और विशेष ट्यूमर के अनुवांशिक प्रोफाइल पर आगे के शोध के साथ, दवा डेवलपर्स अपना ध्यान केवल दो या तीन मार्गों पर केंद्रित करने में सक्षम हो सकते हैं। मरीजों को तब एक या दो दवाएं प्राप्त हो सकती हैं जो उनके विशेष ट्यूमर में प्रभावित मार्गों की मरम्मत के लिए सबसे अधिक संभावना है।


    सिग्नलिंग रास्ते

    बड़ी संख्या में जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल से नियामक नेटवर्क के ढांचे का अनुमान लगाएं।

    इंटरैक्टिव सेल सिग्नलिंग नेटवर्क का एक वेब-आधारित दर्शक।

    जानें कि विभिन्न सेलुलर मार्गों में प्रोटीन कैसे शामिल होता है।

    जैव-आणविक संपर्क, जटिल और मार्ग संबंधी जानकारी प्राप्त करें।

    क्लासिक मेटाबॉलिक और सिग्नल ट्रांसडक्शन पाथवे मैप्स के डायनेमिक मैप्स का व्यापक संग्रह खोजें।

    प्रमुख मॉडल जीव प्रजातियों से प्रोटीन और आनुवंशिक बातचीत के संग्रह को घर और वितरित करने के लिए विकसित किया गया।

    विभिन्न प्रकार के जैविक नेटवर्क का निर्माण, पुनः प्राप्त, विश्लेषण और कल्पना करना।

    एक जैविक संसाधन जो मानव और खमीर कोशिका चक्र प्रक्रियाओं में शामिल जीन और प्रोटीन से संबंधित सबसे प्रासंगिक जानकारी एकत्र करता है।

    सामान्य और रोगात्मक अवस्थाओं में स्तनधारियों में कोशिका चक्र नियमन के बारे में जानकारी खोजें

    आणविक नेटवर्क मॉडल के बारे में जानकारी के लिए खोजें।

    बड़ी संख्या में सेल-चक्र माइक्रोएरे अध्ययनों से डेटा युक्त एक केंद्रीकृत डेटाबेस खोजें।

    व्यापक जीन एनोटेशन, अभिव्यक्ति डेटा विश्लेषण, जैविक मार्ग मानचित्रण, और अन्य कार्यात्मक जीनोमिक्स कार्यों का संचालन करें।

    उच्च-थ्रूपुट जीन कार्यात्मक विश्लेषण की सुविधा के लिए विषम जीन एनोटेशन संसाधनों को एकीकृत करने वाला एक जीन-केंद्रित डेटाबेस।

    रोगजनकों और पर्यावरणीय परिवर्तनों की प्रतिक्रिया में पादप जीन अभिव्यक्ति की जानकारी के लिए खोजें।

    अंतरकोशिकीय नियामक संचार के बारे में जानकारी के लिए खोजें।

    जैविक पथों के संदर्भ में जीन अभिव्यक्ति डेटा की कल्पना और विश्लेषण करें।

    जीन नेटवर्क पर जानकारी के लिए खोजें, जैसे चयापचय पथ और सिग्नल ट्रांसडक्शन पथ।

    उत्परिवर्ती-आधारित प्रयोगों का विश्लेषण करें और आनुवंशिक नेटवर्क को संश्लेषित करें।

    रुचि के जीन सेट में miRNAs के प्रमाण प्राप्त करें।

    बड़े जैविक नेटवर्क का विश्लेषण करें।

    कार्यात्मक महत्व के साथ जीन मॉड्यूल के लिए खनन विषम जैविक नेटवर्क।

    मानव प्लाज्मा झिल्ली ग्राही पर व्यापक जानकारी के लिए खोजें।

    आणविक आनुवंशिक डेटा को आनुवंशिक नेटवर्क के मॉडल में संश्लेषित करें।

    प्रोटीन इंटरैक्शन खोजें और उनका विश्लेषण करें।

    जैविक प्रणालियों और कार्यों के लिए जीनोमिक और आणविक डेटा को मैप करें।

    मेटाबॉलिज्म, सिग्नल ट्रांसडक्शन, जीन रेगुलेशन और सेलुलर प्रक्रियाओं पर पाथवे मैप्स का एक संग्रह खोजें।

    KEGG ऑर्थोलॉजी शब्दों के साथ न्यूक्लियोटाइड या प्रोटीन अनुक्रमों के एक सेट की व्याख्या करें और पूछे गए अनुक्रमों के बीच अक्सर होने वाले या सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण रूप से समृद्ध पथों की पहचान करें।

    पबमेड में जीन और सिग्नल ट्रांसडक्शन पाथवे के बारे में जानकारी प्राप्त करें।

    459 पूर्ण जीवाणु और पुरातन जीवों से संकेत पारगमन प्रोटीन के बारे में जानकारी के लिए खोजें।

    मानव आणविक संकेतन और नियामक घटनाओं और प्रमुख सेलुलर प्रक्रियाओं से बना क्यूरेटेड और पीयर-रिव्यू पाथवे का एक संग्रह।

    सिग्नल ट्रांसडक्शन नेटवर्क के संयुक्त संश्लेषण, अनुमान और सरलीकरण के लिए एक सॉफ्टवेयर।

    जैविक नेटवर्क, समूहों, वर्गों और रास्तों के विश्लेषण के लिए एक टूलबॉक्स।

    टू-कंपोनेंट सिस्टम (TCS) सिग्नल ट्रांसडक्शन प्रोटीन के बारे में जानकारी प्राप्त करें।

    प्रोटीन को उनके जैविक कार्यों के आधार पर ब्राउज़ करें और खोजें।

    रुचि के किसी भी प्रोटीन के फॉस्फोराइलेशन डेटा की खोज करें।

    इस व्यापक संसाधन सूची से जैविक पथ अध्ययन के लिए प्रासंगिक डेटाबेस और उपकरणों की खोज करें।

    पादप रोगजनन के दौरान पादप-रोगजनक अंतःक्रियाओं, संकेत पारगमन, और माइक्रोएरे जीन अभिव्यक्ति के बारे में जानकारी के लिए खोजें।

    विशिष्ट किनेसेस के लिए उपन्यास सबस्ट्रेट्स को उजागर करें।

    मानव और माउस प्रोटीन के विवो फॉस्फोराइलेशन साइटों के डेटाबेस में खोजें

    सामान्य जीन नियामक और चयापचय नेटवर्क के लिए प्रोकैरियोटिक जीन और संबंधित प्रोटीन के मानचित्रण के लिए आवेदन।

    H.sapiens, E.coli और S.cerevisiae में डीएनए मरम्मत पथ के बारे में जानकारी प्राप्त करें।

    मानव जीव विज्ञान में मुख्य मार्गों और प्रतिक्रियाओं के एक क्यूरेटेड संसाधन से व्यापक जैविक मार्ग की जानकारी प्राप्त करें।

    नियामक नेटवर्क के सिलिको विश्लेषण के लिए उपयोग करें।

    मनुष्यों में प्रोटीन कीनेज-सब्सट्रेट फास्फारिलीकरण नेटवर्क के बारे में जानकारी प्राप्त करें।

    मेटाबोलामिक्स, ट्रांसक्रिपटॉमिक्स, प्रोटिओमिक्स और सिस्टम बायोलॉजी में पाथवे एलुसिडेशन और पाथवे डिस्कवरी के बारे में जानकारी प्राप्त करें।

    यूकेरियोटिक कोशिकाओं में सिग्नल ट्रांसडक्शन के वर्गीकरण के बारे में जानकारी के लिए खोजें।

    प्रोटीन के भीतर रूपांकनों की खोज करें जो विशिष्ट प्रोटीन किनेसेस द्वारा फॉस्फोराइलेट किए जाने की संभावना है या SH2 डोमेन, 14-3-3 डोमेन या PDZ डोमेन जैसे डोमेन से बंधे हैं।

    सेल सिग्नलिंग पर केंद्रित दृष्टिकोण, समीक्षा, प्रोटोकॉल और जर्नल लेख खोजें।

    जीन नियामक नेटवर्क का विश्लेषण और कल्पना करें जो सिग्नल ट्रांसडक्शन पाथवे पर विश्वकोश संबंधी जानकारी को जोड़ती है।

    सेलुलर सिग्नलिंग में शामिल 3800 से अधिक स्तनधारी प्रोटीन पर आवश्यक जानकारी प्रदान करता है।

    पाथवे विज़ुअलाइज़ेशन, संपादन, भविष्यवाणी और निर्माण के लिए उपकरण।

    जीन सेट में संभावित जीन अंतःक्रियाओं के बारे में जानकारी प्राप्त करें।

    Wnt प्रोटीन और Wnt सिग्नलिंग पाथवे पर व्यापक जानकारी के लिए खोजें।

    स्वास्थ्य विज्ञान पुस्तकालय प्रणाली पिट्सबर्ग विश्वविद्यालय में स्वास्थ्य विज्ञान का समर्थन करती है।

    &प्रतिलिपि 1996 - 2014 स्वास्थ्य विज्ञान पुस्तकालय प्रणाली, पिट्सबर्ग विश्वविद्यालय। सर्वाधिकार सुरक्षित।
    वेबमास्टर से संपर्क करें


    प्रोटीन पाथवे, सुपरफैमिली, फंक्शन डेटाबेस/वेबसाइट? - जीव विज्ञान

    संरेखण और पेड़

    खंड और अवशेष अनुकूलित अनुक्रम संरेखण और फ़ाइलोजेनेटिक पेड़।

    संरचना निर्धारण संसाधन

    डिजाइन उपकरण का निर्माण और थर्मोस्टैबिलाइजिंग म्यूटेशन का सुझाव दिया।

    संरचना ब्राउज़र और आँकड़े

    वर्तमान में उपलब्ध GPCR संरचनाओं और शोधन के लिए विस्तृत ब्राउज़र।

    गृहविज्ञान मॉडल

    संपूर्ण GPCRome के लिए एकाधिक टेम्पलेट समरूपता मॉडल।

    अवशेष भूखंड

    जीपीसीआर, जी-प्रोटीन और बी-गिरफ्तारी के लिए अनुकूलन योग्य हेलिक्स और सांप प्लॉट।

    GPCRdb में G प्रोटीन-युग्मित रिसेप्टर्स (GPCRs) के लिए संदर्भ डेटा, इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन और प्रयोग डिज़ाइन टूल शामिल हैं। GPCRdb साहित्य से अनुक्रम संरेखण, संरचनाओं और रिसेप्टर म्यूटेशन को क्यूरेट करता है। इंटरएक्टिव आरेख रिसेप्टर अवशेषों (जैसे स्नेकप्लॉट और हेलिक्स बॉक्स प्लॉट) और संबंधों (जैसे फ़ाइलोजेनेटिक पेड़) की कल्पना करते हैं। GPCRdb ग्राफ़िकल ओवरव्यू, वीडियो, लेख या दस्तावेज़ीकरण देखें।

    GPCRdb डेविड ग्लोरियम समूह द्वारा विकसित किया गया है, बड़े GPCR समुदाय से डेटा को एकीकृत करता है और गाइड टू फार्माकोलॉजी (IUPHAR), GPCRmd और अर्नेस्ट के साथ सक्रिय सहयोग बनाए रखता है। यदि आप GPCRdb का उपयोग करते हैं, तो कृपया हमें उद्धृत करना न भूलें।


    वह वीडियो देखें: Lier sa base de données a son Site web (फरवरी 2023).